ترجمه فارسی مقاله تکرار یک سیگنال GWAS در نزدیکی HLA-DQA2 با لوسمی حاد میلوئیدی با استفاده از یک گروه فقط بیماری و کنترل‌های مبتنی بر جمعیت خارجی

چکیده

Acute myeloid leukemia (AML) is the most common type of acute leukemia in adults. Its risk factors include rare and highly penetrant somatic mutations. Genome-wide association studies (GWAS) have also identified four common inherited variants associated with AML risk, but these findings have not yet been confirmed in many independent datasets. Here, we performed a replication study with 567 AML cases from the Leucegene cohort and 1,865 controls from the population-based cohort CARTaGENE (CaG). Because genotypes were generated using different technologies in the two datasets (e.g. low- vs. high-coverage whole-genome sequencing), we applied stringent quality-control filters to minimize type I errors. We showed using data reduction methods (e.g. principal component analysis [PCA] and uniform manifold approximation and projection [UMAP]) that our approach successfully integrated the Leucegene and CaG genetic data. We replicated the association between cytogenetically normal (CN)-AML and rs3916765, a variant located near HLA-DQA2 (odds ratio [95% confidence interval] = 1.88 [1.21-2.93], P- value=0.005). The effect size of this association was stronger when we restricted the analyses to AML patients with NPM1 mutations (odds ratios >2.35). We found HLA- DOB to be the most significantly upregulated gene in Leucegene participants with the CN-AML protective A-allele at rs3916765. We further found that several HLA class II genes are also differentially expressed albeit at lower statistical significance. Our results confirm that a common genetic variant at the HLA locus associates with AML risk, providing new opportunities to improve disease prognosis and treatment.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

لوسمی میلوئید حاد (AML) رایج ترین نوع لوسمی حاد در بزرگسالان است.عوامل خطر آن شامل جهش های سوماتیک نادر و بسیار نافذ است.مطالعات انجمن گسترده ژنوم (GWAS) همچنین چهار نوع ارثی مشترک مرتبط با خطر AML را مشخص کرده اند ، اما این یافته ها هنوز در بسیاری از مجموعه داده های مستقل تأیید نشده است.در اینجا ، ما یک مطالعه تکثیر با 567 مورد AML از گروه Leucegene و 1865 کنترل از کارتاژنهای گروهی مبتنی بر جمعیت (CAG) انجام دادیم.از آنجا که ژنوتیپ ها با استفاده از فن آوری های مختلف در دو مجموعه داده (به عنوان مثال توالی کل ژنوم با پوشش بالا) تولید شدند ، ما از فیلترهای دقیق کنترل کیفیت استفاده کردیم تا خطاهای نوع I را به حداقل برسانیم.ما با استفاده از روشهای کاهش داده (به عنوان مثال تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی [PCA] و تقریب منیفولد یکنواخت و طرح ریزی [UMAP]) نشان دادیم که رویکرد ما با موفقیت داده های ژنتیکی لوسژن و CAG را یکپارچه کرد.ما ارتباط بین سیتوژنتیک طبیعی (CN) -AML و RS3916765 ، یک نوع واقع در نزدیکی HLA-DQA2 (نسبت شانس [فاصله اطمینان 95 ٪] = 1.88 [1.21-2.93] ، P- مقدار = 0.005) را تکرار کردیم.اندازه اثر این ارتباط وقتی که ما تجزیه و تحلیل را به بیماران AML با جهش NPM1 محدود کردیم (نسبت شانس> 2.35).ما دریافتیم که HLA-DOB مهمترین ژن تنظیم شده در شرکت کنندگان در لوسژن با A-Allele محافظ CN-AML در RS3916765 است.ما علاوه بر این دریافتیم که چندین ژن کلاس HLA کلاس II نیز با اهمیت آماری پایین تر بیان شده اند.نتایج ما تأیید می کند که یک نوع ژنتیکی متداول در HLA Locus با خطر AML ارتباط دارد و فرصت های جدیدی را برای بهبود پیش آگهی بیماری و درمان فراهم می کند.