فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل و تصویرسازی داده‌های نسخه‌برداری فضایی (Spatial Transcriptomics)

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل و تصویرسازی داده‌های نسخه‌برداری فضایی (Spatial Transcriptomics)

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیستی

موضوع میانی: تصویرسازی و تحلیل داده‌های فضایی در زیست‌شناسی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر نسخه‌برداری فضایی
• 2. اصول زیربنایی تکنیک‌های نسخه‌برداری فضایی
• 3. روش‌های آماده‌سازی نمونه برای نسخه‌برداری فضایی
• 4. نسخه‌برداری فضایی مبتنی بر هایبریدیزاسیون در-جا (in situ hybridization)
• 5. نسخه‌برداری فضایی مبتنی بر توالی‌یابی RNA
• 6. مقایسه روش‌های مختلف نسخه‌برداری فضایی
• 7. کنترل کیفیت داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 8. پیش‌پردازش داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 9. نرم‌افزارهای رایج برای تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 10. نرم‌افزار Seurat برای تحلیل داده‌های فضایی
• 11. نرم‌افزار Scanpy برای تحلیل داده‌های فضایی
• 12. نرم‌افزار Giotto برای تحلیل داده‌های فضایی
• 13. نرم‌افزار SpatialDE برای تحلیل داده‌های فضایی
• 14. نرم‌افزار STARmap برای تحلیل داده‌های فضایی
• 15. نرم‌افزار SlideSeq برای تحلیل داده‌های فضایی
• 16. نرم‌افزار Visium برای تحلیل داده‌های فضایی
• 17. نرم‌افزار Nanostring GeoMx DSP برای تحلیل داده‌های فضایی
• 18. نرم‌افزار CosMx SMIc برای تحلیل داده‌های فضایی
• 19. طراحی آزمایش برای نسخه‌برداری فضایی
• 20. انتخاب بافت مناسب برای نسخه‌برداری فضایی
• 21. بهینه‌سازی پروتکل‌های رنگ‌آمیزی و لکه‌گذاری
• 22. تصویربرداری با میکروسکوپ‌های با وضوح بالا
• 23. تصویربرداری با میکروسکوپ‌های فلورسانس
• 24. تصویربرداری با میکروسکوپ‌های کانفوکال
• 25. تصویربرداری با میکروسکوپ‌های دو فوتونی
• 26. پردازش تصویر در داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 27. تصحیح نور و رنگ در تصاویر فضایی
• 28. ثبت تصاویر (Image Registration)
• 29. تقسیم‌بندی سلولی (Cell Segmentation)
• 30. شناسایی مرزهای سلولی
• 31. استخراج ویژگی‌های سلولی
• 32. نرم‌افزارهای تقسیم‌بندی سلولی
• 33. تحلیل هم‌مکانی (Co-localization analysis)
• 34. تحلیل الگوهای فضایی بیان ژن
• 35. تحلیل خوشه‌بندی (Clustering) در داده‌های فضایی
• 36. شناسایی انواع سلولی بر اساس بیان ژن فضایی
• 37. تحلیل غنی‌سازی (Enrichment Analysis)
• 38. تحلیل مسیرهای بیوشیمیایی (Pathway Analysis)
• 39. تحلیل شبکه‌های ژنی (Gene Network Analysis)
• 40. بررسی ارتباط بیان ژن با ساختارهای بافتی
• 41. بررسی ارتباط بیان ژن با موقعیت سلول
• 42. تحلیل تفاوت‌های فضایی در بیان ژن بین گروه‌های نمونه
• 43. تحلیل دینامیک بیان ژن در طول زمان
• 44. تحلیل تاثیر درمان دارویی بر بیان ژن فضایی
• 45. تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی در بیماری‌های سرطانی
• 46. تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی در بیماری‌های عصبی
• 47. تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی در بیماری‌های قلبی عروقی
• 48. تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی در بیماری‌های التهابی
• 49. تفسیر نتایج تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 50. ارائه بصری نتایج تحلیل داده‌های فضایی
• 51. ایجاد نقشه‌های بیان ژن
• 52. استفاده از نمودارها و گراف‌ها برای نمایش داده‌های فضایی
• 53. نوشتن گزارش‌های علمی بر اساس داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 54. چالش‌ها و محدودیت‌های نسخه‌برداری فضایی
• 55. آینده نسخه‌برداری فضایی
• 56. تکنیک‌های جدید و نوظهور در نسخه‌برداری فضایی
• 57. کاربردهای بالقوه نسخه‌برداری فضایی در پزشکی شخصی
• 58. تحلیل داده‌های چند-اُمی (Multi-omics data integration) با داده‌های فضایی
• 59. استفاده از یادگیری ماشین در تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 60. پیش‌بینی بیان ژن فضایی با استفاده از مدل‌های یادگیری ماشین
• 61. توسعه روش‌های جدید برای تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 62. بهینه‌سازی الگوریتم‌های تحلیل داده‌های فضایی
• 63. اعتبارسنجی نتایج تحلیل داده‌های نسخه‌برداری فضایی
• 64. مقایسه نتایج با روش‌های دیگر تحلیل داده‌های زیستی
• 65. استفاده از داده‌های نسخه‌برداری فضایی در توسعه داروهای جدید
• 66. کاربرد داده‌های فضایی در درک مکانیسم‌های بیماری
• 67. تحلیل داده‌های فضایی برای شناسایی اهداف دارویی جدید