فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل فیلوژنتیک داده‌ها: از تئوری تا عمل

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل فیلوژنتیک داده‌ها: از تئوری تا عمل

موضوع کلی: زیست‌شناسی تکاملی

موضوع میانی: تحلیل‌های مولکولی و فیلوژنتیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر فیلوژنتیک و اهمیت آن در زیست‌شناسی
• 2. تاریخچه تحلیل‌های فیلوژنتیک
• 3. مفاهیم کلیدی: تبار، گونه، و فیلوگرام
• 4. انواع داده‌های مورد استفاده در فیلوژنتیک (DNA، RNA، پروتئین، مورفولوژی)
• 5. همترازی توالی (Sequence Alignment): اصول و روش‌ها
• 6. همترازی چندگانه توالی: الگوریتم‌های کلستر W و پروفایل پنهان مارکوف
• 7. ارزیابی کیفیت همترازی توالی
• 8. ماتریس‌های فاصله و روش‌های محاسبه آن‌ها
• 9. روش‌های فیلوژنتیک مبتنی بر فاصله: UPGMA و Neighbor-Joining
• 10. روش‌های فیلوژنتیک مبتنی بر بیشینه‌سادگی (Maximum Parsimony)
• 11. روش‌های فیلوژنتیک مبتنی بر احتمال بیشینه (Maximum Likelihood)
• 12. روش‌های بیزی (Bayesian) در فیلوژنتیک
• 13. انتخاب مدل تکاملی مناسب
• 14. معرفی مدل‌های تکاملی: Jukes-Cantor، Kimura 2-parameter، GTR
• 15. آزمون نسبت درست‌نمایی (Likelihood Ratio Test)
• 16. بوت‌استرپ (Bootstrapping) و ارزیابی استحکام گره‌ها
• 17. تحلیل همزمان (Concurrent Analysis)
• 18. بررسی فرضیه‌های تکاملی با استفاده از فیلوژنتیک
• 19. کاربرد فیلوژنتیک در طبقه‌بندی موجودات زنده
• 20. فیلوژنتیک مولکولی و ریشه‌نگاری
• 21. ریشه‌نگاری با استفاده از گروه‌های برون‌گروهی (Outgroup)
• 22. تحلیل شبکه‌های فیلوژنتیک
• 23. مقدمه‌ای بر فیلوژنتیک جمعیت
• 24. فیلوژئوگرافی (Phylogeography) و بررسی توزیع جغرافیایی ژنتیکی
• 25. تحلیل داده‌های ژنومی در فیلوژنتیک
• 26. استفاده از داده‌های RNA-Seq در فیلوژنتیک
• 27. تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از نرم‌افزار MEGA
• 28. تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از نرم‌افزار RAxML
• 29. تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از نرم‌افزار MrBayes
• 30. تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از نرم‌افزار BEAST
• 31. ارائه نتایج فیلوژنتیک: ترسیم درختان و تفسیر آن‌ها
• 32. نرم‌افزارهای ویرایش و نمایش درختان فیلوژنتیک
• 33. چالش‌ها و محدودیت‌های تحلیل فیلوژنتیک
• 34. بررسی موارد مطالعاتی واقعی: تحلیل فیلوژنتیک در گونه‌های مختلف
• 35. تحلیل داده‌های میتوکندریایی
• 36. تحلیل داده‌های هسته‌ای
• 37. تحلیل داده‌های کلروپلاست
• 38. خطاهای رایج در تحلیل فیلوژنتیک و نحوه اجتناب از آن‌ها
• 39. بهینه‌سازی درخت فیلوژنتیک
• 40. تحلیل فیلوژنتیک و حفاظت از تنوع زیستی
• 41. کاربرد فیلوژنتیک در تشخیص و ردیابی بیماری‌ها
• 42. آینده تحلیل‌های فیلوژنتیک و روندهای نوظهور