فلش‌کارت‌های آموزشی کار با Associatron: تحلیل داده‌های ژنومی و پروتئومی با پایتون

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره کار با Associatron: تحلیل داده‌های ژنومی و پروتئومی با پایتون

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های زیستی

موضوع میانی: برنامه‌نویسی و ابزارهای محاسباتی در بیوانفورماتیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک و داده‌های زیستی
• 2. آشنایی با Associatron: معرفی و کاربردها
• 3. نصب و راه‌اندازی محیط برنامه‌نویسی پایتون برای بیوانفورماتیک
• 4. مبانی زبان برنامه‌نویسی پایتون برای تحلیل داده‌های زیستی
• 5. ساختارهای داده‌ای در پایتون و کاربرد آن‌ها در بیوانفورماتیک
• 6. توابع و ماژول‌های پایتون در تحلیل ژنومی
• 7. کار با فایل‌های متنی و فرمت‌های داده‌ای رایج در بیوانفورماتیک
• 8. خواندن و نوشتن فایل‌های FASTA و FASTQ با پایتون
• 9. پردازش و پاکسازی داده‌های RNA-Seq
• 10. تحلیل داده‌های میکروسکوپی با استفاده از پایتون
• 11. مقدمه‌ای بر الگوریتم‌های هم‌ترازی توالی (Sequence Alignment)
• 12. پیاده‌سازی الگوریتم‌های هم‌ترازی توالی با پایتون
• 13. شباهت توالی و جستجوی پایگاه داده با BLAST
• 14. تحلیل چندگانه توالی (Multiple Sequence Alignment) و کاربردهای آن
• 15. درخت‌های فیلوژنتیک و روش‌های ساخت آن‌ها
• 16. تحلیل تنوع ژنتیکی با استفاده از پایتون
• 17. مقدمه‌ای بر ژنومیکس مقایسه‌ای
• 18. تحلیل داده‌های ChIP-Seq
• 19. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از کتابخانه‌های Biopython
• 20. کار با کتابخانه Pandas برای تحلیل داده‌های ژنومی
• 21. تصویرسازی داده‌های ژنومی با استفاده از Matplotlib و Seaborn
• 22. تحلیل داده‌های پروتئومی: مقدمه‌ای بر طیف‌سنجی جرمی
• 23. پردازش داده‌های طیف‌سنجی جرمی با پایتون
• 24. شناسایی و تعیین کمیت پروتئین‌ها با استفاده از پایتون
• 25. تحلیل مسیرهای متابولیکی با استفاده از پایتون
• 26. مقدمه‌ای بر یادگیری ماشین در بیوانفورماتیک
• 27. دسته‌بندی داده‌های ژنومی با استفاده از الگوریتم‌های یادگیری ماشین
• 28. پیش‌بینی ساختار پروتئین با استفاده از پایتون
• 29. تحلیل شبکه‌های بیولوژیکی با استفاده از پایتون
• 30. تحلیل داده‌های بیان ژن و شناسایی ژن‌های کلیدی
• 31. تحلیل داده‌های تک‌نوکلئوتیدی پلیمورفیسم (SNP)
• 32. تحلیل داده‌های کپی‌نامبر (Copy Number)
• 33. کار با پایگاه‌های داده ژنومی (NCBI, Ensembl) با پایتون
• 34. استخراج داده‌ها از پایگاه‌های داده ژنومی با استفاده از API
• 35. تحلیل داده‌های metagenomics
• 36. تحلیل داده‌های epigenetic
• 37. مقدمه‌ای بر سیستم‌های بیولوژیکی مصنوعی
• 38. مدلسازی سیستم‌های بیولوژیکی با پایتون
• 39. تحلیل داده‌های سیستم‌های بیولوژیکی مصنوعی
• 40. کار با فرمت‌های استاندارد داده‌های بیوانفورماتیک (BED, GFF, VCF)
• 41. تحلیل داده‌های expression quantitative trait loci (eQTL)
• 42. تحلیل داده‌های CRISPR-Cas9
• 43. تحلیل داده‌های Single-Cell RNA Sequencing (scRNA-seq)
• 44. تحلیل داده‌های spatial transcriptomics
• 45. مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک سیستماتیک
• 46. تحلیل داده‌های microbiome
• 47. روش‌های کاهش ابعاد در تحلیل داده‌های ژنومی
• 48. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از روش‌های آماری
• 49. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از روش‌های احتمالاتی
• 50. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از روش‌های گرافیکی
• 51. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از روش‌های شبکه‌ای
• 52. تحلیل داده‌های ژنومی با استفاده از روش‌های مبتنی بر یادگیری عمیق
• 53. کار با خط فرمان (command line) در بیوانفورماتیک
• 54. خودکارسازی فرایندهای بیوانفورماتیک با استفاده از پایتون
• 55. مقدمه‌ای بر پایگاه داده‌های گراف بیوانفورماتیک
• 56. تحلیل داده‌های پروتئین-پروتئین با استفاده از پایتون
• 57. تحلیل داده‌های تعاملات پروتئین-DNA با استفاده از پایتون
• 58. تحلیل داده‌های مسیرهای سیگنالینگ با استفاده از پایتون
• 59. تحلیل داده‌های تغییرات اپی‌ژنتیکی با استفاده از پایتون
• 60. تحلیل داده‌های بیان ژن در پاسخ به استرس با استفاده از پایتون
• 61. تحلیل داده‌های ژنوم ویروس‌ها با استفاده از پایتون
• 62. تحلیل داده‌های بیماری‌های ژنتیکی با استفاده از پایتون
• 63. تحلیل داده‌های دارویی (Pharmacogenomics) با استفاده از پایتون
• 64. مقدمه‌ای بر هوش مصنوعی در بیوانفورماتیک
• 65. تحلیل داده‌های تصویربرداری پزشکی با استفاده از پایتون
• 66. تحلیل داده‌های ژنومی در کشاورزی با استفاده از پایتون
• 67. تحلیل داده‌های ژنومی در دامپروری با استفاده از پایتون
• 68. تحلیل داده‌های ژنومی در محیط زیست با استفاده از پایتون
• 69. مقدمه‌ای بر امنیت داده‌ها در بیوانفورماتیک
• 70. مدیریت داده‌های بزرگ در بیوانفورماتیک
• 71. بهینه‌سازی کد پایتون برای تحلیل داده‌های ژنومی
• 72. آشنایی با سیستم‌های مدیریت نسخه (Version Control) در بیوانفورماتیک (Git)
• 73. مقدمه‌ای بر Containerization (Docker) در بیوانفورماتیک
• 74. مقدمه‌ای بر Cloud Computing در بیوانفورماتیک
• 75. مقدمه‌ای بر Workflow Management Systems (Snakemake) در بیوانفورماتیک