فلش‌کارت‌های آموزشی طراحی پروژه عملی تحلیل RNA-Seq

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره طراحی پروژه عملی تحلیل RNA-Seq

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه به RNA-Seq و فرمول‌بندی پرسش‌های پژوهشی
• 2. اصول طراحی آزمایش برای RNA-Seq
• 3. مراحل جمع‌آوری نمونه، استخراج RNA و ارزیابی کیفیت
• 4. روش‌های تهیه کتابخانه و ملاحظات طراحی آن
• 5. انتخاب پلتفرم توالی‌یابی و برنامه‌ریزی اجرای آن
• 6. مدیریت داده‌های خام و استراتژی‌های ذخیره‌سازی
• 7. کنترل کیفیت داده‌های خام (FastQC و شاخص‌های ابتدایی)
• 8. trim کردن و پیش‌پردازش توالی‌ها
• 9. استراتژی‌های هم‌ترازسازی (ایندکس‌های ژنوم، آلاینرها)
• 10. ارزیابی کیفیت هم‌ترازسازی و مدیریت خوان‌های چندگانه
• 11. ادغام با پایگاه‌های داده آنوتاسیون و مدل‌های ترنسکریپت
• 12. شمارش خوان‌ها به ویژگی‌ها (featureCounts, HTSeq)
• 13. روش‌های نرمالایزاسیون (TPM, RPKM, stabilizesizing variance DESeq2)
• 14. آنالیز تفاوت بیان ژن با DESeq2
• 15. آنالیز تفاوت بیان ژن با edgeR
• 16. مدل‌سازی آماری داده‌های شمارشی و ماتریس‌های طراحی
• 17. شناسایی و اصلاح اثر دسته‌بندی
• 18. آنالیز غنی‌سازی عملکردی (GO, KEGG, Reactome)
• 19. آنالیز مسیرها و شبکه‌ها
• 20. تکنیک‌های تجسم داده (نقشه‌های حرارتی, PCA, نمودارهای آتکماس)
• 21. شناسایی رشته‌های جایگزین و آنالیز ایزوفورم
• 22. آنالیز غیرکدکننده RNA و RNA های حلقه‌ای
• 23. ملاحظات خاص برای RNA-Seq سلول تک (در صورت لزوم)
• 24. استراتژی‌های اعتبارسنجی با استفاده از qPCR
• 25. مدیریت نسخه‌ها و فرآیندهای قابل اجرا (Git, Docker, Singularity)
• 26. مدیریت فرآیندهای کدنویسی با Nextflow یا Snakemake
• 27. کانتینراسیون فرآیندهای آنالیز RNA-Seq (Singularity, Docker)
• 28. پلتفرم‌های ابری برای آنالیز RNA-Seq (AWS, GCP, Azure)
• 29. امنیت و حریم خصوصی داده‌ها در محیط ابری
• 30. گزارش‌دهی خودکار و مستندسازی (Markdown, Jupyter)
• 31. بهترین روش‌های مستندسازی داده‌ها (برگه‌های نمونه)
• 32. گزارش‌دهی شاخص‌های کیفیت و انطباق
• 33. همکارانی برای بررسی و اعتبارسنجی نتایج
• 34. تفسیر معنای زیستی یافته‌ها
• 35. مطالعه مورد: آنالیز DE در یک مدل بیماری
• 36. مطالعه مورد: پروفایل‌سازی بیان بافت‌های خاص
• 37. مطالعه مورد: آنالیز پاسخ به عوامل محیطی
• 38. آنالیز قدرت و تعیین حجم نمونه
• 39. ملاحظات اخلاقی در تحقیقات ژنومی
• 40. اشتراک‌گذاری داده‌ها و ودیعه‌گذاری (NCBI SRA, GEO, ENA)
• 41. چارچوب‌های پژوهش قابل اجرا (CARPentry, Data Carpentry)
• 42. آموزش و آماده‌سازی تیم
• 43. برنامه‌ریزی زمانی پروژه و اهداف کلیدی
• 44. ارزیابی ریسک و راهکارهای کاهش آن
• 45. برنامه‌ریزی بودجه برای آزمایش‌های NGS
• 46. خرید و نگهداری دستگاه‌های توالی‌یابی
• 47. رفع مشکلات رایج در توالی‌یابی
• 48. کنترل کیفیت اجرای توالی‌یابی
• 49. مدیریت اجرای ناموفق و برنامه‌ریزی مجدد
• 50. ادغام با سایر داده‌های omics (پروتئومیکس, اپی‌ژنومیکس)
• 51. روش‌های ادغام داده‌های چندگانه omics
• 52. کاربرد یادگیری ماشین در کشف الگوی RNA-Seq
• 53. مدل‌سازی پیش‌بینی بیان ژن
• 54. قابلیت تفسیرپذیری مدل‌های هوش مصنوعی در زیست‌شناسی
• 55. AI اخلاقی در ژنومیکس
• 56. استراتژی‌های انتشار یافته‌ها
• 57. نوشتن بخش روش‌ها برای پروژه‌های RNA-Seq
• 58. ایجاد تصاویر و مواد الحاقی
• 59. ملاحظات مالکیت معنوی و اختراع در کشف‌های ژنومی
• 60. توافق‌نامه‌های همکاری و اشتراک‌گذاری داده‌ها
• 61. انطباق با مقررات (IRB, هیئت اخلاق)
• 62. حاکمیت داده و ملاحظات قضایی
• 63. آزمایش‌های خودکار برای فرآیندهای آنالیز
• 64. CI/CD برای فرآیندهای تحلیل
• 65. بهینه‌سازی عملکرد ابزارهای آنالیز RNA-Seq
• 66. نیازمندی‌های سخت‌افزاری و نرم‌افزاری برای آنالیزهای گسترده
• 67. راه‌حل‌های ذخیره‌سازی مقیاس‌پذیر برای داده‌های بزرگ RNA-Seq
• 68. استراتژی‌های فشرده‌سازی و مدیریت کارآمد I/O
• 69. محاسبات موازی و منابع HPC
• 70. شتاب‌دهنده گرافیکی برای آنالیز RNA-Seq
• 71. قابلیت burst ابری برای تقاضای پیک
• 72. تحلیل هزینه‌ای: محاسبه مقایسه‌ای مبانی و ابری
• 73. پایداری و ردپای کربنی آنالیزهای محاسباتی
• 74. آموزش مهارت‌های محاسباتی برای زیست‌شناسان
• 75. ساخت مهارت‌های بیوانفورماتیک
• 76. منابع اجتماعی و انجمن‌های پشتیبانی
• 77. مشارکت در نرم‌افزارهای متن‌باز RNA-Seq
• 78. مربی‌گری همتا و انتقال دانش
• 79. آموزش مداوم و به‌روزرسانی روش‌ها
• 80. مسیرهای آینده: توالی‌یابی بلندپایه, سلول تک, ترنسکریپتومیکس فضایی