فلش‌کارت‌های آموزشی آنالیز مسیرهای سلول تک‌تک با CEL-seq: از شروع تا مدل‌سازی بیولوژیکی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آنالیز مسیرهای سلول تک‌تک با CEL-seq: از شروع تا مدل‌سازی بیولوژیکی

موضوع کلی: بیوتکنولوژی سلول تک‌تک

موضوع میانی: آنالیز مسیرهای سلول تک‌تک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. آشنایی با تک‌سلولی و اهمیت آن در بیوتکنولوژی
• 2. مقدمه‌ای بر روش CEL-seq و مزایای آن
• 3. طراحی آزمایش و جمع‌آوری داده‌های تک‌سلولی
• 4. محیط‌های نرم‌افزاری و بسته‌های رایگان برای آنالیز تک‌سلولی
• 5. مراحل پیش‌پروسسینگ: تصفیه توالی، نگاشت به ژنوم و کمی‌سازی
• 6. کنترل کیفیت سلول‌ها: شناسایی سلول‌های ناسالم و فیلتر کردن آنها
• 7. روش‌های نرمال‌سازی بیان ژن (حجم‌دهی، SCTransform)
• 8. کاهش ابعاد: PCA، t-SNE، UMAP و نحوه استفاده از آنها
• 9. الگوی‌سازی سلول‌ها: روش‌های کلوسترینگ (K-means، Louvain، هابرت)
• 10. شناسایی ژن‌های مارکر در خوشه‌های شناسایی‌شده
• 11. اصول آنالیز مسیر: غنی‌سازی و برتریابایی
• 12. استفاده از پایگاه‌های داده مسیر (KEGG، Reactome، Biocarta)
• 13. آنالیز بیان دیفرانسیل در داده‌های تک‌سلولی
• 14. استنتاج مسیر رشد و زمان دستکاری (trajectory inference)
• 15. شبکه‌های تنظیم‌کننده ژن و مدل‌سازی شبکه‌ای
• 16. کاربردهای یادگیری ماشین در پیش‌بینی مسیرها
• 17. ابزارهای تجسم داده: Seurat، Scanpy، Monocle، اف‌استوری
• 18. مدل‌سازی آماری داده‌های تک‌سلولی
• 19. مطالعات موردی: آنالیز داده‌های واقعی با CEL-seq
• 20. پیاده‌سازی فرآیندهای تکرارپذیر با R و Bioconductor
• 21. پیاده‌سازی فرآیندهای تکرارپذیر با Python و Scanpy
• 22. نکات ایمنی داده‌ها و اشتراک‌گذاری در عموم
• 23. آینده آنالیز مسیرهای تک‌سلولی: فناوری‌های نوین
• 24. کاربردهای بین‌رشته‌ای آنالیز مسیرهای تک‌سلولی
• 25. ارتباط آنالیز مسیرهای تک‌سلولی با زیست‌شناسی سیستم‌شناختی
• 26. اخلاق و مقررات در تحقیقات تک‌سلولی
• 27. فرصت‌های شغلی و تحقیقاتی در زمینه آنالیز تک‌سلولی