فلش‌کارت‌های آموزشی آموزش جامع تحلیل تنظیم‌کننده‌های ارشد (Master Regulator Analysis) در مطالعات بیماری‌های عفونی با ابزارهای محاسباتی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش جامع تحلیل تنظیم‌کننده‌های ارشد (Master Regulator Analysis) در مطالعات بیماری‌های عفونی با ابزارهای محاسباتی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی

موضوع میانی: تحلیل تنظیم‌کننده‌های ارشد (Master Regulators) در پژوهش‌های بیماری‌های عفونی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر زیست‌شناسی سیستم‌ها و نقش بیماری‌های عفونی در تغییرات ژنومی میزبان
• 2. مفاهیم پایه تنظیم‌کننده‌های ارشد (Master Regulators) و اهمیت آن‌ها در پاتوژنز میکروبی
• 3. آشنایی با داده‌های ترانسکریپتومیکس (Transcriptomics) و آماده‌سازی داده‌های بیان ژن در بیماری‌های عفونی
• 4. ساخت و بازسازی شبکه‌های تنظیم ژنی (Gene Regulatory Networks) در تعامل میزبان و پاتوژن
• 5. مفاهیم پایه الگوریتم‌های استنباط شبکه مانند ARACNe و کاربردهای آن
• 6. شناسایی فعالیت پروتئین‌های تنظیم‌گر و فاکتورهای رونویسی با ابزارهای بیوانفورماتیکی
• 7. تحلیل فعالیت تنظیم‌کننده‌های ارشد با استفاده از بسته نرم‌افزاری VIPER در زبان R
• 8. بررسی پاسخ‌های ایمنی میزبان به باکتری‌ها و ویروس‌ها از طریق تحلیل شبکه‌ای
• 9. نقش تنظیم‌کننده‌های ارشد در فرار ایمنی (Immune Evasion) پاتوژن‌ها
• 10. تحلیل داده‌های تک‌سلولی (Single-Cell RNA-seq) برای ردیابی سلول‌های ایمنی و تنظیم‌گرها در عفونت
• 11. شناسایی اهداف دارویی جدید (Drug Targets) بر اساس پروتئین‌های کلیدی تنظیم‌گر
• 12. یکپارچه‌سازی داده‌های پروتئومیکس و ترانسکریپتومیکس برای دقت بیشتر در تحلیل تنظیم‌کننده‌ها
• 13. بررسی مکانیسم‌های مقاومت دارویی میکروبی با رویکرد تحلیل شبکه‌های تنظیم ژنی
• 14. آنالیز غنی‌سازی مسیرهای زیستی (Pathway Enrichment Analysis) برای ژن‌های هدف تنظیم‌گر
• 15. مدیریت و تحلیل داده‌های بزرگ بیولوژیکی در محیط‌های ابری و محلی
• 16. ارزیابی آماری و اعتبارسنجی نتایج تحلیل تنظیم‌کننده‌های ارشد با داده‌های تجربی
• 17. رفع خطاهای رایج در ساخت شبکه‌ها و مشکلات همگرایی الگوریتم‌های بیوانفورماتیکی
• 18. تصویرسازی پیشرفته شبکه‌های تنظیم ژنی و نمودارهای حرارتی (Heatmaps) با پایتون و R
• 19. توسعه اسکریپت‌های سفارشی برای خودکارسازی فرآیندهای تحلیل داده‌های عفونی
• 20. پروژه عملی ۱: پیاده‌سازی تحلیل تنظیم‌کننده‌های ارشد روی مجموعه داده‌های عفونت ویروسی
• 21. پروژه عملی ۲: کشف بیومارکرهای جدید و اهداف دارویی در یک بیماری عفونی با استفاده از الگوریتم VIPER
• 22. بهترین روش‌ها (Best Practices) در انتشار مقالات بیوانفورماتیک و استناددهی به داده‌های شبکه تنظیم ژنی