فلش‌کارت‌های آموزشی ژنومیک اجتماعی با علم داده؛ از پردازش داده‌های ژنتیکی تا تحلیل ارتباط ژن و رفتار اجتماعی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره ژنومیک اجتماعی با علم داده؛ از پردازش داده‌های ژنتیکی تا تحلیل ارتباط ژن و رفتار اجتماعی

موضوع کلی: علم داده و محاسبات زیستی

موضوع میانی: تحلیل محاسباتی ژنوم و ژنومیک اجتماعی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی ژنومیک اجتماعی و کاربردهای محاسباتی آن
• 2. ساختار و انواع داده‌های ژنومی
• 3. مفاهیم پایه ژنتیک جمعیت در تحلیل داده
• 4. انواع داده‌های فنوتیپی و اجتماعی
• 5. ارتباط داده‌های ژنومی با ویژگی‌های رفتاری و اجتماعی
• 6. معماری یک خط لوله محاسباتی ژنومیک
• 7. طراحی Workflow برای تحلیل‌های ژنومی
• 8. گردآوری و سازمان‌دهی داده‌های ژنومی
• 9. استانداردسازی داده‌های ژنتیکی و فنوتیپی
• 10. کنترل کیفیت داده‌های ژنومی
• 11. مدیریت داده‌های مفقود و ناقص
• 12. تشخیص نمونه‌های نامعتبر و خطاهای آزمایشگاهی
• 13. شناسایی نمونه‌های تکراری و خویشاوندی
• 14. مدیریت داده‌های جمعیتی و متادیتا
• 15. مبانی فایل‌های FASTQ، BAM و VCF
• 16. پردازش داده‌های توالی‌یابی خام
• 17. هم‌ترازی توالی‌ها و ارزیابی کیفیت Alignment
• 18. فراخوانی واریانت‌های ژنتیکی
• 19. فیلترگذاری و کنترل کیفیت واریانت‌ها
• 20. Annotation و تفسیر واریانت‌های ژنومی
• 21. ساخت ماتریس ژنوتیپ برای تحلیل‌های آماری
• 22. محاسبه فراوانی آللی و ژنوتیپی
• 23. تحلیل SNP و واریانت‌های ژنتیکی
• 24. تحلیل Linkage Disequilibrium
• 25. ساخت و تحلیل Principal Components
• 26. کنترل ساختار جمعیتی در مطالعات ژنومیک
• 27. تشخیص و مدیریت Population Stratification
• 28. تحلیل خویشاوندی و Relatedness
• 29. مبانی مطالعات Association در ژنومیک اجتماعی
• 30. طراحی Phenotype برای ویژگی‌های پیچیده اجتماعی
• 31. کدگذاری متغیرهای رفتاری و اجتماعی
• 32. ساخت مدل‌های آماری برای داده‌های ژنومی
• 33. رگرسیون خطی در مطالعات ژنومیک
• 34. رگرسیون لجستیک برای صفات دودویی
• 35. مدیریت Covariateها در مدل‌های ژنتیکی
• 36. انتخاب متغیرهای کنترل در تحلیل‌های ژنومیک
• 37. تحلیل GWAS برای صفات پیچیده
• 38. طراحی Pipeline برای اجرای GWAS
• 39. کنترل Multiple Testing در تحلیل‌های ژنومیک
• 40. تفسیر اندازه اثر و Significance
• 41. تحلیل واریانس و وراثت‌پذیری صفات
• 42. برآورد Heritability از داده‌های ژنومی
• 43. تحلیل Genetic Correlation میان صفات
• 44. ساخت Polygenic Risk Score
• 45. انتخاب SNPها برای محاسبه PRS
• 46. اعتبارسنجی و ارزیابی Polygenic Score
• 47. تحلیل ارتباط ژنتیک با ویژگی‌های اجتماعی
• 48. ادغام داده‌های ژنتیکی و محیطی
• 49. مدل‌سازی تعامل ژن و محیط
• 50. تحلیل Gene-Environment Interaction
• 51. مدیریت متغیرهای جمعیت‌شناختی در مدل‌ها
• 52. تحلیل داده‌های طولی و تکرارشونده
• 53. مدیریت داده‌های چندمنبعی در Pipeline
• 54. ادغام داده‌های ژنومی با داده‌های سلامت و رفتاری
• 55. استانداردسازی شناسه‌ها و متادیتای چندمنبعی
• 56. مهندسی ویژگی برای داده‌های ژنومی
• 57. کاهش ابعاد داده‌های ژنتیکی
• 58. انتخاب ویژگی در داده‌های پرابعاد
• 59. مدیریت داده‌های بزرگ ژنومی
• 60. پردازش موازی تحلیل‌های ژنومی
• 61. اجرای Pipeline روی Cluster
• 62. مدیریت منابع محاسباتی و حافظه
• 63. کانتینرسازی محیط تحلیل ژنومیک
• 64. تکرارپذیری محاسباتی در مطالعات ژنومی
• 65. ثبت نسخه داده‌ها و نتایج تحلیل
• 66. مدیریت Workflowهای پیچیده با ابزارهای Pipeline
• 67. خودکارسازی مراحل پردازش و تحلیل
• 68. مانیتورینگ اجرای Pipeline
• 69. مدیریت خطا و اجرای مجدد مراحل شکست‌خورده
• 70. اعتبارسنجی خروجی‌های محاسباتی
• 71. تحلیل Bias در داده‌های ژنومیک اجتماعی
• 72. اثر Population Structure بر نتایج
• 73. کنترل Confounding در مطالعات ژنتیکی
• 74. تشخیص Associationهای کاذب
• 75. ارزیابی Robustness نتایج
• 76. تحلیل Replication و Reproducibility
• 77. تفسیر محتاطانه ارتباط ژنتیک و رفتار
• 78. ملاحظات حریم خصوصی داده‌های ژنتیکی
• 79. ناشناس‌سازی و مدیریت دسترسی داده‌های حساس
• 80. حاکمیت داده در پروژه‌های ژنومیک
• 81. ملاحظات اخلاقی تحلیل ژنومیک اجتماعی
• 82. پروژه عملی طراحی یک Pipeline کامل ژنومیک
• 83. تحلیل و تفسیر خروجی Pipeline
• 84. بهینه‌سازی و مستندسازی Pipeline نهایی