فلش‌کارت‌های آموزشی تسلسل‌یابی نسل جدید (NGS) و کاربردهای عملی با SequenceL

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تسلسل‌یابی نسل جدید (NGS) و کاربردهای عملی با SequenceL

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیستی

موضوع میانی: پردازش و تحلیل داده‌های ژنومی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر تسلسل‌یابی نسل جدید (NGS)
• 2. اصول و مبانی تسلسل‌یابی
• 3. تکنولوژی‌های مختلف NGS: یک مقایسه
• 4. پلتفرم ایلumina: اصول و کاربردها
• 5. پلتفرم Ion Torrent: اصول و کاربردها
• 6. پلتفرم PacBio: اصول و کاربردها
• 7. پلتفرم Nanopore: اصول و کاربردها
• 8. انتخاب پلتفرم مناسب NGS بر اساس هدف
• 9. آماده‌سازی نمونه برای NGS
• 10. کیت‌های آماده‌سازی کتابخانه DNA
• 11. کیت‌های آماده‌سازی کتابخانه RNA
• 12. کنترل کیفیت کتابخانه DNA و RNA
• 13. توالی‌یابی (Sequencing): فرآیند و مراحل
• 14. کیفیت توالی‌ها و ارزیابی آن‌ها
• 15. فرمت‌های فایل‌های NGS: FASTQ, BAM, VCF
• 16. مقدمه‌ای بر SequenceL و رابط کاربری
• 17. نصب و پیکربندی SequenceL
• 18. وارد کردن و مدیریت داده‌های NGS در SequenceL
• 19. پیش‌پردازش داده‌های NGS: حذف آداپتورها و توالی‌های با کیفیت پایین
• 20. هم‌ترازی (Alignment) توالی‌ها با ژنوم مرجع
• 21. هم‌ترازی با استفاده از BWA
• 22. هم‌ترازی با استفاده از Bowtie2
• 23. هم‌ترازی با استفاده از STAR
• 24. مرتب‌سازی و اندیس‌گذاری فایل‌های BAM
• 25. شناسایی و حذف تکرارها
• 26. تنظیم مجدد (Recalibration) کیفیت توالی‌ها
• 27. شناسایی تک‌ریزنوعی (SNP)
• 28. شناسایی تغییرات ساختاری (Structural Variation)
• 29. شناسایی واریانت‌های ایندِل (Indel)
• 30. Annotation واریانت‌ها
• 31. اثرات عملکردی واریانت‌ها
• 32. تحلیل بیان ژن (Gene Expression Analysis) با RNA-Seq
• 33. نرم‌افزارهای تحلیل بیان ژن
• 34. نرم‌افزار DESeq2 برای تحلیل بیان ژن
• 35. نرم‌افزار edgeR برای تحلیل بیان ژن
• 36. تجسم داده‌های RNA-Seq
• 37. تحلیل بیان ژن تفاضلی (Differential Gene Expression)
• 38. تحلیل مسیرهای متابولیکی (Pathway Analysis)
• 39. تحلیل غنی‌سازی ژنی (Gene Enrichment Analysis)
• 40. تحلیل داده‌های ChIP-Seq
• 41. تحلیل داده‌های Methyl-Seq
• 42. تحلیل داده‌های Small RNA-Seq
• 43. تحلیل ژنوم کامل (Whole Genome Sequencing)
• 44. تحلیل اگزوم کامل (Whole Exome Sequencing)
• 45. تحلیل پانل ژنی (Gene Panel Sequencing)
• 46. تحلیل داده‌های متاژنوم (Metagenome Sequencing)
• 47. تحلیل داده‌های ویروسوم (Virome Sequencing)
• 48. کاربردهای NGS در پزشکی
• 49. کاربردهای NGS در کشاورزی
• 50. کاربردهای NGS در دامپروری
• 51. کاربردهای NGS در محیط زیست
• 52. تحلیل داده‌های NGS در مقیاس بزرگ
• 53. محاسبات ابری برای تحلیل NGS
• 54. امنیت داده‌های NGS
• 55. مدیریت و ذخیره‌سازی داده‌های NGS
• 56. چالش‌های تحلیل داده‌های NGS
• 57. آینده تسلسل‌یابی نسل جدید
• 58. SequenceL: ابزارهای پیشرفته برای تحلیل واریانت‌ها
• 59. SequenceL: تجسم داده‌های ژنومی
• 60. SequenceL: گزارش‌گیری و انتشار نتایج
• 61. SequenceL: اتوماسیون فرآیندهای NGS
• 62. SequenceL: یکپارچگی با سایر نرم‌افزارها
• 63. استفاده از SequenceL برای تحلیل‌های سفارشی
• 64. عیب‌یابی مشکلات رایج در تحلیل NGS با SequenceL
• 65. بهینه‌سازی جریان کاری NGS با SequenceL