فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل پیشرفته بیان ژن با استفاده از هستی‌شناسی ژنی (GO) و ابزارهای شبکه (Cytoscape و Enrichr)

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل پیشرفته بیان ژن با استفاده از هستی‌شناسی ژنی (GO) و ابزارهای شبکه (Cytoscape و Enrichr)

موضوع کلی: زیست‌شناسی سامانه‌ای و بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل عملکردی ژن‌ها و شبکه‌های زیستی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی بیوانفورماتیک و اهمیت تحلیل بیان ژن در زیست‌شناسی سامانه‌ای
• 2. آشنایی با پایگاه‌های داده بیان ژن و فرمت‌های استاندارد داده‌های ترانسکریپتومیکس
• 3. پیش‌پردازش داده‌های خام حاصل از توالی‌یابی نسل جدید (NGS) و ریزآرایه
• 4. روش‌های کنترل کیفیت داده‌های بیان ژن و نرمال‌سازی
• 5. مفهوم هستی‌شناسی ژنی (Gene Ontology) و سلسله‌مراتب مفاهیم زیستی
• 6. کاربرد پایگاه داده GO در دسته‌بندی عملکردی ژن‌ها
• 7. آشنایی با محیط نرم‌افزاری Cytoscape برای تحلیل شبکه‌های زیستی
• 8. ساختار گراف‌ها و شبکه‌های تعاملی پروتئین-پروتئین (PPI)
• 9. واردسازی و مدیریت داده‌های بیان ژن در محیط Cytoscape
• 10. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت (DEG) با استفاده از ابزارهای آماری
• 11. تفسیر عملکردی ژن‌ها با استفاده از ابزار Enrichr
• 12. تجزیه و تحلیل غنی‌سازی مسیرهای متابولیک و سیگنالینگ (Pathway Enrichment)
• 13. تحلیل خوشه‌ای (Clustering) و شناسایی ماژول‌های عملکردی در شبکه‌های ژنی
• 14. روش‌های شناسایی ژن‌های کلیدی (Hub Genes) در شبکه‌های زیستی
• 15. کاربرد الگوریتم‌های توپولوژیک در شناسایی زیرشبکه‌های مهم
• 16. یکپارچه‌سازی داده‌های هستی‌شناسی ژنی با شبکه‌های برهم‌کنش پروتئینی
• 17. تحلیل شبکه‌های تنظیمی ژن (Gene Regulatory Networks)
• 18. کاربرد تحلیل غنی‌سازی در بررسی پاسخ‌های سلولی به محرک‌های محیطی
• 19. مصورسازی شبکه‌های پیچیده و بهبود کیفیت نمودارهای علمی در Cytoscape
• 20. اعتبارسنجی نتایج بیوانفورماتیکی با استفاده از پایگاه‌های داده مرجع
• 21. روش‌های تحلیل هم‌بیانی (Co-expression Analysis) ژن‌ها
• 22. استفاده از افزونه‌های کاربردی در Cytoscape برای تحلیل‌های پیشرفته
• 23. تفسیر بیولوژیک نتایج حاصل از تحلیل شبکه‌های ژنی
• 24. چالش‌های محاسباتی در تحلیل داده‌های بزرگ‌مقیاس بیان ژن
• 25. گزارش‌نویسی علمی و ارائه نتایج تحلیل‌های بیوانفورماتیک
• 26. کاربردهای تحلیل ژنومیک در تحقیقات زیست‌شناسی و پزشکی مدرن
• 27. اصول اخلاق در پژوهش‌های بیوانفورماتیک و صیانت از داده‌های زیستی
• 28. پروژه نهایی: تحلیل یکپارچه شبکه بیان ژن در یک مدل زیستی مشخص