فلش‌کارت‌های آموزشی شبیه‌سازی ژنومیک با قدرت GPU

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره شبیه‌سازی ژنومیک با قدرت GPU

موضوع کلی: پردازش موازی و شتاب‌دهنده‌های گرافیکی

موضوع میانی: استفاده از GPU در ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی محاسبات با کارایی بالا
• 2. معماری پردازنده‌های گرافیکی (GPU)
• 3. برنامه‌نویسی موازی با CUDA
• 4. برنامه‌نویسی موازی با OpenCL
• 5. مقدمه‌ای بر شبیه‌سازی ژنومیک
• 6. بانک‌های داده ژنومیک و فرمت‌های رایج
• 7. همترازسازی توالی‌های DNA
• 8. مونتاژ ژنوم با استفاده از روش‌های مبتنی بر گراف
• 9. شناسایی واریانت‌های ژنتیکی (SNPs و Indels)
• 10. آنالیز داده‌های بیان ژن (RNA-Seq)
• 11. مقدمه‌ای بر یادگیری ماشین در ژنومیک
• 12. پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 13. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی پروتئین‌ها
• 14. شبیه‌سازی تاشوی پروتئین
• 15. روش‌های نمونه‌برداری Monte Carlo
• 16. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی DNA
• 17. مطالعه برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین
• 18. شبیه‌سازی کانال‌های یونی
• 19. شبیه‌سازی غشای سلولی
• 20. شبیه‌سازی انتقال مواد در غشا
• 21. مدل‌سازی متابولیک
• 22. شبیه‌سازی مسیرهای سیگنالینگ
• 23. تحلیل شبکه‌های ژنی
• 24. شبیه‌سازی تکامل ژنومیک
• 25. تطبیق الگوریتم‌های ژنومیک برای GPU
• 26. بهینه‌سازی حافظه در برنامه‌های GPU
• 27. بهینه‌سازی انتقال داده بین CPU و GPU
• 28. استفاده از کتابخانه‌های CUDA برای ژنومیک
• 29. استفاده از کتابخانه‌های OpenCL برای ژنومیک
• 30. شبیه‌سازی جمعیت با استفاده از GPU
• 31. تحلیل ژنوم مقایسه‌ای
• 32. شناسایی ژن‌های کاندید برای بیماری‌ها
• 33. پیش‌بینی پاسخ دارویی بر اساس ژنوتیپ
• 34. تجزیه و تحلیل داده‌های میکروارای
• 35. شبیه‌سازی سیستم‌های بیولوژیکی پیچیده
• 36. مدل‌سازی رشد تومور
• 37. شبیه‌سازی سیستم ایمنی
• 38. تحلیل داده‌های اپی‌ژنومیک
• 39. شبیه‌سازی بیان ژن در سطح سلول
• 40. بهینه‌سازی عملکرد شبیه‌سازی‌های بزرگ‌مقیاس
• 41. استفاده از ابزارهای پروفایلینگ GPU
• 42. روش‌های کاهش خطا در شبیه‌سازی‌های ژنومیک
• 43. تفسیر نتایج شبیه‌سازی ژنومیک
• 44. کاربردهای بالینی شبیه‌سازی ژنومیک
• 45. آینده شبیه‌سازی ژنومیک با GPU