فلش‌کارت‌های آموزشی پیش‌بینی ساختار و برهم‌کنش مولکولی با داکینگ پیشرفته

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره پیش‌بینی ساختار و برهم‌کنش مولکولی با داکینگ پیشرفته

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و مدل‌سازی مولکولی

موضوع میانی: روش‌های محاسباتی در طراحی دارو

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک و مدل‌سازی مولکولی
• 2. ساختار پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک
• 3. انواع نیروهای بین مولکولی
• 4. مکانیک مولکولی: مبانی و مفروضات
• 5. مدل‌های انرژی و توابع پتانسیل
• 6. الگوریتم‌های جستجوی فضای کانفرماتوری
• 7. داکینگ مولکولی: اصول و کاربردها
• 8. آماده‌سازی پروتئین برای داکینگ
• 9. آماده‌سازی لیگاند برای داکینگ
• 10. روش‌های نمونه‌برداری از فضای کانفرماتوری
• 11. اسکورینگ در داکینگ مولکولی
• 12. توابع اسکورینگ مبتنی بر فیزیک
• 13. توابع اسکورینگ مبتنی بر دانش
• 14. توابع اسکورینگ تجربی
• 15. ارزیابی نتایج داکینگ
• 16. ماتریس‌های درک و تحلیل خوشه‌ای
• 17. داکینگ مجازی با انعطاف‌پذیری گیرنده
• 18. داکینگ با استفاده از آنسامبل پروتئین‌ها
• 19. روش‌های پیش‌بینی میل ترکیبی
• 20. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی: اصول و کاربردها
• 21. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در طراحی دارو
• 22. تحلیل مسیرهای انرژی آزاد
• 23. روش‌های محاسبه انرژی آزاد
• 24. اهمیت آب در برهم‌کنش‌های مولکولی
• 25. مدل‌سازی صریح و ضمنی حلال
• 26. اثرات انتروپی در داکینگ مولکولی
• 27. روش‌های محاسبه انتروپی
• 28. برهم‌کنش‌های یونی و پیوندی هیدروژنی
• 29. برهم‌کنش‌های واندروالسی
• 30. برهم‌کنش‌های هیدروفوبیک
• 31. اهمیت هندسه مولکولی در داکینگ
• 32. روش‌های بهینه‌سازی هندسه مولکولی
• 33. استفاده از گرافیک مولکولی در تحلیل داکینگ
• 34. نرم‌افزارهای داکینگ محبوب
• 35. AutoDock Vina: معرفی و کاربردها
• 36. Glide: معرفی و کاربردها
• 37. DOCK: معرفی و کاربردها
• 38. GOLD: معرفی و کاربردها
• 39. پیش‌بینی ساختار کمپلکس پروتئین-لیگاند
• 40. تحلیل ساختار کمپلکس با استفاده از نرم‌افزارهای تجسم
• 41. بررسی پایداری کمپلکس
• 42. تاثیر تغییرات آمینی اسیدی بر برهم‌کنش
• 43. طراحی دارو بر پایه ساختار
• 44. شناسایی hitها و leadها
• 45. بهینه‌سازی leadها
• 46. ارتباط ساختار با فعالیت (SAR)
• 47. پیش‌بینی خواص ADMET با استفاده از داکینگ
• 48. بررسی سمیت دارویی با داکینگ
• 49. کاربرد داکینگ در کشف داروهای جدید
• 50. داکینگ در طراحی داروهای ضد سرطان
• 51. داکینگ در طراحی داروهای ضد ویروس
• 52. داکینگ در طراحی داروهای ضد باکتری
• 53. داکینگ در طراحی آنزیم‌های مهندسی شده
• 54. داکینگ و پروتئین‌های غشایی
• 55. چالش‌های داکینگ پروتئین‌های غشایی
• 56. روش‌های بهبود دقت داکینگ
• 57. استفاده از یادگیری ماشین در داکینگ
• 58. اعتبارسنجی مدل‌های داکینگ
• 59. تکنیک‌های غربالگری مجازی
• 60. بررسی اثرات استریو ایزومری در داکینگ
• 61. روش‌های داکینگ با در نظر گرفتن دینامیک
• 62. تحلیل حساسیت داکینگ به پارامترهای ورودی
• 63. تاثیر کیفیت ساختار پروتئین بر نتایج داکینگ
• 64. مدل‌سازی کووالانسی در داکینگ
• 65. داکینگ با در نظر گرفتن اثرات قطبش
• 66. تحلیل انرژی‌های آزاد اتصال
• 67. ارزیابی اهمیت بقایای آمینواسیدی در اتصال
• 68. بررسی پتانسیل برهم‌کنش‌های غیر کووالانسی
• 69. روش‌های پیش‌بینی انرژی اتصال رقابتی
• 70. کاربرد داکینگ در مطالعه مکانیسم عمل دارو
• 71. شناسایی آلواستری‌سیته با استفاده از داکینگ
• 72. تحلیل تغییرات ساختاری پروتئین در اثر اتصال
• 73. استفاده از داکینگ در طراحی پروتئین‌های جدید