فلش‌کارت‌های آموزشی جامع تحلیل پیشرفته داده‌های توالی‌یابی RNA (RNA-Seq) با استفاده از ابزارهای محاسباتی استاندارد

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره جامع تحلیل پیشرفته داده‌های توالی‌یابی RNA (RNA-Seq) با استفاده از ابزارهای محاسباتی استاندارد

موضوع کلی: علوم زیستی و فناوری‌های نوین

موضوع میانی: بیوانفورماتیک و تحلیل داده‌های ژنومیک

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی بیولوژی مولکولی و ساختار ژنوم یوکاریوتی
• 2. اصول پایه توالی‌یابی نسل جدید و تکنولوژی‌های RNA-Seq
• 3. آشنایی با فرمت‌های استاندارد داده‌های زیستی در توالی‌یابی
• 4. مدیریت و سازماندهی داده‌های حجیم در محیط لینوکس
• 5. بررسی کیفیت فایل‌های خام با ابزار FastQC
• 6. روش‌های پیش‌پردازش و پیرایش داده‌های توالی‌یابی با Trimmomatic
• 7. مبانی الگوریتم‌های هم‌ترازی توالی‌ها به ژنوم مرجع
• 8. استفاده از ابزار STAR برای نقشه‌برداری خوانش‌ها
• 9. مدیریت فایل‌های SAM و BAM با استفاده از SAMtools
• 10. آنالیز بصری داده‌های هم‌تراز شده در محیط IGV
• 11. کمی‌سازی بیان ژن با استفاده از ابزار FeatureCounts
• 12. آشنایی با ساختار فایل‌های GTF و GFF در حاشیه نویسی ژنوم
• 13. مبانی آماری تحلیل بیان ژن‌های افتراقی
• 14. پیش‌پردازش داده‌های شمارش شده برای تحلیل‌های آماری
• 15. کاربرد کتابخانه DESeq2 در شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت
• 16. تفسیر نتایج آماری و کنترل نرخ کشف کاذب
• 17. تحلیل خوشه‌بندی و ترسیم نقشه‌های حرارتی بیان ژن
• 18. تحلیل غنی‌سازی هستی‌شناسی ژن و مسیرهای بیولوژیکی
• 19. بررسی جایگزین‌های پیرایش و ایزوفرم‌های ژنی
• 20. استفاده از ابزار StringTie برای بازسازی رونوشت‌ها
• 21. ادغام و مقایسه رونوشت‌های بازسازی شده
• 22. آشنایی با ابزار Minimap2 برای داده‌های توالی‌یابی طولانی
• 23. تحلیل بیان ژن در داده‌های توالی‌یابی تک‌سلولی
• 24. روش‌های نرمال‌سازی داده‌ها برای حذف سوگیری‌های تکنیکال
• 25. بررسی کیفیت نتایج نهایی و گزارش‌نویسی بیوانفورماتیکی
• 26. اخلاق حرفه‌ای در پژوهش‌های ژنومیک و حفظ داده‌های زیستی
• 27. کاربرد تحلیل‌های RNA-Seq در تشخیص‌های پزشکی دقیق
• 28. آشنایی با پایگاه‌های داده ژنومی ملی و بین‌المللی
• 29. یکپارچه‌سازی داده‌های RNA-Seq با سایر داده‌های امیکس
• 30. پروژه نهایی تحلیل یک مجموعه داده استاندارد RNA-Seq