فلش‌کارت‌های آموزشی RNA-Seq و تحلیل بیان ژن: از داده خام تا نتایج معنی‌دار

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره RNA-Seq و تحلیل بیان ژن: از داده خام تا نتایج معنی‌دار

موضوع کلی: بیوانفورماتیک

موضوع میانی: شناسایی ژن و پیش‌بینی عملکرد ژن

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر RNA-Seq و کاربردهای آن در بیوانفورماتیک
• 2. اصول مولکولی RNA-Seq: از RNA تا cDNA
• 3. طراحی آزمایش RNA-Seq: عوامل موثر بر کیفیت داده
• 4. انواع کتابخانه‌های RNA-Seq: Single-end vs Paired-end
• 5. کنترل کیفیت داده‌های خام RNA-Seq: FastQC
• 6. پیش‌پردازش داده‌های RNA-Seq: حذف آداپتورها و توالی‌های کم کیفیت
• 7. تطبیق (Mapping) داده‌های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع
• 8. ابزارهای رایج برای تطبیق RNA-Seq: HISAT2، STAR
• 9. کالیبراسیون و نرمال‌سازی داده‌های RNA-Seq
• 10. روش‌های نرمال‌سازی: RPKM، FPKM، TPM
• 11. تخمین بیان ژن: ابزارها و روش‌ها
• 12. تحلیل بیان ژن افتراقی (Differential Gene Expression - DGE)
• 13. ابزارهای تحلیل DGE: DESeq2، edgeR
• 14. آزمون‌های آماری در تحلیل DGE: p-value، FDR
• 15. اصلاح چندآزمونی (Multiple Testing Correction)
• 16. تحلیل مسیرهای بیولوژیکی (Pathway Analysis)
• 17. ابزارهای تحلیل مسیر: GOseq، KEGG
• 18. غنی‌سازی عملکردی (Functional Enrichment Analysis)
• 19. تصویرسازی داده‌های RNA-Seq: Heatmaps، Volcano Plots
• 20. تفسیر نتایج RNA-Seq: شناسایی ژن‌های کلیدی
• 21. تحلیل بیان ژن در شرایط مختلف: مقایسه گروه‌ها
• 22. RNA-Seq در مطالعات تک‌سلولی (Single-Cell RNA-Seq)
• 23. مقدمه‌ای بر scRNA-Seq و تفاوت‌های آن با bulk RNA-Seq
• 24. تحلیل داده‌های scRNA-Seq: PCA، Clustering
• 25. شناسایی انواع سلولی با استفاده از scRNA-Seq
• 26. تحلیل بیان ژن در RNA-Seq فضایی (Spatial RNA-Seq)
• 27. مقدمه‌ای بر Spatial Transcriptomics
• 28. تحلیل داده‌های Spatial RNA-Seq و تصویرسازی
• 29. RNA-Seq و شناسایی ایزوفورم‌ها (Isoforms)
• 30. تحلیل splicing و شناسایی رویدادهای splicing متفاوت
• 31. RNA-Seq و شناسایی RNAهای غیرکُدکننده (non-coding RNAs)
• 32. شناسایی microRNAها و lncRNAها با استفاده از RNA-Seq
• 33. تحلیل RNA ویرایشی (RNA editing) با استفاده از RNA-Seq
• 34. شناسایی تغییرات در RNA ویرایشی
• 35. کاربردهای RNA-Seq در تشخیص بیماری‌ها
• 36. RNA-Seq در تشخیص سرطان و سایر بیماری‌ها
• 37. آینده RNA-Seq و تکنولوژی‌های جدید
• 38. تحلیل RNA-Seq با استفاده از ابزارهای خط فرمان
• 39. تحلیل RNA-Seq با استفاده از رابط‌های گرافیکی (GUI)
• 40. مقدمه‌ای بر پایگاه‌های داده RNA-Seq
• 41. استفاده از پایگاه‌های داده برای تفسیر نتایج RNA-Seq
• 42. نکات مهم در طراحی و اجرای یک آزمایش RNA-Seq
• 43. مدیریت و ذخیره‌سازی داده‌های RNA-Seq