کتاب تسلط بر AlphaFold-Multimer: پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره تسلط بر AlphaFold-Multimer: پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی

موضوع کلی: بیوانفورماتیک و مدل‌سازی مولکولی

موضوع میانی: پیش‌بینی ساختار پروتئین و کمپلکس‌ها

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر پیش‌بینی ساختار پروتئین
• 2. اهمیت پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی
• 3. مروری بر روش‌های سنتی پیش‌بینی ساختار
• 4. معرفی AlphaFold و AlphaFold-Multimer
• 5. بررسی معماری شبکه AlphaFold-Multimer
• 6. نصب و راه‌اندازی AlphaFold-Multimer
• 7. آماده‌سازی داده‌های ورودی برای AlphaFold-Multimer
• 8. فرمت‌های مورد قبول داده‌های پروتئین
• 9. نحوه جستجوی توالی‌های همولوگ
• 10. تنظیم پارامترهای پیش‌بینی
• 11. اجرای پیش‌بینی با AlphaFold-Multimer
• 12. تفسیر خروجی‌های AlphaFold-Multimer
• 13. ارزیابی کیفیت مدل‌های پیش‌بینی شده
• 14. شاخص‌های ارزیابی ساختار پروتئین (RMSD، TM-score)
• 15. استفاده از ColabFold برای AlphaFold-Multimer
• 16. بررسی و مقایسه خروجی‌های ColabFold و AlphaFold-Multimer
• 17. پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی با استفاده از Multimer
• 18. بررسی نقش زنجیره‌های side chain در پیش‌بینی کمپلکس
• 19. پیش‌بینی تعاملات پروتئین-پروتئین (PPI)
• 20. آنالیز تعاملات بین پروتئین‌ها
• 21. بررسی اثرات جهش‌ها بر ساختار کمپلکس
• 22. پیش‌بینی ساختار کمپلکس‌های پروتئین-لیگاند
• 23. استفاده از AlphaFold-Multimer برای طراحی پروتئین
• 24. کاربرد AlphaFold-Multimer در کشف دارو
• 25. بهینه‌سازی ساختار کمپلکس‌های پروتئینی
• 26. بررسی محدودیت‌های AlphaFold-Multimer
• 27. نحوه رفع خطاهای رایج در پیش‌بینی
• 28. استفاده از روش‌های ensemble برای بهبود دقت پیش‌بینی
• 29. بررسی موارد خاص و چالش‌برانگیز در پیش‌بینی ساختار
• 30. پیش‌بینی ساختار پروتئین‌های غشایی با AlphaFold-Multimer
• 31. پیش‌بینی ساختار پروتئین‌های بدون دامن مشخص
• 32. استفاده از اطلاعات تکاملی در پیش‌بینی ساختار
• 33. بررسی نقش داده‌های تجربی در بهبود پیش‌بینی
• 34. ادغام AlphaFold-Multimer با سایر ابزارهای بیوانفورماتیکی
• 35. بررسی پایگاه‌های داده ساختار پروتئین
• 36. نحوه استفاده از AlphaFold-Multimer برای مدل‌سازی docking
• 37. تحلیل و تجسم ساختار کمپلکس‌های پروتئینی
• 38. استفاده از نرم‌افزارهای تجسم ساختار پروتئین (PyMOL, Chimera)
• 39. بررسی تعاملات آب و یون در کمپلکس‌های پروتئینی
• 40. ارائه یک پروژه عملی پیش‌بینی ساختار کمپلکس
• 41. نکات و ترفندهای پیشرفته در استفاده از AlphaFold-Multimer