کتاب صوتی ژنومیک محیطی (متاژنومیکس): شناسایی تنوع میکروبی بدون کشت

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره ژنومیک محیطی (متاژنومیکس): شناسایی تنوع میکروبی بدون کشت

موضوع کلی: زیست‌شناسی و علوم میکروبی

موضوع میانی: میکروبیولوژی محیطی و اکولوژی میکروارگانیسم‌ها

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر متاژنومیکس
• 2. محدودیت روش‌های کشت‌محور در میکروبیولوژی
• 3. تنوع میکروبی: مفاهیم و اندازه‌گیری
• 4. زیست‌تنوع میکروبی و اکولوژی میکروارگانیسم‌ها
• 5. تاریخچه و تحول متاژنومیکس
• 6. اصول زیست‌شناسی مولکولی و ژنومیک
• 7. DNA محیطی: تعریف و منابع
• 8. ریبوزوم ۱۶S rRNA و آنالوگ‌های آن
• 9. مناطق مشترک و مناطق متغیر ریبوزوم
• 10. ژن‌های نشانگر در متاژنومیکس
• 11. تفاوت متاژنومیکس با ژنومیک تک‌سلولی
• 12. مفهوم اسپیشز و ASV
• 13. تنوع آلفا و بتا در اکولوژی میکروبی
• 14. زنجیرهٔ غذایی میکروبی و شبکه‌های اکولوژیکی
• 15. طراحی نمونه‌گیری محیطی
• 16. انتخاب محیط‌ها: خاک، آب، انسان، هواء
• 17. کنترل کیفیت و آلودگی DNA محیطی
• 18. استخراج DNA از نمونه‌های محیطی
• 19. چالش‌های استخراج DNA از خاک و رس
• 20. کمیت‌سنجی DNA و ارزیابی کیفیت
• 21. کتابخانه‌سازی برای سکوئینسینگ
• 22. آمپلیکون‌بیسد متاژنومیکس
• 23. وایریوم و باستریوم در آمپلیکون
• 24. شیمی کتابخانه Illumina و NovaSeq
• 25. سکوئینسینگ پیل II و NovaSeq
• 26. سکوئینسینگ لانگ‌رید: PacBio و Oxford Nanopore
• 27. مزایا و محدودیت‌های لانگ‌رید در متاژنومیکس
• 28. شاتگان متاژنومیکس
• 29. تفاوت آمپلیکون و شاتگان
• 30. عمق سکوئینسینگ و پوشش ژنومی
• 31. کنترل‌های منفی و مثبت در آزمایشگاه
• 32. کتابخانه RNA و متاترانسکریپتومیکس
• 33. متاپروتئومیکس در محیط
• 34. متابولومیکس و متابولوم محیطی
• 35. کیفیت‌سنجی خوانده‌ها
• 36. تریمینگ و فیلترینگ خوانده‌ها
• 37. اسمبلی از خوانده‌ها: De novo و reference-based
• 38. مقایسه با پایگاه‌های مرجع: SILVA, Greengenes, RDP
• 39. تفکیک OTU با DADA2 و Deblur
• 40. طبقه‌بندی تاکسونومیکی: RDP Classifier, Kraken, Kaiju
• 41. مقایسه روش‌های طبقه‌بندی
• 42. پایگاه داده NCBI و GTDB
• 43. تنظیم‌های بوت‌استرپ و پشتیبانی شاخه‌ها
• 44. تنوع آلفا: Shannon, Simpson, Chao1, Faith PD
• 45. تنوع بتا: PCoA, NMDS, UniFrac
• 46. آنالیز تفاوت بتا و معنای اکولوژیکی
• 47. آنالیز تغییر ترکیب: PERMANOVA
• 48. اندیکاتور گونه‌ها و LDA Effect Size
• 49. آنالیز غنی‌سازی: LEfSe
• 50. شبکه‌سازی هم‌زیستی و هم‌وابستگی
• 51. آنالیز مسیرهای متابولیکی: PICRUSt, Tax4Fun
• 52. فانکشنال پروفایلینگ متاژنومیکس
• 53. آنالیز کربوهیدرات فعال‌کننده‌ها: CAZymes
• 54. شناسایی ژن‌های مقاومت آنتی‌بیوتیک
• 55. شناسایی ژن‌های سمّی و بیوافعل
• 56. بایو‌انفورماتیک متاویروسی
• 57. بایو‌انفورماتیک متاباکتریوفاژ
• 58. اسمبلی ژنوم متاژنومیکس و MAGs
• 59. استخراج و کیفیت‌سنجی MAGs
• 60. طبقه‌بندی MAGs و پایگاه‌های مرجع
• 61. مارکرهای تک‌وجودی و کامل‌سازی MAGs
• 62. آنالیز فیلوژنی ژنومی محیطی
• 63. بازسازی درخت فیلوژنتیک از خوانده‌ها
• 64. استنتاج جامعه‌های گذشته: متاژنومیکس باستان‌شناسی
• 65. DNA باستانی و چالش‌های آن
• 66. متاژنومیکس در خاک و کشاورزی
• 67. متاژنومیکس در آب‌شیرینی و آب شور
• 68. متاژنومیکس در اقیانوس و روده‌های آبزی
• 69. متاژنومیکس در انسان و میکروبیوم روده
• 70. متاژنومیکس در هواء و ساختمان‌ها
• 71. متاژنومیکس در بیو‌رسکورس و بایوفلرمینگ
• 72. متاژنومیکس در بیوریمدییشن
• 73. متاژنومیکس در بهداشت و سلامت عمومی
• 74. متاژنومیکس و چرخه‌های بیوژئوشیمیایی
• 75. متاژنومیکس و تغییرات اقلیمی
• 76. متاژنومیکس در اکسترموفیل‌ها و محیط‌های شدید
• 77. متاژنومیکس در زیست‌کاری صنعتی
• 78. متاژنومیکس در اکتشافات فضا و استخراج‌های فرازمینی
• 79. متاژنومیکس و اکولوژی تاریخی
• 80. متاژنومیکس در بافت‌های زیستی نامعمول
• 81. حریم خصوصی DNA محیطی و ژنتیک انسان
• 82. استحکام و تکرارپذیری نتایج
• 83. استانداردسازی در متاژنومیکس
• 84. مقایسه پروتکل‌ها: Earth Microbiome Project
• 85. بازبینی داده‌ها و دسترسی‌پذیری
• 86. AI و یادگیری ماشین در متاژنومیکس
• 87. مدل‌سازی اکولوژی میکروبی از داده‌های متاژنومیکس
• 88. ادغام ژنومیک محیطی با متابولومیکس
• 89. سنجش متقابل ژنومیک و کشت
• 90. سکوئینسینگ نانوپور بلادرنگ و بلادرنگ
• 91. چالش‌های اخلاقی و قانونی
• 92. داده‌های باز و همکاری‌های بین‌المللی