عنوان کتاب به انگلیسی: |
Bioinformatics with Python Cookbook: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems, 3rd Edition |
| سال انتشار: 2022 | 360 صفحه | حجم فایل: 24 مگابایت | زبان: انگلیسی |
| نویسنده | Tiago Antao |
| ناشر | Packt Publishing |
| ISBN10: | 1803236426 |
| ISBN13: | 9781803236421 |
توضیحات کتاب
Key Features
Perform complex bioinformatics analysis using the most essential Python libraries and applications
Implement next-generation sequencing, metagenomics, automating analysis, population genetics, and much more
Explore various statistical and machine learning techniques for bioinformatics data analysis
Book Description
Bioinformatics is an active research field that uses a range of simple-to-advanced computations to extract valuable information from biological data, and this book will show you how to manage these tasks using Python.
This updated third edition of the Bioinformatics with Python Cookbook begins with a quick overview of the various tools and libraries in the Python ecosystem that will help you convert, analyze, and visualize biological datasets. Next, you’ll cover key techniques for next-generation sequencing, single-cell analysis, genomics, metagenomics, population genetics, phylogenetics, and proteomics with the help of real-world examples. You’ll learn how to work with important pipeline systems, such as Galaxy servers and Snakemake, and understand the various modules in Python for functional and asynchronous programming. This book will also help you explore topics such as SNP discovery using statistical approaches under high-performance computing frameworks, including Dask and Spark. In addition to this, you’ll explore the application of machine learning algorithms in bioinformatics.
By the end of this bioinformatics Python book, you’ll be equipped with the knowledge you need to implement the latest programming techniques and frameworks, empowering you to deal with bioinformatics data on every scale.
What you will learn
Become well-versed with data processing libraries such as NumPy, pandas, arrow, and zarr in the context of bioinformatic analysis
Interact with genomic databases
Solve real-world problems in the fields of population genetics, phylogenetics, and proteomics
Build bioinformatics pipelines using a Galaxy server and Snakemake
Work with functools and itertools for functional programming
Perform parallel processing with Dask on biological data
Explore principal component analysis (PCA) techniques with scikit-learn
Who this book is for
This book is for bioinformatics analysts, data scientists, computational biologists, researchers, and Python developers who want to address intermediate-to-advanced biological and bioinformatics problems. Working knowledge of the Python programming language is expected. Basic knowledge of biology will also be helpful.
Table of Contents
Python and the Surrounding Software Ecology
Using Data Processing Libraries: numpy, pandas, arrow, and zarr
Next Generation Sequencing
Advanced NGS Data Processing
Working with Genomes
Population Genetics
Phylogenetics
Using the Protein Data Bank
Bioinformatics Pipelines
Machine Learning for Bioinformatics
Parallel Processing with Dask
Functional and Asynchronous Programming
توضیحات کتاب به فارسی (ترجمه ماشینی)
کتابخانه های توالی نسل مدرن و نسل بعدی را از اکوسیستم قدرتمند پایتون برای انجام تحقیقات برش و تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های بیولوژیکی کشف کنید
ویژگی های کلیدی
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیچیده را با استفاده از اساسی ترین کتابخانه ها و برنامه های پایتون انجام دهید
اجرای توالی نسل بعدی ، متاژنومیک ، تجزیه و تحلیل خودکار ، ژنتیک جمعیت و موارد دیگر
تکنیک های مختلف یادگیری آماری و ماشین را برای تجزیه و تحلیل داده های بیوانفورماتیک کشف کنید
توضیحات کتاب
Bioinformatics یک زمینه تحقیقاتی فعال است که از طیف وسیعی از محاسبات ساده و پیشرفته برای استخراج اطلاعات ارزشمند از داده های بیولوژیکی استفاده می کند و این کتاب به شما نشان می دهد که چگونه می توانید این کارها را با استفاده از پایتون مدیریت کنید.
این نسخه سوم به روز شده Bioinformatics با Python Cookbook با یک مرور سریع از ابزارها و کتابخانه های مختلف در اکوسیستم پایتون آغاز می شود که به شما در تبدیل ، تجزیه و تحلیل و تجسم مجموعه داده های بیولوژیکی کمک می کند.در مرحله بعد ، تکنیک های کلیدی برای توالی نسل بعدی ، تجزیه و تحلیل تک سلولی ، ژنومیک ، متاژنومیک ، ژنتیک جمعیت ، فیلوژنتیک و پروتئومیکس را با کمک نمونه های دنیای واقعی پوشش خواهید داد.شما یاد می گیرید که چگونه با سیستم های مهم خط لوله مانند سرورهای کهکشان و Snakemake کار کنید و ماژول های مختلف موجود در پایتون را برای برنامه نویسی عملکردی و ناهمزمان درک کنید.این کتاب همچنین به شما کمک می کند تا با استفاده از رویکردهای آماری تحت چارچوب های محاسباتی با کارایی بالا ، از جمله Dask و Spark ، موضوعاتی مانند Discovery SNP را کشف کنید.علاوه بر این ، شما در استفاده از الگوریتم های یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک کشف خواهید کرد.
با پایان این کتاب بیوانفورماتیک Python ، شما به دانشی که برای پیاده سازی آخرین تکنیک ها و چارچوب های برنامه نویسی نیاز دارید ، مجهز خواهید شد و به شما این امکان را می دهد تا در هر مقیاس با داده های بیوانفورماتیک مقابله کنید.
آنچه یاد خواهید گرفت
در زمینه تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک با کتابخانه های پردازش داده مانند Numpy ، Pandas ، Arrow و ZARR آگاه شوید
با پایگاه داده های ژنومی ارتباط برقرار کنید
مشکلات دنیای واقعی را در زمینه های ژنتیک جمعیت ، فیلوژنتیک و پروتئومیک حل کنید
خط لوله های بیوانفورماتیک را با استفاده از یک سرور گلکسی و Snakemake بسازید
برای برنامه نویسی کاربردی با functools و itertools کار کنید
پردازش موازی را با DASK روی داده های بیولوژیکی انجام دهید
تکنیک های تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی (PCA) را با Scikit-Learn کاوش کنید
این کتاب برای چه کسی است
این کتاب برای تحلیلگران بیوانفورماتیک ، دانشمندان داده ، زیست شناسان محاسباتی ، محققان و توسعه دهندگان پایتون است که می خواهند مشکلات بیولوژیکی و بیوانفورماتیک متوسط به پیشرفته را برطرف کنند.دانش کار از زبان برنامه نویسی پایتون انتظار می رود.دانش اساسی زیست شناسی نیز مفید خواهد بود.
فهرست مطالب
پایتون و اکولوژی نرم افزار اطراف
با استفاده از کتابخانه های پردازش داده ها: Numpy ، Pandas ، Arrow و Zarr
توالی نسل بعدی
پردازش داده های پیشرفته NGS
کار با ژنوم
ژنتیک جمعیت
فلوژنتیک
با استفاده از بانک داده پروتئین
خط لوله های بیوانفورماتیک
یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک
پردازش موازی با dask
برنامه نویسی عملکردی و ناهمزمان
| توجه کنید که این محصول به صورت فایل دانلودی است و نه کتاب کاغذی. |
| به هنگام خرید به زبان درج شده برای کتاب حتما توجه کنید. به صورت معمول در اکثر موارد زبان کتاب فارسی نیست. |
| در صورت هرگونه مشکل در دریافت کتاب به شماره 09395106248 پیامک دهید. |
| درج شماره موبایل برای سفارش ضروری نیست ولی ترجیح آن است درج گردد تا در صورت بروز مشکل اولین راه ارتباطی ما با شما باشد. |
|
چنانچه در دریافت محصول به هر دلیلی با مشکل روبرو شدید و مطمئن از پرداخت موفق وجه هستید به شماره تماس زیر نام، نام خانوادگی و نام محصول را پیامک بزنید تا لینک محصول سریعا برای شما ارسال گردد.
شماره تماس: 09395106248 |
نقد و بررسی‌ها
هنوز بررسی‌ای ثبت نشده است.