فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل داده‌های 10x Chromium در کشف دارو: از صفر تا خبرگی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل داده‌های 10x Chromium در کشف دارو: از صفر تا خبرگی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و داروشناسی

موضوع میانی: تجزیه و تحلیل داده‌های تک‌سلولی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر فناوری 10x Genomics Chromium
• 2. مبانی بیولوژی تک‌سلولی
• 3. طراحی آزمایش 10x Chromium
• 4. آماده‌سازی نمونه برای 10x Genomics
• 5. دریافت و کنترل کیفیت داده‌های 10x Genomics
• 6. معرفی پایپ‌لاین Cell Ranger
• 7. نرم‌افزار Cell Ranger: تنظیمات و پارامترها
• 8. تنظیمات پیشرفته Cell Ranger
• 9. بهینه‌سازی Cell Ranger برای داده‌های مختلف
• 10. معرفی فرمت‌های داده خروجی Cell Ranger
• 11. بررسی و ارزیابی کیفیت داده‌های Cell Ranger
• 12. نرم‌افزارهای تکمیلی Cell Ranger
• 13. دمالتریپلت‌سازی (Demultiplexing) داده‌های 10x Genomics
• 14. نرم‌افزارهای دمالتریپلت‌سازی
• 15. کنترل کیفیت داده‌های دمالتریپلت‌سازی شده
• 16. نرم‌افزار Loupe Cell Browser: کاوش داده‌های تک‌سلولی
• 17. آنالیز اکتشافی داده‌های تک‌سلولی با Loupe Cell Browser
• 18. انتخاب و فیلتر کردن سلول‌ها
• 19. تجزیه و تحلیل بیان ژن
• 20. نرم‌افزار Seurat: مقدمه و نصب
• 21. نرم‌افزار Seurat: پیش‌پردازش داده‌ها
• 22. نرم‌افزار Seurat: نرمال‌سازی داده‌ها
• 23. نرم‌افزار Seurat: کاهش ابعاد (PCA)
• 24. نرم‌افزار Seurat: خوشه‌بندی (Clustering)
• 25. نرم‌افزار Seurat: شناسایی نشانگرهای سلولی
• 26. نرم‌افزار Seurat: آنالیز تفاضلی بیان ژن
• 27. آنالیز مسیرهای بیولوژیکی (Pathway Analysis)
• 28. نرم‌افزار GSVA و ssGSEA
• 29. ادغام داده‌های 10x Genomics با سایر منابع داده
• 30. تحلیل داده‌های RNA velocity
• 31. نرم‌افزار scVelo: مقدمه و نصب
• 32. نرم‌افزار scVelo: آنالیز RNA velocity
• 33. تحلیل داده‌های ADT (Antibody-Derived Tags)
• 34. ادغام داده‌های RNA و ADT
• 35. تحلیل داده‌های CRISPR
• 36. شناسایی اثرات CRISPR در سطح تک‌سلولی
• 37. تحلیل داده‌های ATAC-seq
• 38. ادغام داده‌های ATAC-seq و RNA-seq
• 39. کاربردهای 10x Genomics در کشف دارو
• 40. شناسایی اهداف دارویی با استفاده از داده‌های تک‌سلولی
• 41. پیش‌بینی پاسخ دارویی
• 42. تحلیل اثرات جانبی داروها
• 43. تحلیل داده‌های تک‌سلولی در ایمونوتراپی
• 44. تحلیل داده‌های تک‌سلولی در سرطان
• 45. تحلیل داده‌های تک‌سلولی در بیماری‌های خودایمنی
• 46. تحلیل داده‌های تک‌سلولی در بیماری‌های عصبی
• 47. تحلیل داده‌های تک‌سلولی در بیماری‌های قلبی عروقی
• 48. نرم‌افزارهای تجاری برای تحلیل داده‌های 10x Genomics
• 49. بهینه‌سازی هزینه محاسباتی در تحلیل داده‌های 10x Genomics
• 50. مستندسازی و گزارش‌دهی نتایج
• 51. آینده تحلیل داده‌های تک‌سلولی در داروشناسی
• 52. کارگاه عملی: تحلیل یک مجموعه داده واقعی 10x Genomics