کتاب صوتی آموزش جولیا برای شیمی و مدل‌سازی مولکولی؛ از محاسبات علمی تا شبیه‌سازی‌های پیشرفته

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش جولیا برای شیمی و مدل‌سازی مولکولی؛ از محاسبات علمی تا شبیه‌سازی‌های پیشرفته

موضوع کلی: برنامه‌نویسی علمی و محاسبات شیمیایی

موضوع میانی: مدل‌سازی مولکولی و شیمی محاسباتی با Julia

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی زبان Julia برای محاسبات شیمیایی
• 2. راه‌اندازی محیط Julia و ابزارهای موردنیاز شیمی محاسباتی
• 3. ساختار داده‌ها و آرایه‌ها در Julia برای داده‌های مولکولی
• 4. توابع، ماژول‌ها و مدیریت کدهای پروژه‌های علمی
• 5. Broadcasting و محاسبات برداری روی داده‌های شیمیایی
• 6. محاسبات عددی و دقت شناور در شیمی محاسباتی
• 7. Linear Algebra در Julia برای مدل‌سازی مولکولی
• 8. حل دستگاه‌های معادلات و مسائل عددی شیمیایی
• 9. بهینه‌سازی کدهای علمی و مدیریت عملکرد در Julia
• 10. Parallel Computing برای محاسبات شیمیایی
• 11. GPU Computing و شتاب‌دهی محاسبات مولکولی
• 12. خواندن و پردازش داده‌های ساختار مولکولی
• 13. نمایش اتم‌ها، پیوندها و ساختارهای مولکولی در داده‌های محاسباتی
• 14. کار با فرمت‌های رایج فایل‌های مولکولی
• 15. محاسبه و پردازش مختصات سه‌بعدی مولکول‌ها
• 16. فاصله، زاویه و زاویه پیچشی در هندسه مولکولی
• 17. ساخت ماتریس فاصله و ماتریس مجاورت مولکولی
• 18. محاسبه خواص هندسی و ساختاری مولکول‌ها
• 19. محاسبات انرژی و کمیت‌های فیزیکی مولکولی
• 20. پیاده‌سازی الگوریتم‌های شیمی محاسباتی در Julia
• 21. مدل‌سازی پتانسیل‌های بین‌اتمی و بین‌مولکولی
• 22. محاسبه برهم‌کنش‌های الکترواستاتیکی
• 23. مدل‌سازی نیروهای واندروالس و برهم‌کنش‌های غیرپیوندی
• 24. مکانیک مولکولی و میدان‌های نیرو
• 25. ساخت و ارزیابی توابع انرژی مولکولی
• 26. کمینه‌سازی انرژی و یافتن ساختارهای پایدار
• 27. محاسبه گرادیان انرژی و مشتق‌های عددی
• 28. دینامیک مولکولی و اصول شبیه‌سازی حرکت اتم‌ها
• 29. انتگرال‌گیری عددی معادلات حرکت در دینامیک مولکولی
• 30. شرایط مرزی و جعبه‌های شبیه‌سازی
• 31. کنترل دما و فشار در شبیه‌سازی‌های مولکولی
• 32. تحلیل مسیرهای دینامیک مولکولی
• 33. محاسبه خواص ترمودینامیکی از شبیه‌سازی
• 34. تحلیل ساختاری و کانفورماسیونی مولکول‌ها
• 35. نمونه‌برداری از فضای کانفورماسیونی
• 36. تحلیل توزیع شعاع ژیراسیون و پارامترهای ساختاری
• 37. محاسبه توابع توزیع شعاعی
• 38. شبیه‌سازی و تحلیل سیستم‌های چندمولکولی
• 39. مدل‌سازی حلال و محیط‌های مولکولی
• 40. برهم‌کنش مولکول با حلال
• 41. مدل‌سازی سامانه‌های زیست‌مولکولی
• 42. کار با پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک در مدل‌سازی مولکولی
• 43. محاسبات ساختاری برای کمپلکس‌های مولکولی
• 44. مدل‌سازی واکنش‌های شیمیایی و مسیرهای واکنش
• 45. محاسبات ترمودینامیکی و سینتیکی در Julia
• 46. حل معادلات دیفرانسیل در مدل‌های شیمیایی
• 47. مدل‌سازی سینتیک واکنش‌های چندمرحله‌ای
• 48. شبیه‌سازی تعادل‌های شیمیایی
• 49. برازش پارامترهای مدل‌های شیمیایی به داده‌های تجربی
• 50. تحلیل عدم‌قطعیت و حساسیت در مدل‌های مولکولی
• 51. روش‌های آماری برای تحلیل داده‌های شیمیایی
• 52. Monte Carlo برای شبیه‌سازی سیستم‌های مولکولی
• 53. نمونه‌گیری تصادفی و روش‌های MCMC در مسائل شیمیایی
• 54. تحلیل داده‌های بزرگ حاصل از شبیه‌سازی‌های مولکولی
• 55. کاهش ابعاد داده‌های مولکولی
• 56. خوشه‌بندی و طبقه‌بندی ساختارهای مولکولی
• 57. یادگیری ماشین برای داده‌های شیمیایی در Julia
• 58. ساخت ویژگی‌های مولکولی برای مدل‌های یادگیری ماشین
• 59. پیش‌بینی خواص مولکولی با مدل‌های یادگیری ماشین
• 60. اتصال Julia به کتابخانه‌ها و ابزارهای شیمی محاسباتی
• 61. طراحی Pipeline محاسباتی برای پروژه‌های شیمی و مدل‌سازی مولکولی
• 62. مدیریت داده، بازتولیدپذیری و ثبت نتایج محاسبات علمی
• 63. اعتبارسنجی مدل‌ها و مقایسه نتایج شبیه‌سازی
• 64. Benchmarking و پروفایل‌کردن محاسبات شیمیایی
• 65. بهینه‌سازی نهایی Pipelineهای مدل‌سازی مولکولی
• 66. اجرای پروژه عملی مدل‌سازی مولکولی با Julia