کتاب صوتی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

موضوع کلی: شیمی فیزیک و مهندسی شیمی

موضوع میانی: شیمی فیزیک زیستی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 2. معرفی روش‌های دینامیک مولکولی
• 3. نیروهای بین‌اتمی و پتانسیل‌ها
• 4. پتانسیل لِونارد-جونز
• 5. پتانسیل مورس
• 6. مدل‌های اتمی و مولکولی
• 7. انتخاب مدل اتمی مناسب
• 8. شبیه‌سازی سیستم‌های اتمی ساده
• 9. الگوریتم‌های انتگرال‌گیری زمانی
• 10. روش ورله
• 11. روش سرعت ورله
• 12. کنترل دما و فشار
• 13. حمام حرارتی برلس
• 14. حمام حرارتی اندرسن
• 15. کنترل فشار ایزوباریک
• 16. شرایط مرزی در شبیه‌سازی‌های دینامیک مولکولی
• 17. شرایط مرزی دوره‌ای
• 18. اثرات لبه در شبیه‌سازی
• 19. تحلیل داده‌های دینامیک مولکولی
• 20. محاسبه خواص ترمودینامیکی
• 21. محاسبه خواص مکانیکی
• 22. محاسبه ضریب پخش
• 23. شبیه‌سازی سیستم‌های مایع
• 24. خواص مایعات از طریق دینامیک مولکولی
• 25. شبیه‌سازی سیستم‌های جامد
• 26. مطالعه نقص‌های بلوری
• 27. شبیه‌سازی پروتئین‌ها و زیست‌مولکول‌ها
• 28. پتانسیل‌های نیروی میدان در زیست‌شیمی
• 29. شبیه‌سازی تاشو پروتئین
• 30. شبیه‌سازی برهم‌کنش پروتئین-لیگاند
• 31. شبیه‌سازی غشاءهای زیستی
• 32. شبیه‌سازی DNA و RNA
• 33. روش‌های نمونه‌برداری پیشرفته
• 34. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با آنسامبل‌های مختلف
• 35. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی کوانتومی
• 36. روش‌های QM/MM
• 37. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از GPU
• 38. بهینه‌سازی کد شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 39. خطاهای شایع در شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 40. اعتبارسنجی نتایج شبیه‌سازی
• 41. نرم‌افزارهای رایج شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 42. LAMMPS
• 43. GROMACS
• 44. NAMD
• 45. برنامه‌نویسی برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی