فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل شبکه‌های PPI با NetworkX: از تئوری تا کاربرد

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل شبکه‌های PPI با NetworkX: از تئوری تا کاربرد

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و شبکه‌های بیولوژیکی

موضوع میانی: تحلیل شبکه‌های برهم‌کنش پروتئین

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر شبکه‌های برهم‌کنش پروتئین (PPI)
• 2. اهمیت و کاربردهای تحلیل شبکه‌های PPI در بیولوژی سیستمز
• 3. منابع داده‌های PPI: پایگاه‌های داده و روش‌های تجربی
• 4. فرمت‌های رایج داده‌های PPI
• 5. آشنایی با کتابخانه NetworkX در پایتون
• 6. نصب و راه‌اندازی NetworkX
• 7. ایجاد گراف‌های PPI با استفاده از NetworkX
• 8. خواندن داده‌های PPI از فایل‌ها (SIF، GML، و غیره)
• 9. نمایش گراف‌های PPI
• 10. اندازه‌گیری‌های مرکزی در شبکه‌های PPI: درجه (Degree)
• 11. اندازه‌گیری‌های مرکزی: بینابینی (Betweenness)
• 12. اندازه‌گیری‌های مرکزی: نزدیکی (Closeness)
• 13. اندازه‌گیری‌های مرکزی: بردار ویژه (Eigenvector)
• 14. تحلیل زیرگروه‌ها (Subgraphs) در شبکه‌های PPI
• 15. شناسایی ماژول‌ها و خوشه‌ها در شبکه‌های PPI
• 16. الگوریتم‌های تشخیص اجتماع (Community Detection)
• 17. تحلیل مسیرها (Pathways) در شبکه‌های PPI
• 18. بررسی مسیرهای سیگنالینگ
• 19. تحلیل توپولوژیکی شبکه‌های PPI
• 20. ویژگی‌های آماری شبکه‌های PPI
• 21. مدل‌های تصادفی برای شبکه‌های PPI
• 22. مقایسه شبکه‌های PPI از گونه‌های مختلف
• 23. تجسم (Visualization) پیشرفته شبکه‌های PPI
• 24. استفاده از Gephi برای تجسم شبکه‌های PPI
• 25. تحلیل شبکه‌های PPI پویا (Dynamic PPI Networks)
• 26. کاربرد NetworkX در مدل‌سازی شبکه‌های PPI
• 27. تحلیل شبکه‌های PPI مبتنی بر بافت (Tissue-Specific PPI Networks)
• 28. ادغام داده‌های PPI با سایر داده‌های اومیکس (Omics Data)
• 29. تحلیل شبکه‌های PPI در بیماری‌ها
• 30. شناسایی ژن‌های کلیدی در بیماری‌ها با استفاده از تحلیل PPI
• 31. پیش‌بینی برهم‌کنش‌های پروتئین-پروتئین جدید
• 32. تحلیل شبکه‌های PPI در سرطان
• 33. تحلیل شبکه‌های PPI در بیماری‌های عصبی
• 34. تحلیل شبکه‌های PPI در بیماری‌های عفونی
• 35. تحلیل شبکه‌های PPI در داروشناسی
• 36. هدف‌گذاری دارویی با استفاده از تحلیل PPI
• 37. طراحی دارو با استفاده از شبکه‌های PPI
• 38. تحلیل شبکه‌های PPI در ایمونولوژی
• 39. بررسی برهم‌کنش‌های پروتئین‌های سیستم ایمنی
• 40. تحلیل شبکه‌های PPI در متابولومیک
• 41. ادغام داده‌های PPI و متابولومیک
• 42. تحلیل شبکه‌های PPI در گیاهان
• 43. تحلیل شبکه‌های PPI در میکروارگانیسم‌ها
• 44. تحلیل شبکه‌های PPI با استفاده از ابزارهای خط فرمان
• 45. اسکریپت‌نویسی پایتون برای تحلیل PPI
• 46. کار با پایگاه داده‌های بزرگ PPI
• 47. بهینه‌سازی کد NetworkX برای شبکه‌های بزرگ
• 48. روش‌های کاهش پیچیدگی شبکه‌های PPI
• 49. تحلیل شبکه‌های PPI چندلایه (Multi-Layer PPI Networks)
• 50. تحلیل شبکه‌های PPI با در نظر گرفتن وزن برهم‌کنش‌ها
• 51. تحلیل شبکه‌های PPI مبتنی بر متن (Text-Based PPI Networks)
• 52. تحلیل شبکه‌های PPI با استفاده از یادگیری ماشین
• 53. استفاده از یادگیری عمیق در تحلیل PPI
• 54. تحلیل شبکه‌های PPI و پیش‌بینی عملکرد پروتئین‌ها
• 55. تحلیل شبکه‌های PPI و کشف مکانیسم‌های بیماری
• 56. کاربرد تحلیل PPI در بیوانفورماتیک شخصی‌سازی شده
• 57. آینده تحلیل شبکه‌های PPI