اکسپرس 24
کتاب ماسترکلاس کامل تحلیل داده‌های scRNA-seq: از پیش‌پردازش تا کشف بیولوژیک

کتاب ماسترکلاس کامل تحلیل داده‌های scRNA-seq: از پیش‌پردازش تا کشف بیولوژیک

تگ‌ها: Bioinformatics Course Computational Biology Scanpy scRNA-seq Seurat Single-Cell Analysis Single-Cell RNA Sequencing بایوإنفورماتیک بیان تفاوتی ژن بیولوژی سیستم‌ها تحلیل تک‌سلولی ترایکتوری سلولی خوشه‌بندی سلولی دوره آموزشی ژنومیک

انتخاب پلن

افزودنی‌های اختیاری

انتخاب پلن برای ادامه خرید الزامی است.

پرداخت اقساطی
در صورت خرید اقساطی هر قسط: 62,488 تومان
۴ قسط ماهانه. بدون سود، چک و ضامن.
پرداخت اقساطی با دیجی‌پی پرداخت اقساطی با ترب‌پی

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره ماسترکلاس کامل تحلیل داده‌های scRNA-seq: از پیش‌پردازش تا کشف بیولوژیک

موضوع کلی: بایوإنفورماتیک و ژنومیک پیشرفته

موضوع میانی: تحلیل داده‌های سکوانس‌گذاری تک‌سلولی (scRNA-seq)

📋 سرفصل‌های دوره

  • 1. مفاهیم پایه بیولوژی تک‌سلولی و اهمیت scRNA-seq
  • 2. اصول کار تکنولوژی‌های سکوانس‌گذاری تک‌سلولی (10x Genomics, Smart-seq2, Drop-seq, و غیره)
  • 3. طراحی آزمایش scRNA-seq: انتخاب بافت، جداسازی سلول، و کنترل‌های کیفی
  • 4. فرمت‌های داده خام: FASTQ، BAM، و ماتریس‌های شمارش
  • 5. پیش‌پردازش داده‌ها: کنترل کیفیت (FastQC، MultiQC) و ترمیمリードها
  • 6. مقایسه ابزارهای Alignment: STAR، Cell Ranger، kallisto|bustools
  • 7. سازماندهی ماتریس شمارش: سلول‌ها × ژن‌ها، بارکدها، UMIها
  • 8. کنترل کیفیت سطح سلول: فیلتر بر اساس تعداد ژن، UMI، درصد میتوکندری
  • 9. کنترل کیفیت سطح ژن: حذف ژن‌های کم‌عبارت، ژن‌های میتوکندری/ریبوزومال
  • 10. نرمال‌سازی داده‌ها: LogNormalize، SCTransform، scran، و مقایسه روش‌ها
  • 11. شناسایی و حذف دوئبлет‌ها: Scrublet، DoubletFinder، cxds/bcds
  • 12. مقیاس‌بندی و رگرس-out متغیرهای مزاحم (چرخه سلولی، استرس، بچ‌های فنی)
  • 13. انتخاب ژن‌های متغیر بالا (Highly Variable Genes) برای کاهش بعد
  • 14. تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) و تعیین تعداد PCهای معنادار
  • 15. کاهش بعد غیرخطی: t-SNE، UMAP، PHATE، TriMap — مزایا و معایب
  • 16. خوشه‌بندی سلولی: روش‌های گراف-محور (Louvain، Leiden)، K-means، Hierarchical
  • 17. ارزیابی پایداری خوشه‌ها: Clustree، silhouette، bootstrapping
  • 18. تشخیص نوع سلول: مارکرهای کلاسیک، پایگاه‌های داده (CellMarker، PanglaoDB، Human Cell Atlas)
  • 19. برچسب‌گذاری خودکار نوع سلول: SingleR، scCATCH، scANVI، CellTypist
  • 20. مقایسه روش‌های برچسب‌گذاری و استراتژی‌های ترکیبی
  • 21. تصویرسازی expresión ژن در فضای کاهش‌یافته: FeaturePlot، DotPlot، ViolinPlot، RidgePlot
  • 22. تحلیل بیان تفاوتی ژن (DEG) بین خوشه‌ها: Wilcoxon، MAST، DESeq2، edgeR، pseudo-bulk
  • 23. تصحیح تست‌های متعدد و کنترل FDR در مقیاس تک‌سلولی
  • 24. تحلیل غنی‌سازی مسیر (Pathway Enrichment): GSEA، GSVA، AUCell، PROGENy
  • 25. شبکه‌های регуلاسیون ژنی: SCENIC، GRNBoost2، PIDC، InferCNV برای CNV
  • 26. تحلیل ترایکتوری و Pseudotime: Monocle3، Slingshot، PAGA، Palantir، STEMNET
  • 27. شناسایی حالت‌های میانی و انشعاب سلولی (Branching)
  • 28. تحلیل RNA velocity: scVelo، velocyto، Dynamo — دینامیک تکثیر و تفاضل
  • 29. ادغام داده‌های چند بچ/شرط/پلتفرم: Harmony، Seurat v4/v5 Integration، LIGER، Scanorama، BBKNN
  • 30. ارزیابی کیفیت ادغام: kBET، LISI، ASW، 그래프-محور metrics
  • 31. تحلیل داده‌های 멀تی‌اومیکس تک‌سلولی: CITE-seq (ADT)، ATAC-seq (10x Multiome)، methylation
  • 32. مطابقت مشی‌های 멀تی‌اومیکس: WNN (Weighted Nearest Neighbors)، MOFA+، totalVI
  • 33. تحلیل تعامل سلول-سلول: CellPhoneDB، CellChat، NicheNet، NATMI، SingleCellSignalR
  • 34. استنتاج لיגند-رسبتور و مسیرهای سیگنالینگ بین انواع سلولی
  • 35. تحلیل فضایی ترنسکریپتومیک: Visium، Slide-seq، MERFISH، seqFISH — ادغام با scRNA-seq
  • 36. Deconvolution داده‌های bulk RNA-seq با مرجع تک‌سلولی: CIBERSORTx، MuSiC، BisqueRNA، DWLS
  • 37. شناسایی جمعیت‌های سلولی نادر و حالت‌های переходی
  • 38. تحلیل TCR/BCR repertoire در کنار ترنسکریپتوم: VDJ-seq، scRepertoire، TRUST4
  • 39. مقدمه‌ای بر مدل‌های یادگیری عمیق برای scRNA-seq: scVI، scANVI، scGen، GeneFormer، scGPT
  • 40. استفاده از مدل‌های پایه (Foundation Models) برای انتقال دانش و پیش‌بینی
  • 41. بهینه‌سازی پارامترها و پایپ‌لاین‌های reproduciable: Snakemake، Nextflow، Docker/Singularity
  • 42. مدیریت داده‌های بزرگ: AnnData، SeuratDisk، HDF5، Zarr، TileDB
  • 43. تصویرسازی تعاملی: cellxgene، Vitessce، CELLxGENE Discover، ShinyCell
  • 44. استراتژی‌های متا-تحلیل و ادغام مطالعات عمومی (GEO، ArrayExpress، SRA)
  • 45. کنترل کیفیت داده‌های عمومی و چالش‌های Batch Effect در مقیاس بزرگ
  • 46. مقدمه‌ای برpatial transcriptomics و تکنولوژی‌های نوظهور (Xenium، CosMx، MERSCOPE)
  • 47. تحلیل تک‌سلولی در بیماری: تومور، ایمونوتراپی، خودایمنی، نورودژنراتیو، توسعه
  • 48. مطالعه موردی: تحلیل داده‌های scRNA-seq تومور برونش (از داده‌های خام تا مقاله)
  • 49. مطالعه موردی: اتلس تک‌سلولی بافت طبیعی و بیمارستان (Human Cell Atlas workflow)
  • 50. مطالعه موردی: تحلیل 멀تی‌اومیکس CITE-seq + VDJ در سلول‌های T
  • 51. بهترین شیوه‌های گزارش‌نویسی، تصویرسازی برای انتشار، و FAIR data principles
  • 52. چالش‌های فعلی و روندهای آینده: Spatial multi-omics، Live-cell imaging + seq، Perturb-seq

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

نظرات

هنوز نظری ثبت نشده است.

وارد شوید تا نظر ثبت کنید.