فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل واریانت‌های ژنتیکی با GPU

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل واریانت‌های ژنتیکی با GPU

موضوع کلی: پردازش موازی و شتاب‌دهنده‌های گرافیکی

موضوع میانی: استفاده از GPU در ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. آشنایی با مفاهیم پایه ژنتیک
• 2. مقدمه‌ای بر پردازش موازی با GPU
• 3. معماری GPU و کاربردهای آن در محاسبات علمی
• 4. نصب و پیکربندی CUDA Toolkit
• 5. نصب و پیکربندی درایورهای NVIDIA
• 6. زبان برنامه‌نویسی CUDA: مبانی
• 7. مدیریت حافظه در CUDA
• 8. Kernelها: نوشتن و اجرای توابع موازی
• 9. همگام‌سازی نخ‌ها در CUDA
• 10. بهینه‌سازی Kernelها برای عملکرد بهتر
• 11. مقدمه‌ای بر الگوریتم‌های تحلیل واریانت
• 12. فرمت‌های فایل‌های داده‌های ژنتیکی (VCF, BAM)
• 13. خواندن و نوشتن فایل‌های VCF با CUDA
• 14. خواندن و نوشتن فایل‌های BAM با CUDA
• 15. نمایش داده‌های ژنتیکی با استفاده از CUDA
• 16. پیاده‌سازی الگوریتم‌های فیلترینگ واریانت با GPU
• 17. شناسایی واریانت‌های تک نوکلئوتیدی (SNPs) با CUDA
• 18. شناسایی واریانت‌های درج و حذف (Indels) با CUDA
• 19. تحلیل واریانت‌های ساختاری با GPU
• 20. محاسبه فراوانی واریانت‌ها با CUDA
• 21. آزمون‌های آماری برای ارتباط واریانت‌ها با فنوتیپ
• 22. تجزیه و تحلیل واریانت‌های نادر با GPU
• 23. پیاده‌سازی الگوریتم‌های یادگیری ماشین برای پیش‌بینی واریانت‌ها
• 24. شبکه‌های عصبی کانولوشنال (CNN) برای تحلیل ژنتیکی با CUDA
• 25. شبکه‌های عصبی بازگشتی (RNN) برای تحلیل ژنتیکی با CUDA
• 26. استفاده از CUDA برای خوشه بندی داده‌های ژنتیکی
• 27. کاهش ابعاد داده‌های ژنتیکی با CUDA (PCA, t-SNE)
• 28. تحلیل مسیرهای ژنتیکی با استفاده از GPU
• 29. تحلیل واریانت‌های مرتبط با بیماری‌های خاص (سرطان، بیماری‌های قلبی)
• 30. تحلیل واریانت‌های جمعیت با GPU
• 31. مقدمه‌ای بر ژنومیکس مقایسه‌ای با CUDA
• 32. تحلیل واریانت‌های در سطح ژنوم کامل (GWAS) با GPU
• 33. بهینه‌سازی استفاده از حافظه در تحلیل واریانت‌های ژنتیکی
• 34. استفاده از کتابخانه‌های CUDA برای تحلیل ژنتیکی (cuBLAS, cuFFT)
• 35. عیب‌یابی و رفع اشکال برنامه‌های CUDA
• 36. مقایسه عملکرد CPU و GPU در تحلیل واریانت‌ها
• 37. تحلیل داده‌های ژنتیکی بزرگ (Big Data) با GPU
• 38. مقیاس‌پذیری برنامه‌های CUDA برای خوشه‌های GPU
• 39. استفاده از CUDA برای شبیه‌سازی فرآیندهای تکاملی
• 40. تجزیه و تحلیل متاژنتیک با GPU
• 41. تحلیل داده‌های epigenetic با CUDA
• 42. تحلیل داده‌های پروتئومیک با GPU
• 43. تحلیل داده‌های ترانسکریپتومیک با GPU
• 44. به روزرسانی و نگهداری کد CUDA
• 45. آینده تحلیل واریانت‌های ژنتیکی با GPU