فلش‌کارت‌های آموزشی مهارت‌های عملی ساختاربیولوژی با بایوپایتون: از تحلیل داده به مدل‌سازی سه‌بعدی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره مهارت‌های عملی ساختاربیولوژی با بایوپایتون: از تحلیل داده به مدل‌سازی سه‌بعدی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک ساختاری با پایتون

موضوع میانی: تحلیل و پردازش داده‌های ساختار پروتئین با بایوپایتون

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک ساختاری و نقش بایوپایتون
• 2. نصب و راه‌اندازی محیط بایوپایتون در سیستم عامل‌های مختلف
• 3. بررسی ساختارهای پروتئینی در PDB و فرمت‌های آن‌ها
• 4. بارگذاری و خواندن فایل‌های PDB با Biopython
• 5. استخراج اطلاعات ساختاری پایه از پروتئین‌ها
• 6. کاربرد کلاس‌های Structure، Model، Chain، Residue و Atom
• 7. حل ترکیبات آمونیاکی و اسیدهای آمینه
• 8. شناسایی اسیدهای آمینه در هر آرامی
• 9. محاسبه فاصله بین اتم‌ها و آرامی‌ها
• 10. تجزیه و تحلیل تعاملات هیدروژنی
• 11. شناسایی تعاملات دیسولفید
• 12. تشخیص اسیدهای آمینه در حالت آلفا-هلیکس
• 13. تشخیص اسیدهای آمینه در بریت‌های آلفا-برسی
• 14. تحلیل ساختارهای سه‌بعدی پروتئین‌ها
• 15. محاسبه زاویه‌های دی‌لا‌اما و اومیگا
• 16. تشخیص ساختارهای فرعی با روش‌های عددی
• 17. مدیریت ساختارهای نامتناهی و گره‌ها
• 18. کاربرد فیلترهای کیفیت ساختار
• 19. حذف آب و یون‌ها از ساختارها
• 20. استخراج زنجیره‌های جداگانه از ساختارهای ترکیبی
• 21. تحلیل اندیس‌های حجم و جرم ساختار
• 22. استفاده از کتابخانه Bio.PDB برای مستخرج‌کردن دامنه‌ها
• 23. مدل‌سازی ساختار اولیه با روش‌های قراردادی
• 24. استفاده از سرورهای آنلاین برای پیش‌بینی ساختار
• 25. معرفی ابزارهای پیش‌بینی ساختار دوم
• 26. ارزیابی کیفیت مدل‌های پیش‌بینی شده
• 27. استفاده از Modeller برای مدل‌سازی ساختاری
• 28. بهینه‌سازی مدل‌های سه‌بعدی با روش‌های انرژی
• 29. انجام مینیمال‌سازی هیدرژن در ساختارها
• 30. تطبیق ساختارهای مشابه با Superpos
• 31. محاسبه RMSD بین دو ساختار
• 32. رسم نمودارهای سه‌بعدی ساختار با Matplotlib
• 33. تجسم ساختارهای پروتئینی با PyMOL
• 34. استفاده از Chimera برای تجزیه و تحلیل ساختاری
• 35. برش و نمایش بخشی از ساختارها
• 36. انتخاب اسیدهای آمینه برای مهار ساختاری
• 37. تحلیل سطح سطحی پروتئین و خواص الکتریکی
• 38. محاسبه انرژی آزاد شکل‌گیری
• 39. مطالعه جستجوی دامنه‌های ساختاری
• 40. کاربرد روش‌های خوش‌ساختاریابی آماری
• 41. تحلیل شبکیات ساختاری با روش‌های گرافی
• 42. تجزیه و تحلیل شبکیات پروتئینی
• 43. مطالعه الگوهای ساختاری در پروتئین‌ها
• 44. تحلیل ساختارهای چندوظیفه‌ای
• 45. بررسی ساختارهای پروتئین-لیگاند
• 46. تحلیل تعاملات پروتئین-پروتئین
• 47. مدل‌سازی ساختارهای نوترین‌ها
• 48. استفاده از داده‌های امواج نوترالی برای ساختار
• 49. تحلیل ساختارهای آرانژوئید
• 50. مطالعه ساختارهای ویروسی
• 51. تحلیل ساختارهای آنزیمی
• 52. بررسی ساختارهای پروتئین‌های خام
• 53. تطبیق ساختارها با استفاده از متدهای عدی
• 54. بهینه‌سازی پارامترهای مدل‌سازی
• 55. ارزیابی دقت مدل‌های ساختاری
• 56. استفاده از روش‌های ماشین‌یادگیری در ساختاربیولوژی
• 57. معرفی داده‌های بزرگ ساختاری
• 58. کاربرد شبکه‌های عصبی در پیش‌بینی ساختار
• 59. تحلیل خطوط اعتبارسنجی مدل
• 60. استفاده از دیتاست‌های آموزشی در بیوانفورماتیک
• 61. پروژه عملی: تحلیل یک پروتئین از PDB
• 62. پروژه عملی: مدل‌سازی ساختار یک آنزیم
• 63. پروژه عملی: مقایسه ساختار دو پروتئین
• 64. پروژه عملی: بهینه‌سازی ساختار یک پروتئین
• 65. پروژه عملی: ساخت یک دیتابیس محلی PDB
• 66. پروژه عملی: تحلیل تعاملات پروتئین-دارو