فلش‌کارت‌های آموزشی GPU برای مونتاژ ژنوم: چالش‌ها و راه‌حل‌ها

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره GPU برای مونتاژ ژنوم: چالش‌ها و راه‌حل‌ها

موضوع کلی: پردازش موازی و شتاب‌دهنده‌های گرافیکی

موضوع میانی: استفاده از GPU در ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر مونتاژ ژنوم و نقش پردازنده‌های گرافیکی
• 2. معماری پردازنده‌های گرافیکی و کاربرد آن‌ها در محاسبات زیستی
• 3. بررسی انواع حافظه‌های GPU و تاثیر آن‌ها بر عملکرد
• 4. نصب و پیکربندی درایورهای GPU برای کاربردهای ژنومی
• 5. آشنایی با زبان‌های برنامه‌نویسی موازی برای GPU
• 6. CUDA: مقدمه‌ای بر معماری و برنامه‌نویسی
• 7. OpenCL: مقدمه‌ای بر معماری و برنامه‌نویسی
• 8. مقایسه CUDA و OpenCL برای مونتاژ ژنوم
• 9. بهینه‌سازی کد برای GPU: مفاهیم پایه
• 10. بهینه‌سازی حافظه در برنامه‌های GPU
• 11. مدیریت thread و block در CUDA
• 12. همگام‌سازی threadها در CUDA
• 13. استفاده از کتابخانه‌های CUDA برای جبر خطی
• 14. استفاده از کتابخانه‌های CUDA برای تبدیل فوریه
• 15. معرفی ابزارهای پروفایلینگ GPU
• 16. پروفایلینگ عملکرد کد CUDA
• 17. تحلیل گلوگاه‌های عملکرد در برنامه‌های مونتاژ ژنوم
• 18. روش‌های موازی‌سازی الگوریتم‌های مونتاژ ژنوم
• 19. الگوریتم‌های De Bruijn graph و پیاده‌سازی آن‌ها بر روی GPU
• 20. الگوریتم‌های String Graph و پیاده‌سازی آن‌ها بر روی GPU
• 21. استفاده از GPU برای مونتاژ ژنوم‌های کوچک
• 22. استفاده از GPU برای مونتاژ ژنوم‌های بزرگ
• 23. مونتاژ de novo با استفاده از GPU
• 24. مونتاژ مبتنی بر مرجع با استفاده از GPU
• 25. تصحیح خطا در داده‌های NGS با استفاده از GPU
• 26. روش‌های فیلتر کردن داده‌های NGS بر روی GPU
• 27. توسعه pipelineهای مونتاژ ژنوم بر روی GPU
• 28. مقایسه عملکرد GPU با CPU در مونتاژ ژنوم
• 29. بررسی هزینه‌های محاسباتی مونتاژ ژنوم با GPU
• 30. استفاده از GPU برای مونتاژ متاژنوم
• 31. مونتاژ ژنوم‌های پلوئیدی بالا با استفاده از GPU
• 32. استفاده از GPU در مونتاژ ژنوم‌های ویروسی
• 33. بررسی چالش‌های مونتاژ ژنوم‌های تکراری با GPU
• 34. استفاده از GPU برای پیش‌پردازش داده‌های ژنومی
• 35. استفاده از GPU برای جستجوی الگو در داده‌های ژنومی
• 36. استفاده از GPU در آنالیز واریانت‌های ژنتیکی
• 37. کاربردهای GPU در تعیین ساختار پروتئین
• 38. کاربردهای GPU در مدل‌سازی مولکولی
• 39. استفاده از GPU در فیلوژنتیک محاسباتی
• 40. استفاده از GPU در بیوانفورماتیک سیستماتیک
• 41. بررسی ابزارهای متن‌باز مونتاژ ژنوم مبتنی بر GPU
• 42. بررسی ابزارهای تجاری مونتاژ ژنوم مبتنی بر GPU
• 43. مقایسه ابزارهای مختلف مونتاژ ژنوم بر روی GPU
• 44. بهینه‌سازی مصرف انرژی در برنامه‌های مونتاژ ژنوم GPU
• 45. بررسی آینده GPU در مونتاژ ژنوم و محاسبات زیستی