فلش‌کارت‌های آموزشی کانتینرسازی Pipelineهای NGS با Docker

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره کانتینرسازی Pipelineهای NGS با Docker

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر کانتینرسازی و Docker
• 2. مزایای استفاده از Docker در آنالیز داده‌های NGS
• 3. معماری Docker: ایمیج، کانتینر و Dockerfile
• 4. نصب و راه‌اندازی Docker در سیستم‌های مختلف (Linux, macOS, Windows)
• 5. دستورات پایه Docker: pull، run، ps، stop، rm
• 6. ساخت ایمیج Docker از Dockerfile
• 7. بهینه‌سازی Dockerfile برای Pipelineهای NGS
• 8. مدیریت Volumeها در Docker برای داده‌های NGS
• 9. شبکه‌سازی کانتینرها در Docker
• 10. Docker Compose: تعریف و اجرای چند کانتینری
• 11. Pipelineهای NGS: معرفی و اجزای اصلی
• 12. کانتینرسازی ابزارهای متداول NGS (FastQC, Trimmomatic)
• 13. کانتینرسازی ابزارهای Mapping (BWA, Bowtie2)
• 14. کانتینرسازی ابزارهای Variant Calling (GATK, Freebayes)
• 15. کانتینرسازی ابزارهای Annotation (SNPEff, VEP)
• 16. استفاده از Docker Hub و Docker Registry
• 17. ساخت ایمیج‌های سفارشی برای Pipelineهای NGS
• 18. به اشتراک‌گذاری ایمیج‌های Docker با دیگران
• 19. عیب‌یابی مشکلات رایج Docker در NGS
• 20. اتوماسیون Pipelineهای NGS با Docker و Bash Scripting
• 21. استفاده از Workflow Management System (WMS) با Docker
• 22. ادغام Docker با Nextflow
• 23. ادغام Docker با Snakemake
• 24. امنیت در کانتینرسازی Pipelineهای NGS
• 25. بهینه‌سازی عملکرد Pipelineهای NGS با Docker
• 26. مانیتورینگ Pipelineهای NGS کانتینریزه شده
• 27. استفاده از Docker در محیط‌های ابری (AWS, Google Cloud, Azure)
• 28. کانتینرسازی پایپ‌لاین‌های RNA-Seq
• 29. کانتینرسازی پایپ‌لاین‌های ChIP-Seq
• 30. کانتینرسازی پایپ‌لاین‌های WES/WGS
• 31. تست و اعتبارسنجی Pipelineهای NGS کانتینریزه شده
• 32. مستندسازی Pipelineهای NGS کانتینریزه شده