فلش‌کارت‌های آموزشی راهنمای کاربردی تحلیل داده‌های بیان ژن (RNA-seq) و بررسی ارتباطات ژنتیکی (eQTL) در تحقیقات زیست‌پزشکی

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره راهنمای کاربردی تحلیل داده‌های بیان ژن (RNA-seq) و بررسی ارتباطات ژنتیکی (eQTL) در تحقیقات زیست‌پزشکی

موضوع کلی: زیست‌شناسی سامانه‌ای و بیوانفورماتیک

موضوع میانی: تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS)

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مبانی زیست‌شناسی مولکولی و بیان ژن
• 2. آشنایی با فناوری توالی‌یابی نسل جدید
• 3. معرفی ساختار داده‌های RNA-seq و فرمت‌های استاندارد
• 4. آماده‌سازی محیط محاسباتی برای تحلیل داده‌های زیستی
• 5. مدیریت و کنترل کیفیت داده‌های خام توالی‌یابی
• 6. آشنایی با ابزارهای خط فرمان در محیط لینوکس برای بیوانفورماتیک
• 7. کار با فرمت‌های فایل FASTQ و بررسی کیفیت با FastQC
• 8. پاک‌سازی داده‌های توالی‌یابی و حذف توالی‌های آداپتور
• 9. تراز کردن توالی‌ها به ژنوم مرجع با استفاده از STAR
• 10. مدیریت فایل‌های تراز شده در فرمت BAM و SAM
• 11. کمی‌سازی بیان ژن با استفاده از ابزار FeatureCounts
• 12. آشنایی با ژنوم‌های مرجع و فایل‌های حاشیه‌نویسی GTF
• 13. بررسی کیفیت کمی‌سازی و شناسایی نمونه‌های پرت
• 14. آشنایی با زبان برنامه‌نویسی R برای تحلیل داده‌های آماری
• 15. ساختار داده‌های بیان ژن در محیط نرم‌افزاری DESeq2
• 16. نرمال‌سازی داده‌های بیان ژن برای حذف خطاهای سیستماتیک
• 17. شناسایی ژن‌های با بیان متفاوت میان گروه‌های آزمایش
• 18. تحلیل آماری و کنترل نرخ کشف کاذب در مقایسه گروه‌ها
• 19. تجسم داده‌های بیان ژن با استفاده از PCA و Heatmap
• 20. تفسیر بیولوژیکی ژن‌های دارای بیان متفاوت
• 21. تحلیل غنی‌سازی هستی‌شناسی ژن و مسیرهای سیگنالینگ
• 22. آشنایی با مفهوم تنوع ژنتیکی و چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی
• 23. پیش‌پردازش داده‌های ژنوتیپ برای تحلیل‌های پسین
• 24. مبانی نظری تحلیل ارتباطات ژنتیکی کمی (eQTL)
• 25. مدل‌سازی آماری برای شناسایی ارتباط بین ژنوتیپ و بیان ژن
• 26. انتخاب واریانت‌های ژنتیکی برای تحلیل eQTL
• 27. استفاده از ابزارهای تخصصی برای نگاشت eQTL
• 28. اصلاح اثرات مخدوش‌کننده در تحلیل‌های ارتباطی
• 29. تفسیر نتایج eQTL و شناسایی واریانت‌های تنظیمی
• 30. تلفیق داده‌های بیان ژن و داده‌های ژنوتیپ
• 31. استفاده از پایگاه‌های داده عمومی برای اعتبارسنجی نتایج
• 32. اخلاق در پژوهش‌های ژنتیکی و حفظ حریم خصوصی داده‌ها
• 33. کاربرد تحلیل‌های بیان ژن در تشخیص بیماری‌های ژنتیکی
• 34. ملاحظات فنی در طراحی مطالعات بیوانفورماتیکی
• 35. مستندسازی و گزارش‌دهی نتایج تحلیل‌های محاسباتی
• 36. آشنایی با ابزارهای خودکارسازی در پردازش داده‌های حجیم
• 37. بهینه‌سازی توان محاسباتی در پردازش توالی‌های نسل جدید
• 38. آشنایی با مفاهیم اپی‌ژنتیک و اثر آن بر بیان ژن
• 39. روش‌های تحلیل داده‌های RNA-seq در مطالعات بالینی
• 40. چالش‌های تفسیر داده‌های زیست‌پزشکی در جمعیت‌های انسانی
• 41. ارائه گزارش نهایی و مصورسازی داده‌ها برای مقالات علمی