کتاب صوتی تسلط بر خط فرمان برای بیوانفورماتیک: راهنمای عملی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تسلط بر خط فرمان برای بیوانفورماتیک: راهنمای عملی

موضوع کلی: علوم داده و تحلیل زیستی

موضوع میانی: ابزارهای خط فرمان در تحلیل داده‌های زیستی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر محیط خط فرمان
• 2. نصب و پیکربندی ترمینال
• 3. دستورات اساسی ناوبری در سیستم‌عامل
• 4. مدیریت فایل‌ها و دایرکتوری‌ها
• 5. درک ساختار فایل‌های متنی
• 6. کار با دستورات grep و فیلتر کردن داده‌ها
• 7. دستورات awk برای پردازش متن
• 8. استفاده از دستورات sed برای ویرایش متن
• 9. متغیرهای محیطی و نحوه استفاده از آن‌ها
• 10. پایپ‌ها و ریدایرکت‌ها در خط فرمان
• 11. اسکریپت‌نویسی مقدماتی با Bash
• 12. حلقه‌ها و شرط‌ها در Bash
• 13. توابع در Bash
• 14. کار با آرایه‌ها در Bash
• 15. دستورات مربوط به تاریخ و زمان
• 16. دستورات مربوط به مدیریت فرآیندها
• 17. دستورات مربوط به مدیریت حافظه
• 18. درک مجوزهای دسترسی به فایل‌ها و دایرکتوری‌ها
• 19. کار با دستورات find و locate
• 20. فشرده‌سازی و از حالت فشرده درآوردن فایل‌ها
• 21. دستورات مربوط به شبکه
• 22. اتصال به سرورهای راه دور با SSH
• 23. انتقال فایل‌ها با SCP
• 24. مدیریت بسته‌ها با استفاده از مدیر بسته سیستم‌عامل
• 25. مقدمه‌ای بر زبان‌های برنامه‌نویسی مورد استفاده در بیوانفورماتیک
• 26. نصب و پیکربندی Python
• 27. نصب و پیکربندی R
• 28. اجرای اسکریپت‌های Python و R از خط فرمان
• 29. کار با کتابخانه‌های Python برای بیوانفورماتیک
• 30. کار با کتابخانه‌های R برای بیوانفورماتیک
• 31. مقدمه‌ای بر فرمت‌های فایل‌های بیوانفورماتیکی (FASTA, FASTQ, SAM, BAM)
• 32. تبدیل فرمت‌های فایل بیوانفورماتیکی
• 33. کار با فایل‌های FASTQ و کنترل کیفیت داده‌ها
• 34. هم‌ترازی (Alignment) توالی‌ها با استفاده از ابزارهای خط فرمان
• 35. شناسایی تنوع ژنتیکی (Variant Calling) با استفاده از ابزارهای خط فرمان
• 36. تجزیه و تحلیل نتایج هم‌ترازی و شناسایی تنوع ژنتیکی
• 37. کار با فایل‌های SAM و BAM
• 38. نمایه‌سازی فایل‌های BAM
• 39. استخراج اطلاعات از فایل‌های BAM
• 40. تحلیل داده‌های بیان ژن با استفاده از ابزارهای خط فرمان
• 41. نرم‌افزارهای مدیریت پایگاه داده‌های بیوانفورماتیکی
• 42. جستجو در پایگاه داده‌های بیوانفورماتیکی از طریق خط فرمان
• 43. اتوماسیون فرایندهای بیوانفورماتیکی با استفاده از اسکریپت‌ها
• 44. کار با سیستم‌های کنترل نسخه (Git) از خط فرمان
• 45. نوشتن اسکریپت‌های قابل اعتماد و قابل تکرار
• 46. عیب‌یابی اسکریپت‌های Bash
• 47. بهینه‌سازی عملکرد اسکریپت‌های Bash
• 48. مقدمه‌ای بر محاسبات ابری برای بیوانفورماتیک
• 49. اجرای تحلیل‌های بیوانفورماتیکی در محیط ابری
• 50. کار با ابزارهای مجازی‌سازی (Docker)
• 51. ایجاد و مدیریت کانتینرهای Docker برای بیوانفورماتیک
• 52. استفاده از Docker برای به اشتراک‌گذاری و تکرارپذیری تحلیل‌ها
• 53. کار با ابزارهای خط فرمان برای تجسم داده‌های بیوانفورماتیکی
• 54. مقدمه‌ای بر پایگاه‌های داده SQL و کاربرد آن‌ها در بیوانفورماتیک
• 55. جستجو و استخراج داده‌ها از پایگاه داده‌های بیوانفورماتیکی با استفاده از SQL
• 56. کار با ابزارهای خط فرمان برای مدیریت پایگاه داده‌های بیوانفورماتیکی
• 57. نوشتن کوئری‌های SQL برای تحلیل داده‌های بیوانفورماتیکی
• 58. کاربردهای پیشرفته خط فرمان در بیوانفورماتیک
• 59. توسعه ابزارهای خط فرمان سفارشی برای بیوانفورماتیک
• 60. بهبود مهارت‌های حل مسئله با استفاده از خط فرمان
• 61. منابع آموزشی و ابزارهای مفید برای یادگیری خط فرمان در بیوانفورماتیک
• 62. امنیت در استفاده از خط فرمان
• 63. بهینه‌سازی مصرف منابع در خط فرمان
• 64. کار با ابزارهای مانیتورینگ سیستم در خط فرمان
• 65. آشنایی با ابزارهای خط فرمان برای تحلیل متاژنومیک
• 66. آشنایی با ابزارهای خط فرمان برای تحلیل پروتئومیک
• 67. آشنایی با ابزارهای خط فرمان برای تحلیل فیلوژنومیک
• 68. کار با ابزارهای خط فرمان برای آنالیز داده‌های میکروبیوم
• 69. آشنایی با ابزارهای خط فرمان برای مدل‌سازی مولکولی