کتاب صوتی اصول بصری‌سازی داده برای نمایش ساختار مولکولی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره اصول بصری‌سازی داده برای نمایش ساختار مولکولی

موضوع کلی: برنامه نویسی

موضوع میانی: بصری‌سازی داده (Data Visualization)

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه ای بر بصری سازی داده
• 2. چرا بصری سازی داده برای ساختارهای مولکولی مهم است
• 3. مقدمه ای بر ساختارهای مولکولی
• 4. انواع داده های مولکولی
• 5. مقدمه ای بر نمایش مولکولی
• 6. نمایش اتم ها و پیوندها
• 7. نمایش مدل های توپ و میله
• 8. نمایش مدل های فضایی (Space-filling)
• 9. نمایش مدل های برداری (Ball-and-stick)
• 10. نمایش توده ها (Van der Waals surfaces)
• 11. مقدمه ای بر نرم افزارهای بصری سازی مولکولی
• 12. معرفی PyMOL
• 13. معرفی VMD
• 14. معرفی ChimeraX
• 15. معرفی NGL Viewer
• 16. نصب و راه اندازی نرم افزارهای بصری سازی
• 17. آشنایی با رابط کاربری PyMOL
• 18. آشنایی با رابط کاربری VMD
• 19. آشنایی با رابط کاربری ChimeraX
• 20. آشنایی با رابط کاربری NGL Viewer
• 21. بارگذاری داده های مولکولی در نرم افزارها
• 22. فرمت های فایل PDB
• 23. فرمت های فایل CIF
• 24. فرمت های فایل MOL
• 25. فرمت های فایل XYZ
• 26. تکنیک های اساسی انتخاب اتم ها
• 27. انتخاب بر اساس نام عنصر
• 28. انتخاب بر اساس شماره اتم
• 29. انتخاب بر اساس زنجیره (Chain)
• 30. انتخاب بر اساس گروه (Residue)
• 31. انتخاب بر اساس مولکول
• 32. تکنیک های اساسی فیلتر کردن داده ها
• 33. نمایش/عدم نمایش اتم ها
• 34. نمایش/عدم نمایش پیوندها
• 35. نمایش/عدم نمایش مولکول ها
• 36. تکنیک های اساسی تغییر ظاهر
• 37. تغییر رنگ اتم ها
• 38. تغییر رنگ پیوندها
• 39. تغییر رنگ مولکول ها
• 40. تغییر اندازه اتم ها
• 41. تغییر ضخامت پیوندها
• 42. تغییر نمایش اتم ها (کره، نقطه، ...)
• 43. تغییر نمایش پیوندها (خط، نقطه، ...)
• 44. رنگ آمیزی بر اساس خواص (بار، بار جزئی، ...)
• 45. رنگ آمیزی بر اساس دما
• 46. رنگ آمیزی بر اساس انرژی
• 47. رنگ آمیزی بر اساس نوع اتم
• 48. رنگ آمیزی بر اساس گروه آمینواسیدی
• 49. رنگ آمیزی بر اساس نواحی (Domain)
• 50. مبانی نورپردازی در بصری سازی مولکولی
• 51. تنظیم جهت نور
• 52. تنظیم شدت نور
• 53. تنظیم رنگ نور
• 54. تنظیم بازتاب نور
• 55. استفاده از سایه ها
• 56. مبانی دوربین در بصری سازی مولکولی
• 57. حرکت دوربین
• 58. چرخش دوربین
• 59. زوم دوربین
• 60. نمای پرسپکتیو
• 61. نمای ارتوگرافیک
• 62. تنظیم میدان دید (Field of View)
• 63. ایجاد نماهای ثابت (Snapshot)
• 64. ذخیره سازی تصاویر با کیفیت بالا
• 65. مقدمه ای بر بصری سازی دینامیک مولکولی
• 66. بارگذاری فایل های TRAJECTORY
• 67. نمایش حرکت اتم ها
• 68. نمایش تغییرات ساختاری
• 69. تکنیک های ایجاد انیمیشن
• 70. تنظیم سرعت انیمیشن
• 71. تکرار انیمیشن
• 72. حفظ موقعیت دوربین در انیمیشن
• 73. ایجاد حلقه های انیمیشنی
• 74. ذخیره سازی انیمیشن ها
• 75. مقدمه ای بر بصری سازی مولکولی تعاملی
• 76. استفاده از ابزارهای تعاملی در نرم افزارها
• 77. انتخاب پویا و تغییر نمایش
• 78. تغییر پارامترها در حین نمایش
• 79. مقدمه ای بر نمودارهای مولکولی
• 80. نمودار پراکندگی (Scatter Plot) برای خواص مولکولی
• 81. نمودار میله ای (Bar Chart) برای مقایسه خواص
• 82. نمودار خطی (Line Chart) برای نمایش روند تغییرات
• 83. نمودار ناحیه ای (Area Chart) برای نمایش تجمعی
• 84. مقدمه ای بر توابع و اسکریپت نویسی در بصری سازی مولکولی
• 85. مقدمه ای بر زبان پایتون
• 86. استفاده از PyMOL API
• 87. استفاده از VMD Tcl/Tk
• 88. استفاده از ChimeraX Python API
• 89. استفاده از کتابخانه RDKit برای بصری سازی
• 90. ایجاد اسکریپت برای وظایف تکراری
• 91. خودکارسازی فرآیند بصری سازی
• 92. مقدمه ای بر بصری سازی سطوح مولکولی
• 93. سطوح مولکولی Van der Waals
• 94. سطوح مولکولی Solvation
• 95. سطوح مولکولی Electron Density
• 96. تکنیک های بصری سازی سطوح
• 97. رنگ آمیزی سطوح
• 98. برش زدن سطوح
• 99. نمایش بخش هایی از سطح
• 100. مقدمه ای بر بصری سازی پروتئین ها