فلش‌کارت‌های آموزشی HPC در ژنومیک و بیوانفورماتیک

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره HPC در ژنومیک و بیوانفورماتیک

موضوع کلی: محاسبات با عملکرد بالا (HPC)

موضوع میانی: HPC و مدلسازی سیستم‌های جبر HPC و آینده متحول‌کننده

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر ژنومیک و بیوانفورماتیک
• 2. مفاهیم پایه محاسبات با کارایی بالا (HPC)
• 3. معماری سیستم‌های HPC برای بیوانفورماتیک
• 4. سیستم‌عامل‌های مورد استفاده در HPC
• 5. زبان‌های برنامه‌نویسی رایج در بیوانفورماتیک (Python, R, C++)
• 6. مقدمه‌ای بر برنامه‌نویسی موازی برای بیوانفورماتیک
• 7. MPI برای بیوانفورماتیک: مفاهیم و پیاده‌سازی
• 8. OpenMP برای بیوانفورماتیک: مفاهیم و پیاده‌سازی
• 9. CUDA و GPU Computing در بیوانفورماتیک
• 10. بهینه‌سازی کد برای HPC در بیوانفورماتیک
• 11. نگاشت داده‌ها و مدیریت حافظه در HPC برای ژنومیک
• 12. تحلیل داده‌های ژنومی بزرگ: چالش‌ها و راهکارها
• 13. ابزارهای رایج بیوانفورماتیکی و HPC
• 14. هم‌ترازی توالی‌ها (Sequence Alignment) با استفاده از HPC
• 15. شناسایی تنوع ژنتیکی (Variant Calling) با استفاده از HPC
• 16. تحلیل بیان ژن (Gene Expression Analysis) با استفاده از HPC
• 17. فیلتر کردن و پردازش داده‌های RNA-seq با HPC
• 18. تحلیل داده‌های ChIP-seq با استفاده از HPC
• 19. تحلیل واریانت‌های ساختاری با HPC
• 20. مدل‌سازی پروتئین و پیش‌بینی ساختار با HPC
• 21. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی پروتئین‌ها با HPC
• 22. فارماکواینومیک و طراحی دارو با استفاده از HPC
• 23. تحلیل مسیرهای متابولیکی با استفاده از HPC
• 24. متاژنومیک و میکروبیوم با HPC
• 25. تحلیل فیلوژنتیک با استفاده از HPC
• 26. یادگیری ماشین و هوش مصنوعی در بیوانفورماتیک با HPC
• 27. شبکه‌های عصبی عمیق برای تحلیل داده‌های ژنومی
• 28. استفاده از HPC برای پیش‌بینی بیماری‌ها بر اساس داده‌های ژنومی
• 29. تحلیل داده‌های تصویربرداری پزشکی با HPC
• 30. ابزارهای تجسم داده‌های ژنومی بزرگ
• 31. کار با پایگاه‌های داده ژنومی (NCBI, Ensembl)
• 32. نوشتن اسکریپت‌های خودکار برای فرایندهای بیوانفورماتیک
• 33. مدیریت و نگهداری خوشه‌های HPC برای بیوانفورماتیک
• 34. امنیت داده‌ها و حریم خصوصی در HPC ژنومیک
• 35. محاسبات ابری (Cloud Computing) در بیوانفورماتیک
• 36. استفاده از Docker و Containerization در بیوانفورماتیک
• 37. بهینه‌سازی مصرف انرژی در محاسبات HPC ژنومیک
• 38. تحلیل داده‌های تک‌سلولی (Single-Cell Data Analysis) با HPC
• 39. HPC و پروتیومیکس
• 40. تحلیل داده‌های متابولومیکس با استفاده از HPC
• 41. تحلیل داده‌های اپی‌ژنومیکس با استفاده از HPC
• 42. پیش‌بینی ساختار RNA با استفاده از HPC
• 43. تحلیل داده‌های CRISPR-Cas9 با استفاده از HPC
• 44. تحلیل داده‌های ژن‌درمانی با استفاده از HPC
• 45. کاربرد HPC در پزشکی شخصی‌سازی‌شده
• 46. تحلیل داده‌های ژنومی جمعیت با استفاده از HPC