کتاب صوتی آموزش جامع پروتکوژنومیک تک‌سلولی و تحلیل داده‌ها با پلتفرم BD Rhapsody

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش جامع پروتکوژنومیک تک‌سلولی و تحلیل داده‌ها با پلتفرم BD Rhapsody

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و ژنتیک پیشرفته

موضوع میانی: پروتکوژنومیک و تحلیل تک‌سلولی با پلتفرم BD Rhapsody

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی و مفاهیم پایه‌ای پروتکوژنومیک و تحلیل همزمان ژنوم و پروتئین در سطح تک‌سلولی
• 2. آشنایی با پلتفرم BD Rhapsody و اجزای سخت‌افزاری و نرم‌افزاری آن
• 3. آماده‌سازی نمونه‌های سلولی و استخراج سوسپانسیون سلولی با کیفیت بالا برای سیستم
• 4. آشنایی با فناوری بارکدگذاری سلولی (Cell Tagging) و مولکول‌های ردیاب (AbSeq)
• 5. طراحی و اجرای آزمایش‌های سنجش همزمان بیان ژن و پروتئین‌های سطح سلول
• 6. پروتکل‌های آماده‌سازی کتابخانه (Library Preparation) برای توالی‌یابی عمیق
• 7. مدیریت و کنترل کیفیت (QC) داده‌های خام حاصل از توالی‌یابی BD Rhapsody
• 8. آشنایی با ابزار نرم‌افزاری BD Rhapsody Analysis Pipeline و تنظیمات آن
• 9. پردازش داده‌های توالی‌یابی و هم‌ترازسازی (Alignment) خوانش‌ها با ژنوم مرجع
• 10. تولید و استخراج ماتریس‌های شمارش بیان ژن و پروتئین‌های سطحی
• 11. فیلتر کردن داده‌های نویز، حذف سلول‌های مرگه و خوشه‌های چندگانه (Doublets)
• 12. نرم‌اسازی (Normalization) و اصلاح اثرات دسته‌ای (Batch Effects) در داده‌های پروتکوژنومیک
• 13. کاهش ابعاد با استفاده از روش‌های PCA، t-SNE و UMAP در داده‌های تک‌سلولی
• 14. خوشه‌بندی سلول‌ها و شناسایی انواع سلولی بر اساس پروفایل‌های ژنی و پروتئینی
• 15. تحلیل بیان افتراقی ژن‌ها و پروتئین‌ها میان زیرپوشش‌های سلولی مختلف
• 16. شناسایی نشانگرهای زیستی (Biomarkers) اختصاصی برای انواع سلول
• 17. تحلیل هم‌بیان‌گری (Co-expression) ژن‌ها و پروتئین‌ها در سطح تک‌سلولی
• 18. پروتکل‌های تحلیل ایمونوفنوتایپینگ سلولی با استفاده از داده‌های AbSeq
• 19. بررسی مسیرهای متابولیکی و تحلیل غنی‌سازی عملکردی در سلول‌های هدف
• 20. مصورسازی پیشرفته داده‌های تک‌سلولی با پایتون و R (Seurat و Scanpy)
• 21. integrated analysis: ادغام داده‌های تک‌سلولی ژنومیک و پروتئومیک
• 22. بررسی پویایی سلولی و تحلیل مسیرهای تمایز سلولی (Trajectory Analysis)
• 23. شناسایی ناهنجاری‌ها و سلول‌های نادر در جمعیت‌های سلولی پیچیده
• 24. مستندسازی، گزارش‌دهی و انتشار نتایج حاصل از تحلیل‌های پروتکوژنومیک
• 25. پروژه جامع: تحلیل کامل یک مجموعه داده واقعی تک‌سلولی با پلتفرم BD Rhapsody از داده خام تا استخراج نتایج زیستی