ترجمه فارسی مقاله برآورد مجدد و پراکندگی بیش از حد در موارد ثانویه از اندازه خوشه‌های توالی یکسان SARS-CoV-2

چکیده

Author summary Pathogen transmission is a stochastic process that can be characterized by two parameters: the effective reproduction number Re relates to the average number of secondary cases per infectious case in the current conditions of transmission and immunity, and the overdispersion parameter k captures the variability in the number of secondary cases. While Re can be estimated well from case data, k is more difficult to quantify since detailed information about who infected whom is required. Here, we took advantage of the enormous number of sequences available of SARS-CoV-2 to identify clusters of identical sequences, providing indirect information about the size of transmission chains at different times in the pandemic, and thus about epidemic parameters. We then extended a previously defined method to estimate Re, k, and the probability of detection from this sequence data. We validated our approach on simulated and real data from three countries, with our resulting estimates compatible with previous estimates. In a future with increased pathogen sequence availability, we believe this method will pave the way for the estimation of epidemic parameters in the absence of detailed contact tracing data.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

خلاصه نویسنده انتقال پاتوژن یک فرآیند تصادفی است که می تواند با دو پارامتر مشخص شود: شماره تولید مثل مؤثر Re با میانگین تعداد موارد ثانویه در هر مورد عفونی در شرایط فعلی انتقال و مصونیت ، و پارامتر بیش از حد تجربیات k تنوع را ضبط می کندتعداد موارد ثانویهدر حالی که RE را می توان به خوبی از داده های موردی تخمین زد ، کمیت k از آنجا که اطلاعات دقیق در مورد اینکه چه کسی آلوده به چه کسی مورد نیاز است ، دشوارتر است.در اینجا ، ما از تعداد عظیمی از توالی های موجود در SARS-COV-2 برای شناسایی خوشه های توالی یکسان استفاده کردیم ، و اطلاعات غیرمستقیم در مورد اندازه زنجیره های انتقال در زمان های مختلف در همه گیر و در نتیجه در مورد پارامترهای اپیدمی ارائه می دهیم.ما سپس یک روش قبلاً تعریف شده را برای برآورد Re ، K و احتمال تشخیص از این داده های توالی گسترش دادیم.ما رویکرد خود را در مورد داده های شبیه سازی شده و واقعی از سه کشور تأیید کردیم ، با برآوردهای حاصل ما با برآوردهای قبلی سازگار است.در آینده با افزایش در دسترس بودن توالی پاتوژن ، ما معتقدیم که این روش در صورت عدم وجود داده های دقیق ردیابی تماس ، راه را برای برآورد پارامترهای اپیدمی هموار می کند.