فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل جامع فراژنومیکس: از داده تا بینش بیولوژیکی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل جامع فراژنومیکس: از داده تا بینش بیولوژیکی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و ژنومیکس

موضوع میانی: متابوژنومیکس و فرانواریزه‌سازی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر متابوژنومیکس و فرانواریزه‌سازی
• 2. اهمیت و کاربردهای فراژنومیکس در علوم زیستی
• 3. تفاوت‌های کلیدی بین ژنومیکس، متابوژنومیکس و فرانواریزه‌سازی
• 4. نمونه‌برداری و آماده‌سازی نمونه برای فراژنومیکس
• 5. توالی‌یابی نسل جدید (NGS) و کاربرد آن در فراژنومیکس
• 6. کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی
• 7. روش‌های حذف آداپتورها و توالی‌های کم کیفیت
• 8. مونتاژ متاژنوم‌ها: رویکردها و چالش‌ها
• 9. روش‌های مونتاژ مبتنی بر گراف و مبتنی بر de Bruijn
• 10. ارزیابی کیفیت مونتاژ
• 11. آنوتاسیون متاژنوم‌ها: شناسایی ژن‌ها و مسیرهای متابولیکی
• 12. پایگاه‌های داده آنوتاسیون متاژنومیک (KEGG, MetaCyc, Pfam)
• 13. پیش‌بینی ژن‌ها در متاژنوم‌ها
• 14. شناسایی ژن‌های عملکردی و مسیرهای متابولیکی
• 15. تخمین تنوع میکروبی با استفاده از متاژنومیکس
• 16. شاخص‌های تنوع آلفا و بتا
• 17. نمونه‌برداری و نرمال‌سازی داده‌ها
• 18. تحلیل فراوانی ژن‌ها و مسیرهای متابولیکی
• 19. تحلیل فرانواریزه‌سازی (Metatranscriptomics): اصول و روش‌ها
• 20. توالی‌یابی RNA و آماده‌سازی کتابخانه
• 21. کنترل کیفیت داده‌های RNA-seq
• 22. همترازی (Alignment) خوانش‌ها به ژنوم مرجع (در صورت وجود)
• 23. تخمین بیان ژن‌ها
• 24. تحلیل بیان ژن‌های متفاوت (Differential Gene Expression)
• 25. ادغام داده‌های متاژنومیک و فرانواریزه‌سازی
• 26. ارتباط بین ژنوتیپ و فنوتایپ در میکروبیوم‌ها
• 27. شناسایی ژن‌های فعال در شرایط مختلف محیطی
• 28. پیش‌بینی عملکرد متابولیکی بر اساس داده‌های فراژنومیک
• 29. تحلیل مسیرهای متابولیکی فعال
• 30. شناسایی ژن‌های کلیدی در میکروبیوم‌ها
• 31. تحلیل فراژنومیکس در محیط‌های مختلف (خاک، آب، روده)
• 32. کاربرد فراژنومیکس در پزشکی و سلامت انسان
• 33. فراژنومیکس و بیماری‌های عفونی
• 34. فراژنومیکس و سرطان
• 35. فراژنومیکس و اختلالات متابولیکی
• 36. تحلیل داده‌های متاژنومیک با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
• 37. استفاده از پایپ‌لاین‌های فراژنومیک
• 38. تجسم و تفسیر داده‌های فراژنومیک
• 39. چالش‌های تحلیل داده‌های متاژنومیک و فرانواریزه‌سازی
• 40. خطاهای توالی‌یابی و روش‌های کاهش آن‌ها
• 41. اثرات آلودگی در داده‌های فراژنومیک
• 42. ملاحظات آماری در تحلیل فراژنومیک
• 43. مطالعات موردی: تحلیل فراژنومیک یک میکروبیوم خاص
• 44. تحلیل فراژنومیک میکروبیوم روده
• 45. تحلیل فراژنومیک میکروبیوم خاک
• 46. تحلیل فراژنومیک میکروبیوم آب
• 47. آینده فراژنومیکس: تکنولوژی‌ها و چالش‌های پیش رو
• 48. فراژنومیکس تک‌سلولی
• 49. فراژنومیکس فضایی
• 50. هوش مصنوعی و یادگیری ماشین در فراژنومیکس