اکسپرس 24
کتاب Alignment داده‌های DNA با BWA

کتاب Alignment داده‌های DNA با BWA

تگ‌ها: Alignment QC BWA BWA-MEM FASTQ FM Index Genome Alignment Genomic Data Analysis Linux Bioinformatics Mapping Quality NGS Paired-End Sequencing Read Alignment Read Groups SAM BAM Variant Calling Pipeline

انتخاب پلن

افزودنی‌های اختیاری

انتخاب پلن برای ادامه خرید الزامی است.

پرداخت اقساطی
در صورت خرید اقساطی هر قسط: 62,488 تومان
۴ قسط ماهانه. بدون سود، چک و ضامن.
پرداخت اقساطی با دیجی‌پی پرداخت اقساطی با ترب‌پی

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره Alignment داده‌های DNA با BWA

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

  • 1. نقش Alignment در pipelines آنالیز داده‌های NGS
  • 2. تشخیص کاربرد مناسب BWA برای داده‌های DNA
  • 3. ویژگی‌های Reads مناسب برای Alignment
  • 4. ساختار فایل FASTQ و توالی‌های چندخطی
  • 5. امتیازدهی کیفیت Phred و تفسیر Quality Score
  • 6. پیش‌پردازش Reads شامل Adapter Trim و Quality Filtering
  • 7. تأثیر طول Read، عمق پوشش و طراحی Library بر Alignment
  • 8. ساختار و کیفیت Reference Genome
  • 9. نمادگذاری Contigها و سازگاری نام‌های کروموزومی
  • 10. معرفی BWA-backtrack، BWA-aln، BWA-MEM و BWA-MEM2
  • 11. اصل الگوریتم BWT در جست‌وجوی توالی
  • 12. ساخت و کارکرد FM Index
  • 13. مکانیسم Seed-and-Extend در BWA
  • 14. امتیازدهی Match، Mismatch، Gap و احتمال Alignment
  • 15. کاربرد BWA-backtrack برای Reads کوتاه
  • 16. روش‌های BWA-aln و BWA-sampe برای Reads جفت‌سر
  • 17. اصول BWA-MEM و برتری آن برای Reads بلندتر
  • 18. مقایسه عملی BWA-MEM و BWA-MEM2 از نظر سرعت و دقت
  • 19. نصب BWA و وابستگی‌های ضروری
  • 20. سازمان‌دهی پروژه و فایل‌های ورودی و خروجی
  • 21. آماده‌سازی Reference Genome و فایل‌های کمکی
  • 22. ایجاد و اعتبارسنجی Indexهای BWA
  • 23. سینتکس عمومی دستورات BWA
  • 24. اجرای Alignment تک‌سر با BWA-MEM
  • 25. اجرای Alignment جفت‌سر با BWA-MEM
  • 26. افزودن Read Group با گزینه -R
  • 27. مدیریت Samples و Multiplexing در یک Job
  • 28. ساختار فایل SAM و فیلدهای اصلی
  • 29. تبدیل SAM به BAM فشرده
  • 30. مرتب‌سازی و Indexگذاری فایل BAM
  • 31. تفسیر SAM Flags و وضعیت‌های خواندن
  • 32. تفسیر CIGAR و ساختار تطبیق Reads
  • 33. محاسبه و تفسیر Mapping Quality
  • 34. استفاده از NM و MD برای بررسی خطاها و Variantها
  • 35. تشخیص Alignment اصلی، ثانویه و Supplementary
  • 36. نرم‌افزارهای Soft Clipping و Hard Clipping
  • 37. هم‌قرارگیری Indelها و Gap Opening و Extension
  • 38. تشخیص Orientation صحیح جفت‌Readها
  • 39. برآورد اندازه Insert با داده‌های جفت‌سر
  • 40. تشخیص و بررسی Jفت‌Readهای Discordant
  • 41. تنظیم حساسیت با Presetهای BWA-MEM
  • 42. تنظیم Length Seed با گزینه -k
  • 43. تنظیم آستانه امتیاز Alignment با گزینه -T
  • 44. تنظیم Penaltyهای Match و Mismatch با گزینه -B
  • 45. تنظیم Penaltyهای Gap با گزینه‌های -O و -E
  • 46. بهینه‌سازی Alignment برای Reads کوتاه
  • 47. مدیریت Split Reads و رخداد‌های Chimera
  • 48. هم‌قرارگیری در نواحی تکراری Reference
  • 49. کاهش Alignment نادرست در نواحی Low Complexity
  • 50. بررسی اثر آلودگی Reference و Reads
  • 51. ارزیابی درصد Reads هم‌قرارگرفته
  • 52. بررسی نرخ Properly Paired Reads
  • 53. اندازه‌گیری Depth، Coverage و Uniformity
  • 54. تشخیص و تحلیل Reads Duplicate
  • 55. تحلیل توزیع اندازه Insert
  • 56. محاسبه Metrics با Samtools
  • 57. ارائه گزارش‌های Library با Picard
  • 58. یکپارچه‌سازی گزارش‌ها با MultiQC
  • 59. بازبینی بصری Alignment در IGV
  • 60. اعتبارسنجی Outputها و جلوگیری از تفسیر نادرست
  • 61. اتوماسیون Alignment دسته‌جمعی در Linux و Scheduler
  • 62. ثبت Parameters و مدیریت نسخه‌ها برای Reproducibility
  • 63. عیب‌یابی Mapping Rate پایین و Reads بدون Alignment
  • 64. عیب‌یابی Duplicate Rate بالا و Biasهای Library
  • 65. عیب‌یابی Soft Clip زیاد و Reads ناقص
  • 66. ارزیابی سرعت، مصرف حافظه و دقت BWA
  • 67. اجرای موردی کامل Alignment برای Whole Genome Sequencing
  • 68. تفاوت‌های Alignment در Whole Exome و Amplicon Sequencing
  • 69. تحویل Output معتبر به Variant Calling
  • 70. چک‌لیست Best Practices برای Alignment داده‌های DNA با BWA

📚 محتوای این محصول آموزشی (پکیج کامل)

💡 این محصول یک نسخهٔ کامل و جامع است

تمامی محتوای آموزشی این کتاب در قالب یک بسته‌ی کامل و یکپارچه ارائه می‌شود و شامل تمام نسخه‌ها و فایل‌های موردنیاز برای یادگیری است.

🎁 محتویات کامل بسته دانلودی

🎯 این بسته یک دورهٔ آموزشی کامل و چندلایه است؛ شامل کتاب‌ها، تمرین‌ها و خودآزمایی .

ℹ️ نکات مهم هنگام خرید

  • این محصول به صورت فایل دانلودی کامل ارائه می‌شود و نسخهٔ چاپی ندارد.
  • توجه: لینک‌های اختصاصی دوره طی حداکثر 24 ساعت پس از ثبت سفارش ارسال می‌شوند.
  • دقت کنید لینک ها به شماره موبایل شما ارسال می شوند. پس در ارائه شماره موبایل صحیح دقت کنید.
  • برای راهنمایی در مورد نحوه دانلود به شماره 09395106248 پیامک دهید یا تماس بگیرید. (ایده آل ترین گزینه ارسال پیام در یکی از پیام رسان ها به همین شماره است تا سریعا لینک های کتاب همانجا برای شما ارسال گردد.)
  • اگر پرداخت انجام شده ولی بعد از 24 ساعت هنوز لینک‌ها را دریافت نکرده‌اید، نام و نام خانوادگی و نام محصول را پیامک کنید تا لینک‌ها دوباره ارسال شوند.

💬 راه‌های ارتباطی پشتیبانی:
واتس‌اپ یا هر پیام رسان داخلی یا پیامک: 09395106248
تلگرام: @ma_limbs

نظرات

هنوز نظری ثبت نشده است.

وارد شوید تا نظر ثبت کنید.