کتاب صوتی آموزش جامع تحلیل داده‌های تک‌سلولی چندوجهی (Multi-modal): از پیش‌پردازش تا یکپارچه‌سازی و تفسیر زیستی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش جامع تحلیل داده‌های تک‌سلولی چندوجهی (Multi-modal): از پیش‌پردازش تا یکپارچه‌سازی و تفسیر زیستی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی

موضوع میانی: تحلیل داده‌های تک‌سلولی چندوجهی (Multi-modal Single-Cell Analysis)

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر زیست‌شناسی تک‌سلولی و ضرورت تحلیل چندوجهی (Multi-modal)
• 2. آشنایی با فناوری‌های توالی‌یابی هم‌زمان رونویسوم و ژنوم یا پروتئوم در یک سلول
• 3. پیش‌پردازش داده‌های خام تک‌سلولی و کنترل کیفیت (Quality Control)
• 4. فیلتر کردن سلول‌های مرده، دابلت‌ها (Doublets) و نویزهای داده‌ای
• 5. نرمال‌سازی داده‌ها و کاهش اثرات بچ (Batch Effects) در داده‌های تک‌سلولی
• 6. کاهش بعد داده‌های با ابعاد بالا با استفاده از PCA، t-SNE و UMAP
• 7. مفاهیم پایه و روش‌های یکپارچه‌سازی داده‌های چندوجهی (Multi-modal Integration)
• 8. هم‌پوشانی داده‌های ترانسکریپتوم (RNA-seq) و پروتئوم (CITE-seq)
• 9. تحلیل داده‌های دسترسی به کروماتین (scATAC-seq) و ترکیب آن با رونویسوم
• 10. تراز کردن فضاهای ویژگی مشترک با استفاده از روش‌های یادگیری ماشین و الگوریتم‌های مَنفولد
• 11. خوشه‌بندی سلول‌ها و شناسایی انواع سلول‌های جدید در مقیاس تک‌سلولی
• 12. تشخیص ژن‌های نشانگر (Marker Genes) و نام‌گذاری سلول‌ها (Cell Type Annotation)
• 13. تحلیل مسیرهای تحول سلولی و ردیابی رده‌های سلولی (Trajectory Inference)
• 14. تحلیل برهم‌کنش‌های سلول-سلول (Cell-Cell Communication) بر اساس داده‌های چندوجهی
• 15. شناسایی تنظیم‌کننده‌های ژنی و شبکه‌های تنظیم ژن (Gene Regulatory Networks)
• 16. تحلیل داده‌های مکانی (Spatial Transcriptomics) و ترکیب آن با داده‌های تک‌سلولی
• 17. مدل‌سازی آماری و روش‌های یادگیری عمیق در تحلیل‌های چندوجهی تک‌سلولی
• 18. بهینه‌سازی محاسباتی و مدیریت داده‌های حجیم در محیط‌های ابری و پایتون/R
• 19. دیباگ کردن، اعتبارسنجی و رفع خطاهای رایج در خطوط لوله (Pipelines) تحلیل
• 20. تفسیر زیستی نتایج و استخراج بینش‌های مکانیسمی از داده‌های چندوجهی
• 21. پیاده‌سازی یک پروژه کامل تحلیل چندوجهی تک‌سلولی از داده‌های خام تا نتایج نهایی
• 22. بهترین روش‌ها (Best Practices) در مستندسازی و انتشار کدهای بیوانفورماتیکی