فلش‌کارت‌های آموزشی تحلیل داده‌های زیستی با استفاده از ابزارهای خط فرمان لینوکس

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل داده‌های زیستی با استفاده از ابزارهای خط فرمان لینوکس

موضوع کلی: علوم کامپیوتر و انفورماتیک

موضوع میانی: ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های زیستی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر خط فرمان لینوکس برای تحلیل داده‌های زیستی
• 2. نصب و پیکربندی محیط لینوکس برای تحلیل زیستی
• 3. دستورات پایه لینوکس: ناوبری و مدیریت فایل
• 4. کار با فایل‌ها و دایرکتوری‌ها: کپی، انتقال، حذف
• 5. فشرده‌سازی و استخراج فایل‌ها: gzip, gunzip, tar
• 6. کار با متن: نمایش، جستجو، جایگزینی (cat, less, grep, sed)
• 7. مدیریت پردازش‌ها: ps, top, kill
• 8. اسکریپت‌نویسی شل: مقدمات و متغیرها
• 9. ساخت اسکریپت‌های ساده برای اتوماسیون وظایف
• 10. مقدمه‌ای بر ابزارهای تحلیل داده‌های زیستی
• 11. فرمت‌های رایج داده‌های زیستی: FASTA, FASTQ
• 12. پردازش فایل‌های FASTA: استخراج توالی‌ها و اطلاعات
• 13. پردازش فایل‌های FASTQ: کیفیت‌سنجی و فیلترینگ
• 14. ابزارهای خط فرمان برای جستجوی توالی: BLAST
• 15. نصب و پیکربندی BLAST
• 16. اجرای جستجوهای BLAST محلی
• 17. تفسیر نتایج BLAST
• 18. ابزارهای خط فرمان برای هم‌ترازی توالی (Alignment)
• 19. مقدمه‌ای بر هم‌ترازی سراسری و محلی
• 20. ابزار NWAlign: هم‌ترازی سراسری
• 21. ابزار LALIGN: هم‌ترازی محلی
• 22. ابزارهای هم‌ترازی چندگانه: ClustalW
• 23. نصب و اجرای ClustalW
• 24. تفسیر خروجی ClustalW
• 25. ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های ژنومیک
• 26. مقدمه‌ای بر پایگاه‌های داده ژنومی
• 27. استفاده از ابزارهای خط فرمان برای دریافت داده از پایگاه‌ها
• 28. پردازش فایل‌های VCF (Variant Call Format)
• 29. فیلترینگ و اعتبارسنجی واریانت‌ها
• 30. تحلیل داده‌های بیان ژن
• 31. مقدمه‌ای بر RNA-Seq
• 32. پردازش فایل‌های FASTQ برای RNA-Seq (Trimming)
• 33. هم‌ترازی خوانش‌های RNA-Seq به ژنوم مرجع (STAR, HISAT2)
• 34. نصب و پیکربندی STAR
• 35. اجرای STAR برای هم‌ترازی
• 36. تفسیر خروجی STAR
• 37. شمارش خوانش‌ها (Read Counting) با HTSeq
• 38. نصب و اجرای HTSeq-count
• 39. تحلیل آماری داده‌های بیان ژن
• 40. مقدمه‌ای بر ابزارهای خط فرمان برای تحلیل پروتئومیک
• 41. فرمت‌های رایج داده‌های پروتئومیک
• 42. جستجوی پپتید با ابزارهای خط فرمان
• 43. تحلیل داده‌های مبتنی بر طیف‌سنجی جرمی
• 44. مقدمه‌ای بر پایگاه‌های داده پروتئینی
• 45. استفاده از ابزارهای خط فرمان برای جستجو در پایگاه‌های داده پروتئینی
• 46. ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های تکاملی
• 47. ساخت درخت فیلوژنتیک با ابزارهای خط فرمان
• 48. نرم‌افزار MEGA برای تحلیل تکاملی
• 49. استفاده از MEGA در خط فرمان
• 50. تحلیل داده‌های فلورسنتی و میکروسکوپی
• 51. پردازش اولیه تصاویر میکروسکوپی
• 52. استخراج ویژگی از تصاویر
• 53. مقدمه‌ای بر ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های شبکه‌ای
• 54. ساخت و تحلیل گراف‌های زیستی
• 55. نرم‌افزار Cytoscape در خط فرمان
• 56. کار با فرمت‌های گراف (GML, GraphML)
• 57. ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های اپی‌ژنتیک
• 58. مقدمه‌ای بر داده‌های متیل‌اسیون DNA
• 59. پردازش داده‌های Bisulfite Sequencing
• 60. تحلیل داده‌های ChIP-Seq
• 61. نصب و اجرای ابزارهای تحلیل ChIP-Seq
• 62. تفسیر نتایج ChIP-Seq
• 63. ابزارهای خط فرمان برای مدیریت داده‌های زیستی
• 64. سیستم‌های مدیریت پایگاه داده برای داده‌های زیستی
• 65. استفاده از SQL در خط فرمان برای تحلیل داده‌ها
• 66. کار با پایگاه داده‌های NoSQL برای داده‌های زیستی
• 67. مقدمه‌ای بر محاسبات موازی و خوشه‌ای (Clustering)
• 68. استفاده از ابزارهای خط فرمان برای اجرای Job در خوشه‌ها
• 69. مدیریت منابع در محیط‌های خوشه‌ای
• 70. بهینه‌سازی اسکریپت‌ها برای عملکرد بهتر
• 71. اشکال‌زدایی (Debugging) اسکریپت‌های شل
• 72. نوشتن اسکریپت‌های پیچیده‌تر برای پروژه‌های تحلیل داده
• 73. اتوماسیون کامل یک خط لوله تحلیل داده زیستی
• 74. بک‌آپ‌گیری و بازیابی داده‌های تحلیل شده
• 75. امنیت در محیط خط فرمان لینوکس
• 76. مدیریت کاربران و دسترسی‌ها
• 77. مقدمه‌ای بر ابزارهای ورژن کنترل (Git)
• 78. نصب و پیکربندی Git
• 79. استفاده از Git برای مدیریت کد و داده‌ها
• 80. همکاری با دیگران با استفاده از Git
• 81. مقدمه‌ای بر کانتینرسازی (Docker)
• 82. نصب و پیکربندی Docker
• 83. ساخت ایمیج‌های Docker برای ابزارهای زیستی
• 84. اجرای خطوط لوله تحلیل داده در کانتینرها
• 85. مزایای Docker برای تکرارپذیری و اشتراک‌گذاری
• 86. مقدمه‌ای بر روش‌های یادگیری ماشین در زیست‌شناسی
• 87. استفاده از کتابخانه‌های پایتون برای یادگیری ماشین
• 88. اجرای مدل‌های یادگیری ماشین از طریق خط فرمان
• 89. کار با داده‌های بزرگ در تحلیل زیستی
• 90. استفاده از Spark برای پردازش داده‌های بزرگ
• 91. مقدمه‌ای بر ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های سلامت عمومی
• 92. پردازش داده‌های اپیدمیولوژیک
• 93. تحلیل داده‌های ژنومیک جمعیت‌ها
• 94. مقدمه‌ای بر ابزارهای خط فرمان برای زیست‌شناسی سیستم‌ها
• 95. مدل‌سازی دینامیک سیستم‌های زیستی
• 96. تحلیل داده‌های حاصل از شبیه‌سازی‌ها
• 97. کار با ابزارهای خط فرمان برای تجسم داده‌های زیستی
• 98. ساخت نمودارها و گراف‌ها با ابزارهای خط فرمان
• 99. مقدمه‌ای بر ابزارهای خط فرمان برای تحلیل داده‌های دارویی
• 100. کشف دارو و توسعه داروها