ترجمه فارسی مقاله رونوشت ویروسی و پروفایل ترانویسی مبتنی بر ریزمحیط ایمنی تومور سرطان سلول سنگفرشی سر و گردن مرتبط با HPV، زیرگروه های مرتبط با پیش آگهی را شناسایی می کند.

چکیده

Human papillomavirus (HPV)-associated head and neck squamous cell carcinoma (HPV-positive HNSCC) has distinct biological characteristics from HPV-negative HNSCC. Using an AI-based analytical platform on meta cohorts, we profiled expression patterns of viral transcripts and HPV viral genome integration, and classified the tumor microenvironment (TME). Unsupervised clustering analysis revealed 5 distinct and novel TME subtypes across patients (immune-enriched, highly immune and B-cell enriched, fibrotic, immune-desert, and immune-enriched luminal). These TME subtypes were highly correlated with patient prognosis. In order to understand specific factors associated with prognosis, we used unsupervised clustering of a HPV-positive HNSCC cohort from The Cancer Genome Atlas (TCGA) (n = 53) based on HPV transcript expression, and identified 4 HPV-related subtypes (E2/E5, E6/E7, E1/E4 and L1/L2). Utilizing both viral transcript and TME subtypes, we found that the E2/E5 HPV subtype was associated with an immune-enriched TME and had a higher overall survival compared to other subtypes. The E2/E5 subtype was also enriched for samples without HPV-genome integration, suggesting that episomal HPV status and E2/E5 expression pattern may be associated with an inflamed microenvironment and improved prognosis. In contrast, E6/E7 subtype samples were associated with the fibrotic and immune-desert TME subtypes, with lower values of T-cell and B-cell gene expression signatures and lower overall survival. Both E1/E4 and L1/L2 subtypes were associated with the immune-enriched luminal subtype. Our results suggest that HPV- transcript expression patterns may drive modulation of the TME and thereby impact prognosis.

چکیده به فارسی (ترجمه ماشینی)

پاپیلومای انسانی (HPV) سرطان سلول سنگفرشی سر و گردن مرتبط با سر و گردن (HPV مثبت HNSCC) دارای ویژگی های بیولوژیکی متمایز از HNSCC منفی HPV است.با استفاده از یک بستر تحلیلی مبتنی بر AI در گروههای متا ، ما الگوهای بیان رونوشت های ویروسی و ادغام ژنوم ویروسی HPV را پروفایل کردیم و ریز محیط زیست تومور (TME) را طبقه بندی کردیم.تجزیه و تحلیل خوشه بندی بدون نظارت ، 5 زیرگروه TME مجزا و جدید را در بیماران نشان داد (غنی از سیستم ایمنی ، بسیار ایمنی و سلول های B ، فیبروتیک ، ایمنی و لومن غنی شده از سیستم ایمنی).این زیرگروه های TME با پیش آگهی بیمار بسیار ارتباط داشتند.به منظور درک عوامل خاص مرتبط با پیش آگهی ، ما از خوشه بندی بدون نظارت از یک گروه HNSCC مثبت HPV از اطلس ژنوم سرطان (TCGA) (53 نفر) بر اساس بیان متن HPV استفاده کردیم و 4 زیرگروه مربوط به HPV را شناسایی کردیم (E2/E5 ، E6/E7 ، E1/E4 و L1/L2).با استفاده از هر دو متن ویروسی و زیرگروه های TME ، ما دریافتیم که زیرگروه E2/E5 HPV با TME غنی شده با ایمنی همراه است و در مقایسه با سایر زیرگروه ها بقای کلی بالاتری دارد.زیرگروه E2/E5 همچنین برای نمونه های بدون ادغام HPV ژنوم غنی شده است ، نشان می دهد که وضعیت HPV اپیزوم و الگوی بیان E2/E5 ممکن است با یک ریز محیطی ملتهب و بهبود پیش آگهی همراه باشد.در مقابل ، نمونه های زیرگروه E6/E7 با زیرگروه های TME فیبروتیک و ایمنی-DESERT همراه بودند ، با مقادیر کمتری از امضاهای بیان ژن سلول T و سلول B و بقای کلی پایین تر.هر دو زیرگروه E1/E4 و L1/L2 با زیرگروه لومین غنی شده با سیستم ایمنی همراه بودند.نتایج ما نشان می دهد که الگوهای بیان متن HPV ممکن است مدولاسیون TME را هدایت کرده و از این طریق پیش آگهی تأثیر بگذارد.