کتاب صوتی ارزیابی دقت شبیه‌سازی در کشف دارو: روش‌ها و چالش‌ها

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره ارزیابی دقت شبیه‌سازی در کشف دارو: روش‌ها و چالش‌ها

موضوع کلی: داروسازی و کشف دارو

موضوع میانی: شبیه‌سازی مولکولی در داروسازی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر شبیه‌سازی مولکولی در داروسازی
• 2. اهمیت ارزیابی دقت در شبیه‌سازی‌های دارویی
• 3. منابع خطا در شبیه‌سازی‌های مولکولی
• 4. روش‌های دینامیک مولکولی: اصول و کاربردها
• 5. روش‌های مونت‌کارلو: اصول و کاربردها
• 6. الگوریتم‌های نمونه‌برداری در شبیه‌سازی
• 7. انتخاب میدان نیروی مناسب برای شبیه‌سازی
• 8. بررسی میدان‌های نیروی رایج در داروسازی
• 9. اعتبارسنجی میدان‌های نیرو با داده‌های تجربی
• 10. شبیه‌سازی سیستم‌های پروتئین-لیگاند: چالش‌ها و راهکارها
• 11. شبیه‌سازی سیستم‌های پروتئین-پروتئین: چالش‌ها و راهکارها
• 12. شبیه‌سازی سیستم‌های DNA/RNA: چالش‌ها و راهکارها
• 13. شبیه‌سازی سیستم‌های غشایی: چالش‌ها و راهکارها
• 14. روش‌های بهبود نمونه‌برداری در شبیه‌سازی‌های طولانی‌مدت
• 15. تکنیک‌های enhanced sampling: umbrella sampling
• 16. تکنیک‌های enhanced sampling: replica exchange molecular dynamics (REMD)
• 17. تکنیک‌های enhanced sampling: metadynamics
• 18. تحلیل نتایج شبیه‌سازی: محاسبه خواص ترمودینامیکی
• 19. تحلیل نتایج شبیه‌سازی: محاسبه خواص کینتیکی
• 20. تحلیل نتایج شبیه‌سازی: محاسبه انرژی اتصال
• 21. روش‌های ارزیابی دقت پیش‌بینی انرژی اتصال
• 22. ارزیابی دقت شبیه‌سازی با استفاده از داده‌های کریستالوگرافی
• 23. ارزیابی دقت شبیه‌سازی با استفاده از داده‌های NMR
• 24. ارزیابی دقت شبیه‌سازی با استفاده از داده‌های ایزوترمیک تیتریشنی (ITC)
• 25. ارزیابی دقت شبیه‌سازی با استفاده از داده‌های SPR
• 26. ارزیابی دقت شبیه‌سازی با استفاده از داده‌های FLIM
• 27. نقش حلال در دقت شبیه‌سازی
• 28. اثرات کوانتومی در شبیه‌سازی مولکولی
• 29. روش‌های در نظر گرفتن اثرات کوانتومی در شبیه‌سازی
• 30. شبیه‌سازی با استفاده از مکانیک کوانتومی/مدل مولکولی (QM/MM)
• 31. ارزیابی دقت شبیه‌سازی‌های QM/MM
• 32. استفاده از یادگیری ماشین برای ارزیابی و بهبود دقت شبیه‌سازی
• 33. پیش‌بینی خطا در شبیه‌سازی با استفاده از مدل‌های یادگیری ماشین
• 34. بهینه‌سازی پارامترهای شبیه‌سازی با استفاده از الگوریتم‌های تکاملی
• 35. ارزیابی حساسیت شبیه‌سازی به پارامترهای ورودی
• 36. استفاده از روش‌های ensemble برای ارزیابی عدم قطعیت
• 37. ارزیابی کیفیت مدل‌های شبیه‌سازی با استفاده از cross-validation
• 38. چالش‌های ارزیابی دقت شبیه‌سازی در سیستم‌های بزرگ و پیچیده
• 39. استفاده از ابررایانه‌ها برای شبیه‌سازی‌های دقیق
• 40. روش‌های موازی‌سازی شبیه‌سازی‌های مولکولی
• 41. رویکردهای جدید در ارزیابی دقت شبیه‌سازی
• 42. کاربردهای عملی ارزیابی دقت شبیه‌سازی در کشف دارو
• 43. مطالعه موردی: ارزیابی دقت شبیه‌سازی در طراحی یک مهارکننده پروتئین خاص
• 44. مطالعه موردی: ارزیابی دقت شبیه‌سازی در پیش‌بینی خواص ADMET
• 45. آینده ارزیابی دقت شبیه‌سازی در داروسازی