فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل داده‌های ChIP-seq برای بررسی برهم‌کنش‌های پروتئین-DNA در مطالعات سرطان با استفاده از ابزارهای Bioconductor

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل داده‌های ChIP-seq برای بررسی برهم‌کنش‌های پروتئین-DNA در مطالعات سرطان با استفاده از ابزارهای Bioconductor

موضوع کلی: زیست‌شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS)

📋 سرفصل‌های دوره (100 موضوع)

• 1. مبانی زیست‌شناسی مولکولی و برهم‌کنش‌های پروتئین و DNA
• 2. مقدمه‌ای بر فناوری توالی‌یابی نسل جدید و کاربرد آن در ChIP-seq
• 3. آشنایی با محیط نرم‌افزاری R و بسته Bioconductor برای تحلیل داده‌های زیستی
• 4. ساختار فایل‌های داده‌های خام توالی‌یابی و فرمت FASTQ
• 5. کنترل کیفیت داده‌های خام با استفاده از ابزار FastQC
• 6. پیش‌پردازش و پیرایش توالی‌ها با استفاده از ابزارهای تخصصی
• 7. آشنایی با ژنوم مرجع و فرمت‌های فایلی FASTA و GTF
• 8. تراز کردن توالی‌ها به ژنوم مرجع با استفاده از ابزار Bowtie2
• 9. کار با فایل‌های خروجی تراز شده در قالب فرمت SAM و BAM
• 10. فیلتر کردن و مرتب‌سازی داده‌های تراز شده با ابزارهای SAMtools
• 11. تجسم و بررسی اولیه داده‌های تراز شده در مرورگر ژنوم IGV
• 12. مبانی آماری و الگوریتم‌های شناسایی قله‌ها در داده‌های ChIP-seq
• 13. شناسایی نواحی غنی‌سازی شده با استفاده از ابزار MACS2
• 14. استفاده از بسته‌های Bioconductor برای تحلیل اختصاصی داده‌های ChIP-seq
• 15. مدیریت و دستکاری داده‌های GenomicRanges در محیط R
• 16. نرمال‌سازی داده‌ها و حذف اثرات پس‌زمینه در تحلیل‌های کمی
• 17. تحلیل برهم‌کنش‌های پروتئین-DNA در نمونه‌های سرطانی
• 18. شناسایی نواحی اتصال فاکتورهای رونویسی در ژنوم انسان
• 19. حاشیه نویسی قله‌های شناسایی شده نسبت به ژن‌های هدف
• 20. آنالیز توزیع ژنومی نواحی اتصال با استفاده از بسته‌های ChipSeeker
• 21. بررسی الگوهای اتصال در نواحی پروموتری و اینترونی
• 22. تحلیل غنی‌سازی موتیف‌های DNA در نواحی شناسایی شده
• 23. کشف الگوهای تنظیمی با استفاده از ابزارهای تحلیل موتیف
• 24. تلفیق داده‌های ChIP-seq با داده‌های بیان ژن برای درک مکانیسم‌های سرطان
• 25. تجسم بصری نتایج تحلیل با استفاده از نمودارهای پروفایل و Heatmap
• 26. ارزیابی تکرارپذیری آزمایش‌ها با استفاده از تحلیل همبستگی
• 27. تفسیر بیولوژیکی نتایج در بافت‌های سرطانی و سلول‌های سالم
• 28. گزارش‌نویسی و مستندسازی تحلیل‌های بیوانفورماتیکی
• 29. چالش‌های محاسباتی در تحلیل داده‌های NGS
• 30. اخلاق در پژوهش‌های زیست‌پزشکی و حفظ حریم خصوصی داده‌های ژنتیکی بیماران