فلش‌کارت‌های آموزشی زیست‌ساختارهای محاسباتی: از توالی تا عملکرد

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره زیست‌ساختارهای محاسباتی: از توالی تا عملکرد

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و مدل‌سازی مولکولی

موضوع میانی: ساختار پروتئین و پیش‌بینی آن

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر زیست‌ساختارهای محاسباتی
• 2. بانک‌های اطلاعاتی ساختار پروتئین
• 3. روش‌های جستجوی ساختار همولوگ
• 4. آشنایی با Protein Data Bank (PDB)
• 5. ساختار اولیه‌ی پروتئین‌ها: توالی اسید آمینه
• 6. ساختار ثانویه‌ی پروتئین‌ها: مارپیچ‌های آلفا و برگ‌های بتا
• 7. ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها: دامن‌ها و تاشو
• 8. روش‌های تعیین ساختار پروتئین: کریستالوگرافی پرتو ایکس
• 9. روش‌های تعیین ساختار پروتئین: طیف‌سنجی رزونانس مغناطیسی هسته‌ای (NMR)
• 10. روش‌های تعیین ساختار پروتئین: میکروسکوپ الکترونی انجمادی (Cryo-EM)
• 11. پیش‌بینی ساختار پروتئین: همولوژی مدل‌سازی
• 12. پیش‌بینی ساختار پروتئین: Threading
• 13. پیش‌بینی ساختار پروتئین: Ab Initio
• 14. ارزیابی کیفیت مدل‌های پیش‌بینی‌شده
• 15. آشنایی با نرم‌افزارهای مدل‌سازی مولکولی
• 16. نرم‌افزار PyMOL: نمایش و ویرایش ساختار پروتئین
• 17. نرم‌افزار Chimera: تحلیل و تجسم ساختار پروتئین
• 18. نرم‌افزار Rosetta: پیش‌بینی و طراحی ساختار پروتئین
• 19. محاسبه انرژی پتانسیل در ساختار پروتئین
• 20. شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (MD)
• 21. مدل‌سازی Docking: پیش‌بینی اتصال لیگاند به پروتئین
• 22. تحلیل تعاملات پروتئین-پروتئین
• 23. شناسایی جایگاه‌های اتصال پروتئین
• 24. مطالعه‌ی پایداری پروتئین
• 25. اثرات جهش بر ساختار و عملکرد پروتئین
• 26. طراحی پروتئین‌های جدید
• 27. مهندسی پروتئین: تغییر عملکرد پروتئین
• 28. استفاده از زیست‌ساختارهای محاسباتی در کشف دارو
• 29. مدل‌سازی مولکولی و طراحی داروهای پروتئینی
• 30. مطالعه‌ی مکانیسم‌های آنزیمی با استفاده از مدل‌سازی
• 31. شناسایی و تحلیل نواحی فعال آنزیم
• 32. تحلیل تغییرات ساختاری پروتئین در طول زمان
• 33. ارتباط ساختار پروتئین با بیماری‌ها
• 34. مطالعه‌ی بیماری‌های ناشی از تاشوی نادرست پروتئین
• 35. پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی
• 36. تحلیل شبکه‌های تعامل پروتئین-پروتئین
• 37. استفاده از یادگیری ماشین در پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 38. تحلیل توالی اسید آمینه و شناسایی الگوها
• 39. روش‌های alignment توالی چندگانه
• 40. تحلیل فیلوژنتیک پروتئین‌ها
• 41. تحلیل دامن‌های پروتئینی و ارتباط آن‌ها با عملکرد
• 42. شناسایی جهش‌های بیماری‌زا با استفاده از مدل‌سازی
• 43. مطالعه‌ی اثرات داروها بر ساختار پروتئین
• 44. مدل‌سازی اثرات تغییرات pH و دما بر پایداری پروتئین
• 45. تحلیل ساختار پروتئین‌های غشایی
• 46. پیش‌بینی ساختار پروتئین‌های بدون ساختار شناخته‌شده
• 47. مطالعه‌ی پروتئین‌های نامنظم (Intrinsically Disordered Proteins)
• 48. استفاده از محاسبات ابری در زیست‌ساختارهای محاسباتی
• 49. بهینه‌سازی سرعت شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 50. تحلیل داده‌های شبیه‌سازی دینامیک مولکولی
• 51. روش‌های کاهش ابعاد در تحلیل ساختار پروتئین
• 52. مصورسازی ساختار پروتئین با استفاده از واقعیت مجازی
• 53. آشنایی با پایگاه‌های داده‌ی ژنومیک و پروتئومیک
• 54. استفاده از داده‌های پروتئومیک در مدل‌سازی ساختار پروتئین
• 55. تحلیل تغییرات پساترجمه‌ای پروتئین‌ها
• 56. مطالعه‌ی پروتئین‌های دارای کوفاکتور
• 57. مدل‌سازی پروتئین‌های دارای گروه هم
• 58. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های انتقال‌دهنده
• 59. مطالعه‌ی پروتئین‌های کانالی
• 60. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های خودایمنی
• 61. تحلیل ساختار و عملکرد آنتی‌بادی‌ها
• 62. تحلیل ساختار و عملکرد سیتوکین‌ها
• 63. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با سرطان
• 64. مدل‌سازی پروتئین‌های هدف دارویی در سرطان
• 65. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های ویروسی
• 66. مطالعه‌ی پروتئین‌های ویروسی و مکانیسم‌های نفوذ آن‌ها
• 67. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های باکتریایی
• 68. مدل‌سازی پروتئین‌های هدف دارویی در باکتری‌ها
• 69. استفاده از زیست‌ساختارهای محاسباتی در بیوتکنولوژی
• 70. طراحی آنزیم‌های جدید با استفاده از مدل‌سازی مولکولی
• 71. تولید پروتئین‌های نوترکیب با استفاده از مدل‌سازی ساختار
• 72. استفاده از مدل‌سازی در توسعه واکسن‌های پروتئینی
• 73. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با پیری
• 74. مطالعه‌ی پروتئین‌های شوک حرارتی
• 75. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های عصبی
• 76. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با آلزایمر
• 77. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با پارکینسون
• 78. استفاده از هوش مصنوعی در طراحی داروهای جدید
• 79. پیش‌بینی خواص دارویی پروتئین‌ها با استفاده از مدل‌سازی
• 80. مطالعه‌ی اثرات داروها بر تعاملات پروتئین-پروتئین
• 81. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با دیابت
• 82. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های قلبی-عروقی
• 83. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های تنفسی
• 84. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با کم‌خونی
• 85. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های پوستی
• 86. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های کلیوی
• 87. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های کبدی
• 88. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های گوارشی
• 89. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های عفونی
• 90. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های ژنتیکی
• 91. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با اختلالات تکاملی
• 92. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های متابولیک
• 93. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با اختلالات هورمونی
• 94. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های سیستم ایمنی
• 95. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های روانی
• 96. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با اختلالات خواب
• 97. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های چشمی
• 98. مدل‌سازی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های گوش و حلق و بینی
• 99. تحلیل ساختار و عملکرد پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های دندانی
• 100. مطالعه‌ی پروتئین‌های مرتبط با بیماری‌های استخوانی و عضلانی