ترجمه فارسی مقاله ژن های جدید مقاومت آنتی بیوتیکی از پساب بیمارستانی در محیط دریایی در نروژ منتشر می شوند

چکیده

Hospital effluent comprises feces of many individuals, including patients undergoing antibiotic treatment. Although, hospital effluent is an important source for contamination of the environment with antibiotic resistance genes (ARGs) and pathogens, how hospital effluent in a low resistance setting contributes to antimicrobial resistance (AMR) in the environment is largely understudied. The aim of our study was to understand the microbiota and resistome of hospital effluent, and its role in the spread of AMR in the marine environment in Norway. We further aimed at describing/characterizing novel resistance factors from hospital effluent and the receiving sewage treatment plant (STP). 24-hour composite samples of the hospital effluent and the influent and effluent of the receiving STP were collected at two sampling time-points (February and April 2023) in Bergen city, Norway. Isolation of Escherichia coli and Klebsiella spp. was performed, using ECC and SCAI plates with cefotaxime, tigecycline or meropenem, followed by antibiotic susceptibility testing, using EUVSEC3 plates. Whole-genome sequencing of selected strains (n=36) and shotgun metagenomics of sewage samples (n=6) were performed, using Illumina NovaSeq. ARGs were identified with USEARCH, and known and novel ARGs were assembled with fARGene. All E. coli strains (n=66) were multidrug-resistant (MDR), while 92.3% of the Klebsiella spp. strains (n=55) showed MDR phenotype. The sequenced strains carried multiple clinically important ARGs, including carbapenemases such as NDM-5 (n=3) and KPC-3 (n=3). We obtained 238 Gigabases of sequence data from which we identified 676 unique ARGs with >200 ARGs shared across samples. We assembled 1,205 ARGs using fARGene, 365 gene sequences represented novel ARGs (< 90% amino acid (aa) identity). Both known and novel ARGs (n=54) were shared between the hospital effluent and the treated effluent of the receiving STP. We show that hospital effluent in Norway has a high diversity of both known and novel ARGs. Our study demonstrates that hospital effluent is a source of clinically relevant pathogens, as well as known and novel ARGs, reaching the marine environment in Norway through treated sewage.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

پساب بیمارستان شامل مدفوع بسیاری از افراد ، از جمله بیمارانی که تحت درمان آنتی بیوتیک قرار دارند.اگرچه ، پساب بیمارستان منبع مهمی برای آلودگی محیط با ژنهای مقاومت به آنتی بیوتیکی (ARG) و پاتوژن ها است ، چگونگی پساب بیمارستان در یک مقاومت کم مقاومت به مقاومت ضد میکروبی (AMR) در محیط تا حد زیادی کمرنگ می شود.هدف از مطالعه ما درک میکروبیوتا و مقاومت در برابر پساب بیمارستان و نقش آن در گسترش AMR در محیط دریایی در نروژ بود.ما بیشتر با هدف توصیف/توصیف عوامل مقاومت جدید از پساب بیمارستان و تصفیه خانه فاضلاب (STP).نمونه های کامپوزیت 24 ساعته از پساب بیمارستان و تأثیرگذار و پساب STP دریافت کننده در دو زمان نمونه برداری (فوریه و آوریل 2023) در شهر برگن ، نروژ جمع آوری شد.جداسازی اشرشیاکلی و کلبیلا spp.با استفاده از صفحات ECC و SCAI با سفوتاکسیم ، Tigecycline یا Meropenem و به دنبال آن آزمایش حساسیت آنتی بیوتیکی ، با استفاده از صفحات EUVSEC3 انجام شد.توالی ژنوم کل سویه های انتخاب شده (36 نفر) و متاژنومیک اسلحه از نمونه های فاضلاب (6 نفر) با استفاده از Illumina Novaseq انجام شد.ARG ها با Usearch شناسایی شدند و Args شناخته شده و جدید با Fargene جمع آوری شد.تمام سویه های E. coli (66 نفر) مقاوم در برابر چند دارو (MDR) بودند ، در حالی که 92.3 ٪ از klebsiella spp.سویه ها (55 نفر) فنوتیپ MDR را نشان دادند.سویه های توالی دارای استدلال های مهم بالینی ، از جمله کارباپنمازها مانند NDM-5 (3 نفر) و KPC-3 (3 نفر) بودند.ما 238 گیگ داده توالی را بدست آوردیم که از آن 676 استدلال منحصر به فرد با> 200 استدلال به اشتراک گذاشته شده در نمونه ها شناسایی کردیم.ما 1،205 استدلال را با استفاده از Fargene ، 365 توالی ژن نشان داد که آرگوهای جدید (هویت <90 ٪ اسید آمینه (AA)) را نشان می دهد.هر دو استدلال شناخته شده و جدید (54 نفر) بین پساب بیمارستان و پساب تصفیه شده STP دریافت کننده به اشتراک گذاشته شدند.ما نشان می دهیم که پساب بیمارستان در نروژ تنوع بالایی از استدلال های شناخته شده و جدید دارد.مطالعه ما نشان می دهد که پساب بیمارستان منبع پاتوژن های بالینی مرتبط ، و همچنین استدلال های شناخته شده و جدید است و از طریق فاضلاب تصفیه شده به محیط دریایی در نروژ می رسد. [sc name="papertranslation"][/sc]