فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل فیلوژنتیک و مدل‌سازی تکاملی: از تئوری تا عمل

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل فیلوژنتیک و مدل‌سازی تکاملی: از تئوری تا عمل

موضوع کلی: زیست‌شناسی تکاملی

موضوع میانی: تحلیل‌های مولکولی و جمعیتی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر فیلوژنتیک و اهمیت آن در زیست‌شناسی
• 2. درخت‌های فیلوژنتیک: انواع، اصطلاحات و تفسیر
• 3. تکامل مولکولی: اصول و مفاهیم پایه
• 4. انتخاب داده‌های مولکولی مناسب برای تحلیل فیلوژنتیک
• 5. هم‌ترازی توالی‌ها: روش‌ها و چالش‌ها
• 6. مدل‌های جایگزینی نوکلئوتیدی: DK80, GTR و غیره
• 7. انتخاب مدل جایگزینی مناسب با استفاده از آزمون‌های آماری
• 8. روش‌های استنباط فیلوژنتیک: فاصله-محور (Distance-based)
• 9. روش‌های استنباط فیلوژنتیک: بیشینه صرفه‌جویی (Maximum Parsimony)
• 10. روش‌های استنباط فیلوژنتیک: احتمال بیشینه (Maximum Likelihood)
• 11. روش‌های استنباط فیلوژنتیک: بیزین (Bayesian Inference)
• 12. ارزیابی قطعیت درختان فیلوژنتیک: Bootstrap و Posterior Probabilities
• 13. تحلیل حساسیت درخت فیلوژنتیک به تغییرات پارامترها
• 14. مقدمه‌ای بر روش‌های بیوانفورماتیکی برای تحلیل فیلوژنتیک
• 15. معرفی نرم‌افزارهای رایج تحلیل فیلوژنتیک: MEGA, RAxML, MrBayes
• 16. کار با MEGA: هم‌ترازی، ساخت درخت و تفسیر نتایج
• 17. کار با RAxML: اجرای تحلیل‌های احتمال بیشینه و ارزیابی Bootstrap
• 18. کار با MrBayes: اجرای تحلیل‌های بیزین و ارزیابی Posterior Probabilities
• 19. تحلیل فیلوژنتیک بر اساس داده‌های پروتئین
• 20. تکامل ژن‌های چند نسخه‌ای (Multigene Families) و فیلوژنتیک
• 21. فیلوژنتیک جمعیت: مطالعه تنوع ژنتیکی درون گونه‌ها
• 22. مفهوم گونه و گونه‌زایی (Speciation)
• 23. استفاده از فیلوژنتیک در طبقه‌بندی موجودات زنده
• 24. فیلوژنتیک و ردیابی منشأ بیماری‌ها
• 25. فیلوژنتیک و مطالعه تکامل ویروس‌ها
• 26. تحلیل فیلوژنتیک داده‌های ژنومی کامل
• 27. مقدمه‌ای بر مدل‌های تکاملی پیچیده
• 28. مدل‌های تکاملی مبتنی بر انتخاب طبیعی
• 29. مدل‌های تکاملی مبتنی بر رانش ژنتیکی
• 30. مدل‌های تکاملی مبتنی بر جریان ژن
• 31. تأثیر ساختار جمعیت بر فرآیندهای تکاملی
• 32. تحلیل فیلوژنتیک با در نظر گرفتن نرخ‌های تکامل متفاوت
• 33. تحلیل فیلوژنتیک و داده‌های زمانی (Molecular Clock)
• 34. استفاده از فیلوژنتیک در حفاظت از تنوع زیستی
• 35. تحلیل شبکه‌های فیلوژنتیک (Phylogenetic Networks)
• 36. تحلیل فیلوژنتیک و داده‌های RNA
• 37. تحلیل فیلوژنتیک و متاژنومیک
• 38. مقدمه‌ای بر فیلوژنتیک محاسباتی
• 39. تحلیل فیلوژنتیک و Big Data
• 40. چالش‌ها و محدودیت‌های تحلیل فیلوژنتیک
• 41. آینده تحلیل فیلوژنتیک و مدل‌سازی تکاملی