فلش‌کارت‌های آموزشی آموزش کاربردی استخراج و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک با رویکرد ژنومیک

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره آموزش کاربردی استخراج و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک با رویکرد ژنومیک

موضوع کلی: علوم زیستی و بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل‌های محاسباتی در ژنتیک و تکامل

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی زیست‌شناسی مولکولی و ساختار ژنوم
• 2. آشنایی با مفاهیم پایه فیلوژنی و تکامل مولکولی
• 3. معرفی توالی‌های ژنومی و داده‌های چندگانه
• 4. آشنایی با فرمت‌های رایج ذخیره‌سازی داده‌های توالی
• 5. روش‌های جستجوی تشابه توالی‌ها با استفاده از BLAST
• 6. اصول هم‌ترازسازی توالی‌های چندگانه در مقیاس ژنومی
• 7. الگوریتم‌های پیشرفته برای هم‌ترازسازی توالی‌های پروتئینی و نوکلئوتیدی
• 8. مدل‌سازی تکاملی و نرخ جایگزینی نوکلئوتیدها
• 9. بررسی مدل‌های جایگزینی آمینواسیدی در تحلیل‌های فیلوژنتیک
• 10. آشنایی با مفهوم درخت‌های فیلوژنتیک و اجزای تشکیل‌دهنده آن‌ها
• 11. روش‌های مبتنی بر فاصله برای بازسازی درخت‌های تکاملی
• 12. الگوریتم‌های اتصال همسایه در تحلیل‌های فیلوژنتیک
• 13. روش حداکثر درست‌نمایی در استنتاج درخت‌های تکاملی
• 14. اصول روش استنتاج بیزی در فیلوژنتیک محاسباتی
• 15. بررسی دقت و کارایی الگوریتم‌های جستجوی فضای درخت‌ها
• 16. استفاده از روش‌های بوت‌استرپ برای ارزیابی اطمینان در درخت‌های فیلوژنتیک
• 17. تحلیل فیلوژنتیک مبتنی بر ژنوم کامل
• 18. شناسایی و استخراج ژن‌های ارتولوگ برای تحلیل‌های فیلوژنی
• 19. چالش‌های تحلیل داده‌های ژنومیک و اثر نویز در بازسازی درخت‌ها
• 20. ارزیابی ناهماهنگی بین درخت‌های ژنی و درخت‌های گونه‌ای
• 21. روش‌های رفع تضاد در داده‌های ژنومیک
• 22. کاربرد مدل‌های ترکیبی در تحلیل تکامل مولکولی
• 23. استفاده از ابزارهای نرم‌افزاری برای ترسیم و ویرایش درخت‌های فیلوژنتیک
• 24. تحلیل زمان‌بندی تکاملی با استفاده از ساعت مولکولی
• 25. تخمین زمان واگرایی گونه‌ها با استفاده از داده‌های ژنومیک
• 26. بررسی انتخاب طبیعی در سطح ژنوم با استفاده از تحلیل‌های فیلوژنتیک
• 27. تکنیک‌های پیش‌پردازش داده‌های توالی‌یابی نسل جدید برای مطالعات تکاملی
• 28. مدیریت حافظه و بهینه‌سازی محاسباتی در تحلیل‌های کلان‌داده‌های زیستی
• 29. کاربرد فیلوژنتیک در شناسایی الگوهای انتقال بیماری‌های عفونی
• 30. استفاده از داده‌های ژنومیک در مطالعات تنوع زیستی و حفاظت از گونه‌ها
• 31. اعتبارسنجی نتایج تحلیل‌های فیلوژنتیک با استفاده از شبیه‌سازی‌های کامپیوتری
• 32. آشنایی با خط لوله‌های محاسباتی خودکار برای تحلیل‌های فیلوژنوئیک
• 33. بررسی کاربرد یادگیری ماشین در تحلیل‌های فیلوژنتیک
• 34. گزارش‌نویسی و تفسیر نتایج حاصل از تحلیل‌های بیوانفورماتیکی
• 35. اخلاق در پژوهش‌های ژنتیک و حفظ حریم خصوصی داده‌های زیستی
• 36. پروژه عملی: بازسازی درخت فیلوژنتیک یک خانواده ژنی خاص
• 37. بررسی محدودیت‌های محاسباتی در تحلیل‌های فیلوژنی مقیاس بزرگ
• 38. آینده‌نگری در توسعه ابزارهای محاسباتی ژنتیک و تکامل
• 39. جمع‌بندی و مرور کلی بر فرآیند استنتاج فیلوژنی در مقیاس ژنوم