فلش‌کارت‌های آموزشی جامع تحلیل داده‌های زیستی با استفاده از ابزارهای محاسباتی Bioconductor

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره جامع تحلیل داده‌های زیستی با استفاده از ابزارهای محاسباتی Bioconductor

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی زیست‌شناسی محاسباتی و نقش بیوانفورماتیک در پژوهش‌های نوین
• 2. آشنایی با محیط برنامه‌نویسی R و بسته‌های تخصصی Bioconductor
• 3. ساختار داده‌ها در زیست‌شناسی محاسباتی و شیء‌گرایی در R
• 4. کار با اشیاء کلاس S4 در تحلیل داده‌های ژنومیک
• 5. مدیریت و پردازش توالی‌های زیستی با بسته Biostrings
• 6. کاربرد توابع جستجو و پردازش رشته‌های DNA و پروتئین
• 7. تحلیل داده‌های حاصل از توالی‌یابی نسل جدید در محیط R
• 8. آشنایی با فرمت‌های استاندارد فایل‌های ژنومیک نظیر FASTA و FASTQ
• 9. کار با فایل‌های تراز توالی با فرمت BAM و SAM
• 10. استفاده از GenomicRanges برای مدیریت بازه‌های ژنومی
• 11. عملیات ریاضی و منطقی بر روی موقعیت‌های ژنومی
• 12. حاشیه نویسی ژنوم و استفاده از پایگاه‌های داده AnnotationHub
• 13. بررسی ساختار ژن‌ها و رونوشت‌ها با بسته GenomicFeatures
• 14. تحلیل بیان ژن با استفاده از داده‌های RNA-Seq
• 15. پیش‌پردازش و نرمال‌سازی داده‌های شمارش توالی (Count Data)
• 16. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت در شرایط مختلف زیستی
• 17. استفاده از مدل‌های آماری برای تحلیل تفاوت بیان ژن
• 18. تصویرسازی داده‌های ژنومیک با استفاده از Gviz
• 19. تحلیل غنی‌سازی مسیرهای زیستی و هستی‌شناسی ژن (GO)
• 20. کاربرد تحلیل مؤلفه‌های اصلی (PCA) در داده‌های ژنومیک
• 21. خوشه‌بندی داده‌های بیان ژن و تحلیل شبکه‌های هم‌بیانی
• 22. تحلیل داده‌های ChIP-Seq برای بررسی تعاملات پروتئین و DNA
• 23. شناسایی نواحی اتصال فاکتورهای رونویسی در ژنوم
• 24. تحلیل داده‌های متیلاسیون DNA و بررسی اپی‌ژنتیک
• 25. کار با داده‌های تک‌سلولی (Single-cell RNA-seq) در بستر Bioconductor
• 26. کاهش ابعاد و تصویرسازی داده‌های تک‌سلولی
• 27. تشخیص خوشه‌های سلولی و شناسایی مارکرهای اختصاصی
• 28. تجمیع داده‌های چندگانه و کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی
• 29. استفاده از بسته‌های مدیریتی برای خط لوله تحلیل داده‌های زیستی
• 30. گزارش‌نویسی علمی و تولید خودکار نتایج با R Markdown
• 31. اخلاق در پژوهش‌های زیستی و حفاظت از داده‌های ژنتیکی
• 32. ملاحظات محاسباتی در تحلیل داده‌های حجیم زیستی
• 33. بهینه‌سازی کدهای R برای پردازش‌های سنگین ژنومیک
• 34. استفاده از موازی‌سازی در تحلیل‌های بیوانفورماتیک
• 35. تلفیق داده‌های مختلف ژنومیک و پروتئومیک (Multi-omics)
• 36. ارزیابی مدل‌های آماری در تفسیر داده‌های زیستی
• 37. آشنایی با مخازن داده‌های عمومی و نحوه فراخوانی آن‌ها در R
• 38. کاربرد بسته‌های Bioconductor در تشخیص‌های مولکولی
• 39. شبیه‌سازی داده‌های ژنومیک برای تست الگوریتم‌های تحلیلی
• 40. پروژه نهایی: طراحی خط لوله کامل تحلیل داده‌های ژنومیک