فلش‌کارت‌های آموزشی استنتاج تاریخچه جمعیتی از داده‌های ژنتیکی در عصر بزرگ‌داده

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره استنتاج تاریخچه جمعیتی از داده‌های ژنتیکی در عصر بزرگ‌داده

موضوع کلی: علوم ژنتیک و بیولوژی مردمی

موضوع میانی: تحلیل داده‌های ژنتیکی برای بازسازی تاریخچه جمعیتی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی نظریه جمعیتی و فراوانی‌شناسی
• 2. مروری بر اصول ژنتیک جمعیاتی
• 3. مفهوم فشار انتخابی و جانشینی‌گی در جمعیات
• 4. نقشه‌برداری فاصله‌های ژنتیکی با استفاده از SNPها
• 5. تفاوت بین نوین‌سازی و نوسانات جمعیتی
• 6. مدل‌های رشد و کاهش جمعیات
• 7. اصول نظریه برادفورد-اگرولیسیته
• 8. مدل‌های تراکمی جمعیات
• 9. مفاهیم بنیادی موجود در داده‌های ژنومی
• 10. آشنایی با انواع داده‌های ژنتیکی (SNP، STR، CNV)
• 11. پیش‌پردازش و پاک‌سازی داده‌های ژنتیکی
• 12. کاهش ابعاد داده با استفاده از PCA
• 13. تحلیل خوشایندی با MDS
• 14. ساختارهای جغرافیایی در داده‌های ژنتیکی
• 15. تفاوت بین جمعیات افقی و عمودی
• 16. تحلیل خوشه‌بندی با استفاده از ADMIXTURE
• 17. مدل‌های خروشی مخلوط (admixture graphs)
• 18. برآورد زمان به‌اشتراک‌گذاری درختی
• 19. روش‌های بازگردانی درختی (phylogenetic reconstruction)
• 20. انواع روش‌های درختسازی (Neighbor-Joining، Maximum Likelihood)
• 21. تحلیل شبکه‌های ژنتیکی (network analysis)
• 22. مدل‌های تاریخچه جمعیات با استفاده از داده‌های بازنشانی شده
• 23. تخمین نرخ جغرافیایی و سرعت گسترش
• 24. روش‌های بازنگری تاریخچه جمعیات (demographic inference)
• 25. مدل‌های دو-پالسی (two-population models)
• 26. مدل‌های چند-پالسی (multi-population models)
• 27. تخمین اندازه جمعیات با روش‌های مختلف
• 28. تحلیل فشردگی ژنتیکی (genetic bottleneck)
• 29. تخمین زمان شروع جدایی جمعیات
• 30. روش‌های بیزین (Bayesian) در استنتاج دموگرافیک
• 31. نرم‌افزارهای رایج: ADMIXTOOLS، fastModel، qpGraph
• 32. مدل‌سازی با استفاده از داده‌های خارج از تعادل
• 33. تحلیل داده‌های ژنتیکی قدیمی (ancient DNA)
• 34. مراحل پیش‌پردازش DNA قدیمی
• 35. مشکلات مرتبط با آسیب DNA قدیمی
• 36. روش‌های تقویری برای استخراج اطلاعات ژنتیکی
• 37. مدل‌سازی ترکیبی DNA قدیمی و مدرن
• 38. تحلیل سطوح مختلط در جمعیات
• 39. تعاملات میان جمعیات‌ها و مهاجرت
• 40. تخمین نرخ مهاجرت و جریان ژنی
• 41. تحلیل داده‌های ژنتیکی با سطوح نمونه‌گیری ناهمگن
• 42. روش‌های خطاگیری در داده‌های ژنتیکی
• 43. تطبیق مدل‌های نظریه با داده‌های واقعی
• 44. ارزیابی مناسب بودن مدل (model fit)
• 45. تحلیل حساسیت نتایج به پارامترهای ورودی
• 46. مقایسه روش‌های مختلف استنتاج دموگرافیک
• 47. تفسیر نتایج به‌دست آمده از تحلیل‌های دموگرافیک
• 48. نقشه‌کشی تاریخچه جمعیات بر روی نقشه جغرافیایی
• 49. مستندسازی و انتقال یافته‌ها در پژوهش‌های ژنتیکی