کتاب طراحی و اجرای خطوط تولید داده ژنومیکس با Snakemake: از داده خام تا نتایج قابل اعتماد با فرمت AZW3 برای کتابخوان کیندل و فرمت EPUB

🎓 دوره آموزشی جامع

📚 اطلاعات دوره

عنوان دوره: دوره طراحی و اجرای خطوط تولید داده ژنومیکس با Snakemake: از داده خام تا نتایج قابل اعتماد

موضوع کلی: تحلیل داده‌های زیستی و ژنومیکس

موضوع میانی: اتوماسیون و مدیریت جریان کار در ژنومیکس

📋 سرفصل‌های دوره

• 1. مقدمه‌ای بر تحلیل داده‌های ژنومیکس
• 2. آشنایی با خطوط تولید داده در ژنومیکس
• 3. مراحل اصلی یک خط تولید داده ژنومی
• 4. معرفی Snakemake: یک ابزار اتوماسیون خط تولید
• 5. نصب و پیکربندی Snakemake
• 6. نحوه‌ی تعریف قوانین (Rules) در Snakemake
• 7. ورودی‌ها و خروجی‌های قوانین
• 8. استفاده از متغیرها در Snakemake
• 9. اجرای خطوط تولید Snakemake
• 10. مدیریت وابستگی‌ها در Snakemake
• 11. آشنایی با فایل‌های پیکربندی (Config files)
• 12. استفاده از فایل‌های پیکربندی در Snakemake
• 13. مدیریت محیط‌های نرم‌افزاری با Conda
• 14. ادغام Conda با Snakemake
• 15. بهینه‌سازی خطوط تولید با موازی‌سازی
• 16. استفاده از خوشه‌های محاسباتی با Snakemake
• 17. آشنایی با داده‌های RNA-seq
• 18. کنترل کیفیت داده‌های RNA-seq
• 19. هم‌ترازی (Alignment) داده‌های RNA-seq
• 20. تعدادگذاری (Quantification) بیان ژن
• 21. تحلیل بیان افتراقی (Differential Expression)
• 22. آشنایی با داده‌های ChIP-seq
• 23. کنترل کیفیت داده‌های ChIP-seq
• 24. هم‌ترازی داده‌های ChIP-seq
• 25. شناسایی نواحی اتصال پروتئین
• 26. آشنایی با داده‌های DNA-seq
• 27. کنترل کیفیت داده‌های DNA-seq
• 28. هم‌ترازی داده‌های DNA-seq
• 29. شناسایی تنوع ژنتیکی (Variants)
• 30. آشنایی با داده‌های Metagenomics
• 31. کنترل کیفیت داده‌های Metagenomics
• 32. پردازش داده‌های Metagenomics
• 33. تحلیل طبقه‌بندی (Taxonomic Profiling)
• 34. آشنایی با پایگاه‌های داده ژنومیکس
• 35. استفاده از پایگاه‌های داده در Snakemake
• 36. ایجاد گزارش‌های آماری با Snakemake
• 37. مستندسازی خطوط تولید با Snakemake
• 38. کنترل نسخه خطوط تولید (Version Control)
• 39. استفاده از Git و GitHub با Snakemake
• 40. آشنایی با مفهوم Reproducibility
• 41. تضمین Reproducibility در خطوط تولید ژنومیکس
• 42. تست خطوط تولید Snakemake
• 43. اشکال‌زدایی (Debugging) خطوط تولید Snakemake
• 44. استفاده از Snakemake برای تحلیل داده‌های تک‌سلولی (Single-cell)
• 45. آشنایی با داده‌های ATAC-seq
• 46. کنترل کیفیت داده‌های ATAC-seq
• 47. هم‌ترازی داده‌های ATAC-seq
• 48. شناسایی نواحی باز کروماتین
• 49. آشنایی با داده‌های Hi-C
• 50. پردازش داده‌های Hi-C
• 51. تحلیل ساختار کروماتین
• 52. تبدیل فرمت‌های داده ژنومیکس
• 53. استفاده از Snakemake برای ادغام داده‌ها
• 54. آشنایی با خطوط لوله (Pipelines) آماده
• 55. استفاده از خطوط لوله موجود در Snakemake
• 56. ایجاد خطوط لوله سفارشی
• 57. مقایسه Snakemake با سایر ابزارهای اتوماسیون
• 58. بهینه‌سازی مصرف حافظه در Snakemake
• 59. بهینه‌سازی زمان اجرا در Snakemake
• 60. استفاده از Snakemake برای تحلیل داده‌های پروتئومیکس
• 61. آشنایی با داده‌های Metabolomics
• 62. پردازش داده‌های Metabolomics
• 63. تحلیل آماری داده‌های ژنومیکس با R و Snakemake
• 64. مصورسازی داده‌های ژنومیکس با Python و Snakemake
• 65. آشنایی با ابزارهای وب برای نمایش نتایج
• 66. انتشار نتایج تحلیل ژنومیکس
• 67. آشنایی با استانداردهای داده ژنومیکس
• 68. امنیت داده‌های ژنومیکس
• 69. مدیریت داده‌های بزرگ در ژنومیکس
• 70. آشنایی با مفاهیم Cloud Computing
• 71. اجرای Snakemake در محیط Cloud
• 72. مقدمه‌ای بر یادگیری ماشین در ژنومیکس
• 73. استفاده از Snakemake برای آموزش مدل‌های یادگیری ماشین
• 74. آشنایی با هوش مصنوعی در ژنومیکس
• 75. استفاده از Snakemake برای تحلیل داده‌های پیچیده ژنومیکس
• 76. اتوماسیون تحلیل‌های چند‌-اُمیکی (Multi-omics)
• 77. آشنایی با مفاهیم Genome Assembly
• 78. استفاده از Snakemake برای Assembly ژنوم
• 79. آشنایی با مفاهیم Genome Annotation
• 80. استفاده از Snakemake برای Annotation ژنوم
• 81. آشنایی با داده‌های epigenetic
• 82. بررسی تغییرات epigenetic با Snakemake
• 83. آشنایی با Snakemake در تحقیقات پزشکی
• 84. آشنایی با Snakemake در کشاورزی و اصلاح نباتات
• 85. آشنایی با Snakemake در تحقیقات دارویی