فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل میکروبیوم با داده‌های NGS

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل میکروبیوم با داده‌های NGS

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی میکروبیوم و اهمیت تحلیل‌های NGS
• 2. تفاوت‌های توالی‌یابی 16S rRNA و Shotgun Metagenomics
• 3. استخراج DNA میکروبی و کنترل کیفیت نمونه‌ها
• 4. آماده‌سازی کتابخانه‌های توالی‌یابی برای میکروبیوم
• 5. مبانی لینوکس و محیط خط فرمان برای بیوانفورماتیک
• 6. کار با محیط R و پکیج‌های تخصصی تحلیل میکروبیوم
• 7. کار با محیط Python و کتابخانه‌های BioPython و Pandas
• 8. کنترل کیفیت داده‌های خام (FastQC و MultiQC)
• 9. پیش‌پردازش و تریمینگ داده‌ها با Trimmomatic و Cutadapt
• 10. مفهوم ASV در مقابل OTU در تحلیل‌های میکروبیومی
• 11. کار با خط لوله QIIME 2 برای تحلیل 16S
• 12. استفاده از DADA2 برای حذف نویز و شناسایی توالی‌ها
• 13. تخصیص تاکسونومیک با استفاده از دیتابیس‌های SILVA و GreenGenes
• 14. تحلیل تنوع آلفا (Alpha Diversity) و شاخص‌های شانون و سیمپسون
• 15. تحلیل تنوع بتا (Beta Diversity) و فاصله UniFrac
• 16. تفسیر نمودارهای PCoA و NMDS در تحلیل میکروبیوم
• 17. روش‌های نرمال‌سازی داده‌ها (Rarefaction و Scaling)
• 18. تحلیل فراوانی نسبی (Relative Abundance) تاکسون‌ها
• 19. شناسایی گونه‌های شاخص با استفاده از LEfSe
• 20. تحلیل همبستگی بین گونه‌های میکروبی (Co-occurrence Networks)
• 21. مبانی تحلیل متاژنومیک Shotgun
• 22. مونتاژ داده‌های متاژنومیک (Metagenomic Assembly) با MEGAHIT و metaSPAdes
• 23. بینینگ (Binning) توالی‌ها برای بازسازی ژنوم‌های MAGs
• 24. ارزیابی کیفیت Binها با MaxBin2 و CheckM
• 25. حاشیه‌نویسی عملکردی (Functional Annotation) با KEGG و GO
• 26. استفاده از HUMAnN3 برای تحلیل مسیرهای متابولیکی
• 27. تحلیل غنی‌سازی مسیرهای بیوشیمیایی در میکروبیوم
• 28. مقایسه ترکیب میکروبی بین گروه‌های مختلف (Differential Abundance)
• 29. استفاده از DESeq2 و ANCOM-BC در تحلیل‌های میکروبیوم
• 30. مدلسازی آماری اثر متغیرهای محیطی بر ترکیب میکروبیوم
• 31. تحلیل شبکه‌های تعاملی میزبان-میکروب
• 32. تفسیر نتایج بیوانفورماتیکی در متون زیست‌شناسی
• 33. استراتژی‌های انتخاب دیتابیس بر اساس نوع نمونه (خاک، روده، پوست)
• 34. مدیریت داده‌های حجیم و استفاده از HPC در تحلیل NGS
• 35. مستندسازی تحلیل‌ها و بازتولیدپذیری (Reproducibility)
• 36. معرفی ابزارهای بصری‌سازی پیشرفته برای داده‌های میکروبیوم
• 37. تحلیل سری‌های زمانی در داده‌های میکروبیوم
• 38. رویکردهای پیشرفته در تحلیل Single-cell Metagenomics
• 39. چالش‌های تحلیل داده‌های میکروبیوم و راهکارهای رفع خطا