کتاب تحلیل پیشرفته توالی RNA برای بیولوژی تکاملی: از داده‌های خام تا استنتاج فیلوژنومیک با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تحلیل پیشرفته توالی RNA برای بیولوژی تکاملی: از داده‌های خام تا استنتاج فیلوژنومیک

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و بیولوژی تکاملی

موضوع میانی: تحلیل توالی RNA در مقیاس تکاملی

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه بر بیولوژی تکاملی و نقش RNA
• 2. مبانی مولکولی RNA: ساختار، عملکرد و انواع
• 3. تکنولوژی‌های توالی‌سازی RNA: از سنتی تا تک‌سلولی
• 4. طراحی آزمایش و مدیریت نمونه برای RNA-seq
• 5. کنترل کیفیت داده‌های خام: FastQC، MultiQC و معیارهای ارزیابی
• 6. حذف آداپتر و فیلتر کردن لیدها: Trimmomatic، Cutadapt
• 7. ارزیابی کیفیت پس از پردازش و گزارش‌گیری
• 8. مرجع‌سازی ژنوم و ترانسكريپتوم: انتخاب و ساخت ایندکس
• 9. نگاشت لیدها به ژنوم: STAR، HISAT2، Bowtie2
• 10. نگاشت لیدها به ترانسكريپتوم: Salmon، Kallisto
• 11. مقایسه روش‌های نگاشت و انتخاب بهینه
• 12. کمّی‌سازی بیان ژن: شمارش لیدها، TPM، FPKM
• 13. نرمال‌سازی داده‌های بیان: DESeq2، edgeR، limma-voom
• 14. تحلیل بیان تفاضلی: طراحی مدل، کنترل FDR
• 15. تجسم نتایج: نمودار MA، نمودار وین، heatmap
• 16. آناتوماسیون خط لوله با Nextflow / Snakemake
• 17. مدیریت داده‌های بزرگ و محاسبه ابری
• 18. پیش‌بینی ساختار ثانویه RNA از داده‌های توالی
• 19. شناسایی RNAهای غیرکدکننده: lncRNA، circRNA، miRNA
• 20. آناتوماسیون شناسایی و آنوتاسیون RNAهای جدید
• 21. تحلیل spliced variants و isoform switching
• 22. کشف رویدادهای اسپلایسینگ جایگزین
• 23. تحلیل ویرایش RNA (RNA editing) از داده‌های توالی
• 24. استخراج متاژنتیک RNA ویروس‌ها و ترانسپوزون‌ها
• 25. مقدمه‌ای بر فیلوژنومیک مبتنی بر RNA
• 26. استخراج توالی‌های هم‌祖 (orthologous) از ترانسكريپتوم‌ها
• 27. ترازبندی چندگانه توالی‌های RNA: MAFFT، PRANK، MACSE
• 28. حذف ناحیه‌های نامناسب و ماسک کردن توالی‌ها
• 29. مدل‌های تکاملی ناکلئوتیدی برای RNA: GTR، HKY، codon models
• 30. ساخت درخت‌های فیلوژنتیکی: Maximum Likelihood، Bayesian
• 31. ارزیابی پشتیبانی شاخه‌ها: Bootstrap، Posterior Probabilities
• 32. تست‌های انتخاب مثبت و منفی: dN/dS، branch-site models
• 33. شناسایی ژن‌های تحت انتخاب تطبیقی در ترانسكريپتوم
• 34. تحلیل کو-اکسپرسین و شبکه‌های رگولاتوری RNA
• 35. پیش‌بینی اهداف miRNA و شبکه‌های رگولاتوری
• 36. مقایسه ترانسكريپتوم‌ها در مقیاس تکاملی (comparative transcriptomics)
• 37. استنتاج تاریخچه جمعیت‌ها از داده‌های RNA-seq
• 38. تحلیل تنوع نوکلئوتیدی و هپلوتیپ‌ها در RNA
• 39. شناسایی نشانگرهای مولکولی برای فیلوژنتیک
• 40. کاربرد RNA-seq در بیولوژی محافظت و گونه‌های در خطر
• 41. چالش‌های داده‌های RNA-seq تک‌سلولی در مقیاس تکاملی
• 42. پردازش داده‌های scRNA-seq: QC، نرمال‌سازی، خوشه‌بندی
• 43. ترسیم تراکت‌های تکاملی از داده‌های تک‌سلولی
• 44. یکپارچه‌سازی داده‌های RNA-seq با ژنومیک و اپی‌ژنتیک
• 45. ماشین‌آموزی برای پیش‌بینی عملکرد RNA تکاملی
• 46. ارزیابی و اعتبارسنجی نتایج با qRT-PCR
• 47. گزارش‌نویسی و بازتولیدپذیری: استانداردهای MIxS، FAIR
• 48. اخلاقیات و حریم خصوصی در داده‌های توالی RNA
• 49. مدیریت پروژه‌های بیوانفورماتیک RNA در تیم‌های تحقیقاتی
• 50. ابزارهای بصری‌سازی تعاملی: IGV، JBrowse، PhyloViz
• 51. توسعه پکیج‌های R/Bioconductor اختصاصی برای RNA تکاملی
• 52. تست واحد و یکپارچگی کد در خط لوله‌های بیوانفورماتیک
• 53. مستندسازی و نسخه‌بندی با Git و GitHub
• 54. انتشار نتایج در مخازن عمومی: NCBI SRA، ENA، Figshare
• 55. مقدمه بر متابولومیک و یکپارچه‌سازی با ترانسكريپتوم
• 56. تحلیل مسیرهای متابولیک تحت کنترل RNA
• 57. مطالعه تطبیقی RNA در گیاهان، حیوانات و میکروب‌ها
• 58. تأثیر انتقال افقی ژن بر توالی‌های RNA
• 59. RNA در تکامل مولکولی ویروس‌ها
• 60. پیش‌بینی تعاملات RNA-پروتئین از توالی
• 61. شبیه‌سازی داده‌های RNA-seq برای تست روش‌ها
• 62. ارزیابی کارایی روش‌های مختلف با داده‌های شبیه‌سازی
• 63. آموزش عملی: از داده‌های خام تا درخت تکاملی (مطالعه موردی)
• 64. آموزش عملی: تحلیل بیان تفاضلی در گونه‌های مرتبط
• 65. آموزش عملی: کشف RNAهای غیرکدکننده نوین
• 66. آموزش عملی: شناسایی انتخاب مثبت در ژن‌های ایمنی
• 67. آموزش عملی: یکپارچه‌سازی scRNA-seq با فیلوژنومیک
• 68. چالش‌های آینده و جهت‌های تحقیق در تحلیل RNA تکاملی
• 69. جمع‌بندی و نقشه راه یادگیری مستمر