فلش‌کارت‌های آموزشی طراحی Pipelineهای قابل تکرار برای NGS

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره طراحی Pipelineهای قابل تکرار برای NGS

موضوع کلی: زیست‌شناسی و مهندسی ژنتیک

موضوع میانی: آنالیز داده‌های NGS

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر توالی‌یابی نسل جدید (NGS)
• 2. اصول پایه‌ای توالی‌یابی DNA و RNA
• 3. کیفیت داده‌های NGS: چالش‌ها و راه‌حل‌ها
• 4. انتخاب کتابخانه (Library) مناسب برای پروژه NGS
• 5. آماده‌سازی نمونه برای NGS: DNA و RNA
• 6. روش‌های تقویت DNA برای NGS
• 7. تکنیک‌های برش و اندازه‌گیری DNA
• 8. توالی‌یابی کل ژنوم (WGS): اصول و کاربردها
• 9. توالی‌یابی اگزوم (WES): مزایا و محدودیت‌ها
• 10. توالی‌یابی RNA (RNA-Seq): تحلیل بیان ژن
• 11. توالی‌یابی متاژنوم (Metagenomics): بررسی تنوع میکروبی
• 12. توالی‌یابی چیپ (ChIP-Seq): شناسایی مناطق اتصال پروتئین به DNA
• 13. توالی‌یابی با پوشش بالا: کاربردها و چالش‌ها
• 14. فرمت‌های فایل‌های NGS: FASTQ، BAM، VCF
• 15. کنترل کیفیت داده‌های خام NGS
• 16. هم‌ترازی (Alignment) داده‌های NGS بر روی ژنوم مرجع
• 17. شناسایی واریانت‌های ژنتیکی (SNPs، Indels)
• 18. نرم‌افزارهای هم‌ترازی: BWA، Bowtie
• 19. نرم‌افزارهای شناسایی واریانت: GATK، Samtools
• 20. فیلتر کردن واریانت‌ها: حذف نتایج کاذب
• 21. تفسیر واریانت‌ها: پیش‌بینی اثرات عملکردی
• 22. آنالیز غنی‌سازی (Enrichment Analysis)
• 23. آنالیز مسیرهای ژنی (Pathway Analysis)
• 24. تجسم داده‌های NGS: ابزارها و تکنیک‌ها
• 25. کاربرد NGS در تشخیص بیماری‌های ژنتیکی
• 26. کاربرد NGS در سرطان‌شناسی
• 27. کاربرد NGS در داروشناسی (Pharmacogenomics)
• 28. کاربرد NGS در کشاورزی
• 29. کاربرد NGS در مطالعه تکامل
• 30. طراحی آزمایش NGS: تعیین عمق پوشش و تعداد نمونه‌ها
• 31. بهینه‌سازی پروتکل‌های آماده‌سازی نمونه
• 32. اتوماسیون فرآیند NGS
• 33. مدیریت داده‌های NGS: ذخیره‌سازی، پشتیبان‌گیری و امنیت
• 34. محاسبه هزینه NGS
• 35. انتخاب پلتفرم توالی‌یابی مناسب
• 36. مراحل یک Pipeline NGS استاندارد
• 37. پیش‌پردازش داده‌ها: حذف آداپتورها و توالی‌های کم‌کیفیت
• 38. نرم‌افزارهای پیش‌پردازش داده: Trimmomatic، Cutadapt
• 39. کنترل کیفیت داده‌های پیش‌پردازش شده
• 40. نرم‌افزارهای مدیریت Pipeline: Nextflow، Snakemake
• 41. استفاده از کانتینرها (Docker، Singularity) در Pipeline NGS
• 42. پیاده‌سازی Pipelineهای NGS در محیط ابری
• 43. مقایسه عملکرد Pipelineهای مختلف NGS
• 44. عیب‌یابی Pipelineهای NGS
• 45. نوشتن اسکریپت‌های خودکار برای Pipeline NGS
• 46. نظارت بر اجرای Pipeline NGS
• 47. بهینه‌سازی Pipeline NGS برای عملکرد بهتر
• 48. تفسیر نتایج Pipeline NGS
• 49. گزارش‌دهی نتایج NGS
• 50. آینده NGS و تکنولوژی‌های نوظهور
• 51. توالی‌یابی تک‌سلولی (Single-cell Sequencing)
• 52. توالی‌یابی متا بارکدینگ (Metabarcoding)
• 53. روش‌های جدید توالی‌یابی
• 54. چالش‌های اخلاقی و قانونی NGS
• 55. حریم خصوصی داده‌های ژنتیکی
• 56. دسترسی به داده‌های NGS
• 57. آموزش و تربیت متخصصان NGS
• 58. همکاری در پروژه‌های NGS