کتاب صوتی مدل‌های جایگزینی نوکلئوتیدی برای داده‌های مولکولی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره مدل‌های جایگزینی نوکلئوتیدی برای داده‌های مولکولی

موضوع کلی: زیست‌شناسی مولکولی و تکامل

موضوع میانی: تکامل مولکولی در مقیاس کوچک (Small-Scale Molecular Evolution)

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر تکامل مولکولی و داده‌های مولکولی
• 2. مبانی جایگزینی نوکلئوتیدی
• 3. مفاهیم کلیدی در مدل‌های جایگزینی
• 4. مدل JC69: مدل ساده جایگزینی
• 5. توزیع فراوانی نوکلئوتیدها و مدل JC69
• 6. محاسبه احتمالات جایگزینی با مدل JC69
• 7. مدل K80: در نظر گرفتن نرخ‌های انتقالی متفاوت
• 8. درک تفاوت‌های نرخ جایگزینی بین بازها
• 9. محاسبه احتمالات جایگزینی با مدل K80
• 10. مدل F81: مدل با فرکانس‌های متفاوت نوکلئوتید
• 11. تخمین فرکانس‌های نوکلئوتیدی
• 12. محاسبه احتمالات جایگزینی با مدل F81
• 13. مدل HKY85: ترکیب فرکانس و نرخ‌های انتقالی
• 14. تخمین پارامترهای مدل HKY85
• 15. محاسبه احتمالات جایگزینی با مدل HKY85
• 16. مدل GTR: مدل عمومی زمان‌متغیر
• 17. پارامترهای مدل GTR و تفسیر آنها
• 18. محاسبه احتمالات جایگزینی با مدل GTR
• 19. روش‌های تخمین درخت فیلوجنتیک با استفاده از مدل‌های جایگزینی
• 20. معیارهای انتخاب مدل (AIC, BIC)
• 21. مقایسه مدل‌های جایگزینی و انتخاب بهترین مدل
• 22. استفاده از نرم‌افزارهای فیلوجنتیک (MEGA، RAxML، MrBayes)
• 23. اعتبارسنجی درختان فیلوجنتیک
• 24. بررسی اثرات نرخ‌های جهش مختلف بر تکامل
• 25. تکامل کدون و مدل‌های جایگزینی کدون
• 26. مدل‌های جایگزینی کدون و bias کدون
• 27. استفاده از مدل‌های جایگزینی کدون در فیلوجنتیک
• 28. تاثیر انتخاب طبیعی بر جایگزینی نوکلئوتیدی
• 29. شناسایی جایگاه‌های تحت انتخاب مثبت
• 30. شناسایی جایگاه‌های تحت انتخاب منفی
• 31. نقش ترمیم DNA در تکامل مولکولی
• 32. جایگزینی نوکلئوتیدی و تنوع ژنتیکی
• 33. جایگزینی نوکلئوتیدی و بیماری‌های ژنتیکی
• 34. کاربرد مدل‌های جایگزینی در بررسی شیوع ویروس‌ها
• 35. تحلیل داده‌های NGS با استفاده از مدل‌های جایگزینی
• 36. بررسی جایگزینی نوکلئوتیدی در ژن‌های mitochondrial
• 37. تکامل ژنوم باکتری‌ها و مدل‌های جایگزینی
• 38. جایگزینی نوکلئوتیدی و گونه‌زایی
• 39. بررسی داده‌های RNA با استفاده از مدل‌های جایگزینی
• 40. مدل‌های جایگزینی و تکامل RNA ویروسی
• 41. تحلیل داده‌های متاژنومیک با استفاده از مدل‌های جایگزینی
• 42. تکامل پروتئین و ارتباط آن با جایگزینی نوکلئوتیدی
• 43. بررسی تطابق بین مدل‌های جایگزینی نوکلئوتیدی و پروتئین